 | |
|---|---|
| Contenido | |
| Descripción | Base de datos de medicamentos |
| Tipos de datos capturados | Estructuras químicas, fármacos de molécula pequeña, fármacos biotecnológicos, objetivos de fármacos, transportadores de fármacos, secuencias objetivo de fármacos, SNP objetivo de fármacos, metabolitos de fármacos, descripciones de fármacos, asociaciones de enfermedades, datos de dosificación, interacciones entre alimentos y fármacos, reacciones adversas a fármacos, farmacología, mecanismos de acción , metabolismo de fármacos, síntesis química, datos de patentes y precios, propiedades químicas, nomenclatura, sinónimos, taxonomía química, espectros de RMN de fármacos, espectros de GC-MS de fármacos, espectros de LC-MS de fármacos |
| Contacto | |
| Centro de Investigación | Universidad de Alberta y el Centro de Innovación Metabolómica |
| Laboratorio | Dr. David Wishart |
| Cita primaria | DrugBank: un recurso integral para el descubrimiento y la exploración in silico de fármacos. [1] |
| Acceso | |
| Sitio web | www |
| URL de descarga | www |
| Diverso | |
Frecuencia de publicación de datos | Cada 2 años con correcciones y actualizaciones mensuales |
| Política de curación | Comisariada manualmente |
La base de datos de DrugBank es una base de datos en línea completa y de libre acceso que contiene información sobre medicamentos y objetivos de medicamentos. [1] Como recurso bioinformático y quimioinformático , DrugBank combina datos detallados de fármacos (es decir, químicos, farmacológicos y farmacéuticos) con información completa del objetivo del fármaco (es decir, secuencia, estructura y vía). [1] [2] DrugBank ha utilizado contenido de Wikipedia ; [3] Wikipedia también tiene enlaces a Drugbank, lo que plantea posibles problemas de informes circulares . [3]
La última publicación de la base de datos (versión 5.0) contiene 9591 entradas de medicamentos, incluidos 2037 medicamentos de molécula pequeña aprobados por la FDA , 241 medicamentos biotecnológicos ( proteínas / péptidos ) aprobados por la FDA , 96 nutracéuticos y más de 6000 medicamentos experimentales . [4] Además, 4270 secuencias de proteínas no redundantes (es decir, objetivo de fármaco / enzima / transportador / portador) están vinculadas a estas entradas de fármaco. Cada entrada de DrugCard (Fig. 1) contiene más de 200 campos de datos, la mitad de la información se dedica a datos de fármacos / químicos y la otra mitad a datos de proteínas o diana de fármacos. [4]
Cuatro bases de datos adicionales, HMDB, [5] T3DB, [6] SMPDB [7] y FooDB también forman parte de un conjunto general de bases de datos metabolómicas / quiminformáticas . HMDB contiene información equivalente sobre más de 40.000 metabolitos humanos, T3DB contiene información sobre 3100 toxinas comunes y contaminantes ambientales , SMPDB contiene diagramas de vías para casi 700 vías metabólicas humanas y vías de enfermedades, mientras que FooDB contiene información equivalente sobre ~ 28.000 componentes alimentarios y aditivos alimentarios .
Historial de versiones [ editar ]
La primera versión de DrugBank se lanzó en 2006. [1] Esta versión temprana contenía información relativamente modesta sobre 841 medicamentos de molécula pequeña aprobados por la FDA y 113 medicamentos biotecnológicos. También incluía información sobre 2133 objetivos de fármacos. La segunda versión de DrugBank se lanzó en 2009. [2] Esta versión enormemente ampliada y mejorada de la base de datos incluía 1344 fármacos de molécula pequeña aprobados y 123 fármacos biotecnológicos, así como 3037 objetivos de fármacos únicos. La versión 2.0 también incluyó, por primera vez, los medicamentos retirados y las drogas ilícitas , las interacciones entre alimentos y medicamentos y entre medicamentos y medicamentos, así como los parámetros ADMET (absorción, distribución, metabolismo, excreción y toxicidad). La versión 3.0 fue lanzada en 2011.[8] Esta versión contenía 1424 fármacos de molécula pequeña aprobados y 132 fármacos biotecnológicos, así como más de 4000 dianas farmacológicas únicas. La versión 3.0 también incluía datos de transportadores de medicamentos, datos de rutas de medicamentos, precios de medicamentos, datos de patentes y fabricación, así como datos sobre más de 5000 medicamentos experimentales. La versión 4.0 se lanzó en 2014. [4] Esta versión incluía 1558 fármacos de molécula pequeña aprobados por la FDA, 155 fármacos biotecnológicos y 4200 dianas farmacológicas únicas. La versión 4.0 también incorporó amplia información sobre metabolitos de fármacos (estructuras y reacciones), taxonomía de fármacos, espectros de fármacos, constantes de unión de fármacos e información de síntesis de fármacos. La Tabla 1 proporciona un resumen estadístico más completo de la historia del desarrollo de DrugBank.
| Categoría | 1.0 | 2.0 | 3,0 | 4.0 |
|---|---|---|---|---|
| No. de campos de datos por DrugCard | 88 | 108 | 148 | 208 |
| No. de tipos de búsqueda | 8 | 12 | dieciséis | 18 |
| N. ° de vías de acción farmacológica ilustradas | 0 | 0 | 168 | 232 |
| No. de medicamentos con datos de enzimas metabolizantes | 0 | 0 | 762 | 1.037 |
| No. de metabolitos de fármacos con estructuras | 0 | 0 | 0 | 1.239 |
| No. de reacciones de metabolismo de fármacos | 0 | 0 | 0 | 1,308 |
| No. de vías ilustradas de metabolismo de fármacos | 0 | 0 | 0 | 53 |
| No. de medicamentos con datos de transportadores de medicamentos | 0 | 0 | 516 | 623 |
| No. de medicamentos con información de clasificación taxonómica | 0 | 0 | 0 | 6.713 |
| No. de efectos farmacológicos asociados a SNP | 0 | 0 | 113 | 201 |
| No. de medicamentos con datos de patente / precio / fabricante | 0 | 0 | 1.208 | 1.450 |
| No. de interacciones entre alimentos y medicamentos | 0 | 714 | 1.039 | 1,180 |
| No. de interacciones fármaco-fármaco | 0 | 13,242 | 13,795 | 14.150 |
| No. de parámetros ADMET (Caco-2, LogS) | 0 | 276 | 890 | 6.667 |
| No. de parámetros QSAR por fármaco | 5 | 6 | 14 | 23 |
| N. ° de fármacos con datos constantes de unión fármaco-objetivo | 0 | 0 | 0 | 791 |
| No. de fármacos con espectros de RMN | 0 | 0 | 0 | 306 |
| N. ° de fármacos con espectro de EM | 0 | 0 | 0 | 384 |
| No. de medicamentos con información de síntesis química | 0 | 38 | 38 | 1,285 |
| No. de medicamentos de molécula pequeña aprobados por la FDA | 841 | 1.344 | 1.424 | 1,558 |
| No. de medicamentos biotecnológicos | 113 | 123 | 132 | 155 |
| No. de medicamentos nutracéuticos | 61 | 69 | 82 | 87 |
| No. de medicamentos retirados | 0 | 57 | 68 | 78 |
| No. de drogas ilícitas | 0 | 188 | 189 | 190 |
| No. de fármacos experimentales | 2.894 | 3,116 | 5.210 | 6,009 |
| Número total de fármacos de molécula pequeña experimentales y de la FDA | 3.796 | 4.774 | 6.684 | 7.561 |
| No. total de medicamentos experimentales y de la FDA (todos los tipos) | 3.909 | 4.897 | 6.816 | 7.713 |
| No. de todos los objetivos farmacológicos (único) | 2,133 | 3,037 | 4.326 | 4.115 |
| No. de enzimas / portadores de medicamentos aprobados (único) | 0 | 0 | 164 | 245 |
| No. de todas las enzimas / portadores de fármacos (único) | 0 | 0 | 169 | 253 |
| No de enlaces a bases de datos externas | 12 | 18 | 31 | 33 |
Alcance y acceso [ editar ]
Todos los datos de DrugBank no son de propiedad exclusiva o se derivan de una fuente no propietaria. Es de libre acceso y está disponible para cualquier persona. Además, casi todos los elementos de datos son completamente rastreables y se hacen referencia explícitamente a la fuente original. Los datos de DrugBank están disponibles a través de una interfaz web pública y descargas.
Los usuarios pueden consultar DrugBank de varias formas:
- Se admiten consultas de texto simples de todo el componente textual de la base de datos. Al hacer clic en el botón Examinar, se genera una sinopsis tabular del contenido de DrugBank. Esta vista permite a los usuarios desplazarse casualmente por la base de datos o reordenar su contenido (Fig. 2).
- Al hacer clic en un botón de DrugCard determinado, se muestra el contenido de datos completo del medicamento correspondiente. Allí se proporciona una explicación completa de todos los campos y fuentes de DrugCard.
- El botón PharmaBrowse permite a los usuarios navegar por los medicamentos agrupados por su indicación. Esto es particularmente útil para farmacéuticos y médicos, pero también para investigadores farmacéuticos que buscan posibles pistas de fármacos.
- El botón ChemQuery permite a los usuarios dibujar (usando subprogramas ChemAxon ) o escribir (como una cadena SMILES ) un compuesto químico y buscar en DrugBank sustancias químicas similares o idénticas al compuesto de consulta (Fig. 3).
- El botón TextQuery admite una búsqueda de texto más sofisticada (coincidencias parciales de palabras, distingue entre mayúsculas y minúsculas , errores ortográficos, etc.) de la parte de texto de DrugBank.
- El botón SeqSearch permite a los usuarios realizar búsquedas de secuencias BLAST (proteínas) de las 18.000 secuencias contenidas en DrugBank. Se admiten consultas BLAST de secuencia única y múltiple (es decir, proteoma completo ).
- El botón Extractor de datos abre una herramienta de búsqueda de consultas relacionales fácil de usar que permite a los usuarios seleccionar o buscar en varias combinaciones de subcampos. Data Extractor es la herramienta de búsqueda más sofisticada de DrugBank.
Los usuarios pueden descargar componentes de texto seleccionados y datos de secuencia de DrugBank y realizar un seguimiento de las últimas noticias sobre DrugBank a través de fuentes de noticias periódicas a través de su sitio web, así como a través de Twitter y Facebook.
Ver también [ editar ]
 | Wikidata tiene la propiedad:
|
DrugBank ID (P715) (ver- CHEMBL
- Metabolismo de las drogas
- HMDB
- KEGG
- Lista de bases de datos biológicas
- Farmacología
- SMPDB
- T3DB
- Base de datos de objetivos terapéuticos
Referencias [ editar ]
- ^ a b c d Wishart, DS; Knox C; Guo AC; et al. (Enero de 2006). "DrugBank: un recurso integral para el descubrimiento y la exploración de fármacos in silico" . Investigación de ácidos nucleicos . 34 (Problema de la base de datos): D668-72. doi : 10.1093 / nar / gkj067 . PMC 1347430 . PMID 16381955 .
- ^ a b Wishart, DS; Knox C; Guo AC; et al. (Enero de 2008). "DrugBank: una base de conocimientos sobre drogas, acciones de drogas y objetivos de drogas" . Investigación de ácidos nucleicos . 36 (Problema de la base de datos): D901-6. doi : 10.1093 / nar / gkm958 . PMC 2238889 . PMID 18048412 .
- ↑ a b Harrison, Stephen (7 de marzo de 2019). "El vertiginoso problema de Wikipedia sin citas" Hechos "que cobran vida propia" . Revista Slate . Consultado el 9 de noviembre de 2019 .
- ^ a b c Ley, V; Knox, C; Djoumbou, Y; Jewison, T; Guo, AC; Liu, Y; Maciejewski, A; Arndt, D; Wilson, M; Neveu, V; Tang, A; Gabriel, G; Ly, C; Adamjee, S; Dame, ZT; Han, B; Zhou, Y; Wishart, DS (enero de 2014). "DrugBank 5.0: arrojar nueva luz sobre el metabolismo de las drogas" . Investigación de ácidos nucleicos . 42 (Problema de la base de datos): D1091-7. doi : 10.1093 / nar / gkt1068 . PMC 3965102 . PMID 24203711 .
- ^ Wishart, DS; Guo, AC; Eisner, R; Young, N; Gautam, B; Hau, DD; Psychogios, N; Dong, E; Bouatra, S; Mandal, R; Sinelnikov, yo; Xia, J; Jia, L; Cruz, JA; Lima; Sobsey, CA; Shrivastava, S; Huang, P; Liu, P; Fang, L; Peng, J; Fradette, R; Cheng, D; Tzur, D; Clements, M; Lewis, A; De Souza, A; Zúñiga, A; Dawe, M; Xiong, Y; Clive, D; Greiner, R; Nazyrova, A; Shaykhutdinov, R; Pequeño; Vogel, HJ; Forsythe, I (enero de 2009). "HMDB: una base de conocimientos para el metaboloma humano" . Investigación de ácidos nucleicos . 37 (Problema de la base de datos): D603-10. doi : 10.1093 / nar / gkn810 . PMC 2686599 . PMID 18953024 .
- ^ Lim, E; Pon A; Djoumbou Y; Knox C; Shrivastava S; Guo AC; Neveu V; Wishart DS. (Enero de 2010). "T3DB: una base de datos ampliamente anotada de toxinas comunes y sus objetivos" . Investigación de ácidos nucleicos . 38 (Problema de la base de datos): D781-6. doi : 10.1093 / nar / gkp934 . PMC 2808899 . PMID 19897546 .
- ^ Jewison, T; Su Y; Disfany FM; et al. (Enero de 2014). "Base de datos de vías de moléculas pequeñas" . Investigación de ácidos nucleicos . 42 (Problema de la base de datos): D478-84. doi : 10.1093 / nar / gkt1067 . PMC 3965088 . PMID 24203708 .
- ^ Knox, C; Ley, V; Jewison, T; Liu, P; Ly, S; Frolkis, A; Pon, A; Banco, K; Mak, C; Neveu, V; Djoumbou, Y; Eisner, R; Guo, AC; Wishart, DS. (Enero de 2011). "DrugBank 3.0: un recurso integral para la investigación 'ómica' sobre las drogas" . Investigación de ácidos nucleicos . 39 (Problema de la base de datos): D1035-41. doi : 10.1093 / nar / gkq1126 . PMC 3013709 . PMID 21059682 .
