Joseph Clemens de Baviera (en alemán : Joseph Clemens von Bayern ) (5 de diciembre de 1671 - 12 de noviembre de 1723) fue miembro de la dinastía Wittelsbach de Baviera y arzobispo elector de Colonia desde 1688 hasta 1723.
El tercer hijo de Ferdinand Maria de Bavaria y su esposa, Henrietta Adelaide of Savoy , Joseph Clemens fue designado por sus padres para una vida en la iglesia. Se convirtió en arzobispo de Colonia en 1688 después de la muerte de Maximiliano Enrique de Baviera , y su nombramiento para ese puesto por el Papa Inocencio XI fue una de las causas de la Guerra de los Nueve Años . Más tarde también se desempeñó como Príncipe-Obispo de Lieja , de Regensburg , de Freising y de Hildesheim .
Al igual que su hermano Maximiliano II Emanuel, elector de Baviera , Joseph Clemens se alió con Francia durante la Guerra de Sucesión española y se vio obligado a huir de su residencia Bonn en 1702 y encontró refugio en la corte francesa. Joseph Clemens fue sometido a la proscripción del Imperio y privado de sus tierras en 1706.
La guerra entre Francia y el Imperio terminó finalmente en 1714 con el Tratado de Baden , que restauró a Joseph Clemens. Murió en Bonn y fue enterrado en la Catedral de Colonia . Joseph Clemens fue sucedido por su sobrino Clemens August de Baviera .