El río Guainía (en Colombia) o río Negro (en Brasil) es un largo río amazónico, el más caudaloso de todos los afluentes del río Amazonas y el más largo por su margen izquierda y también el mayor río de aguas negras del mundo. Tiene sus fuentes a lo largo de la divisoria de aguas entre la cuenca del Amazonas y la del río Orinoco y conecta con esta a través del canal de Casiquiare.
Su curso alto nace en Colombia. Su principal afluente en este tramo es el río Vaupés, que disputa con las cabeceras del río Guaviare (un ramal de la cuenca del Orinoco) el drenaje de la ladera oriental de los Andes colombianos. Luego forma un corto tramo de frontera natural con Venezuela, antes de adentrarse finalmente en Brasil.
El río Guainía nace en el territorio colombiano, sobre el basamento de las guayanas, discurriendo en dirección Este unos quinientos km, bañando las localidades colombianas de Cuarinuma, Brujas, Santa Rosa, Tabaquén y Tonina (Colombia), en la frontera con Venezuela. Aquí, el río gira hacia el sur, formando en un tramo de más de doscientos km la frontera natural entre ambos países, y bañando las localidades venezolanas de Maroa, Comunidad, San Carlos de Río Negro y Santa Rosa de Amanadona, y las colombianas de Isleta, Catanacuname, San Rafael, San Felipe y La Guadalupe. Es en este tramo fronterizo cuando tiene su origen el río Negro, al recibir por la derecha el río venezolano de Casiquiare (340 km) (que tiene como subafluentes los ríos Siapa y Yatua).
En este tramo los afluentes colombianos más importantes son el río Isana (o Içana) (con 580 km de longitud y los subafluentes Aiarí y Cuiarí) y el río Vaupés (Uaupés) (1050 km y los subafluentes Cuquiari, Querari, Papuri, Tiquié).
El río Negro entra en territorio brasileño en la trifrontera, aguas arriba de Cucui, adentrándose en dirección sur en el brasileño estado de Amazonas. Baña las localidades de Marabitana, Aru, Içana y San Gabriel de Cachoeira. Aquí el río gira decididamente en dirección este, siguiendo un curso paralelo al del Amazonas, unos doscientos-trescientos km al norte. Este tramo constituye el borde meridional del parque nacional del Pico de la Neblina y es una importante vía fluvial, que pasa por Aruti, Boa Vista, Santa Isabel de Río Negro, Laranjal, Papera, Vista Alegre, Calanaque, Tomar, Santana, Barcelos, Marova, Taperos, Carvoeiro y Moura, donde el río gira en dirección sureste para ir al encuentro del Amazonas. En este último tramo pasa frente a Prosperança, Fohkz de Jau, Araju, Novo Airao, Maravilha y finalmente, Manaus, donde se funde con el río Solimoes (el nombre del curso medio del Amazonas en esa zona brasileña). La profundidad del río Negro es de aproximadamente ochenta metros.