Las acidobacterias son un filo de bacterias . Sus miembros son fisiológicamente diversos y ubicuos, especialmente en los suelos, pero están infrarrepresentados en la cultura. [2] [3] [4]
Acidobacterias | |
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Acidobacterium | |
clasificación cientifica | |
Dominio: | |
Filo: | Acidobacterias Thrash y Coates 2012 [1] |
Clase | |
Acidobacteria |
Descripción
Los miembros de este filo son fisiológicamente diversos y se pueden encontrar en una variedad de entornos que incluyen suelo, madera en descomposición, [5] fuentes termales , océanos, cuevas y suelos contaminados con metales. [6] Los miembros de este filo son particularmente abundantes en los hábitats del suelo que representan hasta el 52% de la comunidad bacteriana total. [7] Se ha observado que factores ambientales como el pH y los nutrientes impulsan la dinámica de las acidobacterias. [8] [9] [10] Muchas acidobacterias son acidófilas , incluido el primer miembro descrito del filo, Acidobacterium capsulatum . [11]
Otras especies notables son Holophaga foetida , [12] Geothrix fermentans , [13] Acanthopleuribacter pedis [14] y Bryobacter aggregatus . [15] Dado que se han descubierto recientemente y la gran mayoría no se ha cultivado, la ecología y el metabolismo de estas bacterias no se comprenden bien. [3] Sin embargo, estas bacterias pueden ser un contribuyente importante a los ecosistemas , ya que son particularmente abundantes dentro de los suelos . [16] Los miembros de las subdivisiones 1, 4 y 6 son particularmente abundantes en los suelos. [17]
Además de su hábitat natural en el suelo, la subdivisión 2 no clasificada Acidobacteria también se ha identificado como un contaminante de los reactivos del kit de extracción de ADN, lo que puede llevar a su aparición errónea en conjuntos de datos de microbiota o metagenómicos. [18]
Se ha descubierto que los miembros de la subdivisión 1 dominan en condiciones de pH bajo. [19] [8] Además, se ha encontrado que las acidobacterias del drenaje ácido de las minas se adaptan más a las condiciones de pH ácido (pH 2-3) en comparación con las acidobacterias del suelo, [20] potencialmente debido a la especialización celular y la estabilidad de las enzimas. [8]
El contenido de G + C de los genomas de Acidobacteria es consistente dentro de sus subdivisiones: por encima del 60% para los fragmentos del grupo V y aproximadamente un 10% más bajo para los fragmentos del grupo III. [3]
La mayoría de las acidobacterias se consideran aerobios . [21] [22] Hay algunas Acidobacteria que se consideran anaerobios dentro de la subdivisión 8 [13] y la subdivisión 23. [23] Se ha encontrado que algunas cepas de Acidobacteria que se originan en los suelos tienen el potencial genómico para respirar oxígeno en la atmósfera y sub -concentraciones atmosféricas. [22]
Los miembros del filo Acidobacteria se han considerado bacterias oligotróficas debido a su alta abundancia en ambientes con bajo contenido de carbono orgánico. [8] Sin embargo, la variación en este filo puede indicar que es posible que no tengan la misma estrategia ecológica. [8]
Historia
La primera especie, Acidobacterium capsulatum , de este filo fue descubierta en 1991. [24] Sin embargo, las Acidobacterias no fueron reconocidas como una nueva división hasta 1997, [11] y no fueron reconocidas como filo hasta 2012. [25] El primer genoma fue secuenciado en 2007. [26]
Metabolismo
Carbón
Algunos miembros de la subdivisión 1 pueden usar D -glucosa , D -xilosa y lactosa como fuentes de carbono, [8] pero no pueden usar fucosa o sorbosa . [27] Los miembros de la subdivisión 1 también contienen enzimas como las galactosidasas utilizadas en la descomposición de azúcares. [8] Se ha descubierto que los miembros de la subdivisión 4 utilizan quitina como fuente de carbono. [28] [29] [8]
Nitrógeno
No ha habido evidencia clara de que las acidobacterias estén involucradas en procesos del ciclo del nitrógeno como la nitrificación , desnitrificación o fijación de nitrógeno . [8] Sin embargo, se demostró que Geothrix fermantans era capaz de reducir el nitrato y contenía el gen norB. [8] El gen NorB también se identificó en Koribacter verstailis y Solibacter usitatus . [30] [8] Además, se ha observado la presencia del gen nirA en miembros de la subdivisión 1. [8] Además, hasta la fecha, se ha descrito que todos los genomas captan directamente amonio a través de genes de la familia de transportadores de canales de amonio. [22] [8] Las acidobacterias pueden usar nitrógeno orgánico e inorgánico como fuente de nitrógeno.
Filogenia
La taxonomía actualmente aceptada se basa en la Lista de nombres de procariotas con posición en la nomenclatura (LPSN) [31] [32] y la filogenia se basa en la liberación 123 de LTP basada en rRNA 16S de The All-Species Living Tree Project . [33]
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Notas:
♠ Cepas encontradas en el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) pero no incluidas en la Lista de nombres de procariotas con posición en la nomenclatura (LSPN)
Referencias
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enlaces externos
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