Chemical Entities of Biological Interest , también conocido como ChEBI , [1] [2] es una base de datos química y ontología de entidades moleculares centrada en compuestos químicos 'pequeños', que forma parte del esfuerzo Open Biomedical Ontologies (OBO) en el European Bioinformatics Instituto (EBI). El término "entidad molecular" se refiere a cualquier " átomo , molécula , ión , par iónico , radical , ión radical , complejo , conformador constitucional o isotópicamente distintos., etc., identificables como una entidad distinguible por separado ". [3] Las entidades moleculares en cuestión son productos de la naturaleza o productos sintéticos que tienen bioactividad potencial. Moléculas codificadas directamente por el genoma, como ácidos nucleicos , proteínas y péptidos derivados de las proteínas por escisión proteolítica , por regla general, no se incluyen en ChEBI.
Contenido | |
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Descripción | Base de datos de productos químicos |
Tipos de datos capturados | Pequeños compuestos químicos |
Contacto | |
Centro de Investigación | Laboratorio Europeo de Biología Molecular |
Laboratorio | Instituto Europeo de Bioinformática |
Cita primaria | de Matos et al [1] |
Acceso | |
Sitio web | www |
URL de descarga | ftp |
URL del servicio web | www |
Punto final de Sparql | BIO2RDF |
Herramientas | |
Web | www |
Diverso | |
Frecuencia de publicación de datos | mensual |
Política de curación | Comisariada manualmente |
ChEBI utiliza nomenclatura , simbolismo y terminología respaldados por la Unión Internacional de Química Pura y Aplicada (IUPAC) y el comité de nomenclatura de la Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular (NC-IUBMB).
Alcance y acceso
Todos los datos de la base de datos no son propietarios o se derivan de una fuente no propietaria. Por lo tanto, es de libre acceso y está disponible para cualquier persona. Además, cada elemento de datos es completamente rastreable y se hace referencia explícitamente a la fuente original. Se relaciona en su alcance con otras bases de datos como ChEMBL , ChemSpider , DrugBank , MetaboLights y PubChem .
ChEBI de datos está disponible a través de un público de aplicaciones web , servicios web , SPARQL endpoint y descargas. [1] [2]
Referencias
- ↑ a b c de Matos P, Alcántara R, Dekker A, Ennis M, Hastings J, Haug K, Spiteri I, Turner S, Steinbeck C (2010). "Entidades químicas de interés biológico: una actualización" . Investigación de ácidos nucleicos . 38 (Problema de la base de datos): D249-54. doi : 10.1093 / nar / gkp886 . PMC 2808869 . PMID 19854951 .
- ^ a b Degtyarenko K, de Matos P, Ennis M, Hastings J, Zbinden M, McNaught A, Alcántara R, Darsow M, Guedj M, Ashburner M (2008). "ChEBI: una base de datos y ontología para entidades químicas de interés biológico" . Investigación de ácidos nucleicos . 36 (Problema de la base de datos): D344-50. doi : 10.1093 / nar / gkm791 . PMC 2238832 . PMID 17932057 .
- ^ IUPAC , Compendio de terminología química , 2ª ed. (el "Libro de oro") (1997). Versión corregida en línea: (2006–) " entidad molecular ". doi : 10.1351 / goldbook.M03986