El 1938-1939 Campeonato Panhelénico fue la 10ª temporada de la más alta de fútbol de la liga de Grecia. Participaron 14 equipos, por primera vez tantos y por primera vez de la provincia. Se llevó a cabo en dos grupos, Grupo Sur con 8 y Grupo Norte con 6 equipos, que se clasificaron de los campeonatos de las asociaciones locales. El Grupo del Sur fue formado por las asociaciones del club de Atenas y el Pireo y resultó de la siguiente manera:
Campeonato de Atenas : Los 5 primeros equipos del ranking.
Campeonato del Pireo : Los 3 primeros equipos del ranking.
El Grupo del Norte estaba formado por clubes de la asociación macedonia y macedonia oriental y resultó de la siguiente manera:
Campeonato de Macedonia : Los 3 primeros equipos del ranking.
Campeonato de Macedonia del Este : Los 3 primeros equipos del ranking.
Fue la primera vez que equipos fuera de Grecia central y Salónica participaron en el campeonato nacional. Los campeones de los dos grupos, AEK Atenas (por mejor ratio de goles que el Olympiacos ) e Iraklis , compitieron en una final a dos partidos por el título de campeón. El campeón fue el AEK Atenas, que se clasificó para el campeonato nacional como subcampeón del campeonato Panateneo, con la entonces estrella en ascenso, Kleanthis Maropoulos .
Para completar el campeonato, dado que se requerían 26 jornadas, se decidió que los equipos clasificados para el campeonato nacional no volverán a competir sino que se transferirán resultados de campeonatos locales. A partir de este período, la HFF estableció un sistema de puntos de 3-2-1 en todas las competiciones, por lo que existía la posibilidad de poner a cero a cualquier equipo que se negara a participar en un partido. Este sistema estuvo vigente hasta la temporada 1972-73.