Fibrobacteres es un pequeño filo bacteriano que incluye muchas de las principales bacterias del rumen , lo que permite la degradación de la celulosa de origen vegetal en los rumiantes . Los miembros de este filo se clasificaron en otros filos. El género Fibrobacter (el único género de Fibrobacteres) fue eliminado del género Bacteroides en 1988. [1]
Fibrobacterias | |
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clasificación cientifica | |
Dominio: | |
Superphylum: | |
Filo: | Fibrobacterias Garrity y Holt 2012 |
Clases | |
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Sinónimos | |
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Filogenia y estudios genómicos comparativos
Aunque Fibrobacteres , que consiste en un solo género Fibrobacter que contiene dos especies, actualmente se reconoce como un filo distinto, los estudios filogenéticos basados en secuencias de proteínas RpoC y Gyrase B indican que Fibrobacter succinogenes está estrechamente relacionado con las especies de los phyla Bacteroidetes y Chlorobi . [2] Las especies de estos tres phyla también se ramifican en la misma posición basándose en indeles de firma conservados en varias proteínas importantes. [3] Por último, y lo más importante, los estudios genómicos comparativos han identificado dos indeles de firma conservados (un inserto de 5-7 aminoácidos en la proteína RpoC y una inserción de 13-16 aminoácidos en la serina hidroximetiltransferasa ) y una proteína de firma (PG00081) que son compartido de forma única por todas las especies de estos tres filos. [4] Todos estos resultados proporcionan evidencia convincente de que las especies de estos tres filos compartían un ancestro común exclusivo de todas las demás bacterias y se ha propuesto que todas deberían ser reconocidas como parte de un único superfilo "FCB". [2] [4]
Filogenia
Lanzamiento 132 de LTP basado en rRNA 16S por The All-Species Living Tree Project [5] | Annotree v1.2.0 [6] [7] que utiliza GTDB 05-RS95 ( Base de datos de taxonomía del genoma ) [8] [9] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Taxonomía
La taxonomía actualmente aceptada se basa en la Lista de nombres de procariotas con posición en la nomenclatura (LSPN) [10] y el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI). [11]
- Clase Chitinivibrionia Sorokin et al. 2014 [Chitinispirillia Sorokin et al. 2016 ]
- Orden Chitinivibrionales Sorokin et al. 2014 [Chitinispirillales Sorokin et al. 2016 ]
- Familia Chitinivibrionaceae Sorokin et al. 2014
- Género Chitinivibrio Sorokin et al. 2014
- Especie C. alkaliphilus Sorokin et al. 2014
- Género Chitinivibrio Sorokin et al. 2014
- Familia Chitinispirillaceae Sorokin et al. 2016
- Género Chitinispirillum Sorokin et al. 2016
- Especie C. alkaliphilum Sorokin et al. 2016
- Género Chitinispirillum Sorokin et al. 2016
- Familia Chitinivibrionaceae Sorokin et al. 2014
- Orden Chitinivibrionales Sorokin et al. 2014 [Chitinispirillales Sorokin et al. 2016 ]
- Clase Fibrobacteria Spain et al. 2012
- Orden Fibrobacterales Spain et al. 2012 ["Fibromonadales" Abdul Rahman et al. 2016 ]
- Familia Fibrobacteraceae Spain et al. 2012 [Fibromonadaceae " Abdul Rahman et al. 2016 ]
- Género " Hallerella " Wylensek et al. 2020
- Especie " H. porci " Wylensek et al. 2021
- Especie " H. succinigenes " Wylensek et al. 2020
- Género " Candidatus Fibromonas " Abdul Rahman et al. 2016
- Especie " Ca. F. termitidis " Abdul Rahman et al. 2016
- Género Fibrobacter Montgomery et al. 1988
- Especie F. intestinalis Montgomery et al. 1988
- Especie F. succinogenes (Hungate 1950) Montgomery et al. 1988
- Subespecie F. s. elongatus Montgomery y col. 1988
- Subespecie F. s. succinogenes (Hungate 1950) Montgomery et al. 1988
- Género " Hallerella " Wylensek et al. 2020
- Familia Fibrobacteraceae Spain et al. 2012 [Fibromonadaceae " Abdul Rahman et al. 2016 ]
- Orden Fibrobacterales Spain et al. 2012 ["Fibromonadales" Abdul Rahman et al. 2016 ]
Distribución
Se considera que el filo Fibrobacteres está estrechamente relacionado con el CFB [Cytophaga-Flavibacterium-Bacteroides]. [4] El único género en este filo es Fibrobacter que contiene cepas de las entrañas de muchos mamíferos, incluidos el ganado y los cerdos. [12] Las dos especies descritas en este género, a saber, Fibrobacter succinogenes y Fibrobacter intestinalis, son miembros importantes de las comunidades fibrolíticas en el intestino de los mamíferos y han recibido mucha atención en las últimas décadas debido al interés de larga data de los microbios capaces de degradar la fibra vegetal.
La evidencia molecular basada en la amplificación de genes de ARNr 16 de varios entornos sugiere que el filo está mucho más extendido de lo que se pensaba anteriormente. [13] [14] La mayoría de los clones de ambientes de mamíferos se agrupan junto con los aislados conocidos en lo que se ha llamado el subfilo Fibrobacteres 1. [14] Sin embargo, los miembros del subfilo Fibrobacteres 2 se han encontrado hasta ahora sólo en el intestino de las termitas. [14] [15] y en algunas cucarachas que se alimentan de basura. [16] El predominio del subfilo 2 de Fibrobacteres en las comunidades bacterianas asociadas a la fibra celulolítica en el intestino posterior de Nasutitermes corniger que se alimenta de madera sugiere que desempeñan un papel importante en la descomposición del material vegetal en las termitas superiores. [17]
Ver también
- Fibrobacter succinogenes
- Filo candidato TG3
- Lista de órdenes bacterianas
Referencias
- ^ Montgomery L, Flesher B, Stahl D (1988). "Transferencia de Bacteroides succinogenes (Hungate) a Fibrobacter gen. Nov. Como Fibrobacter succinogenes comb. Nov. Y descripción de Fibrobacter intestinalis sp. Nov." . En t. J. Syst. Bacteriol . 38 (4): 430–435. doi : 10.1099 / 00207713-38-4-430 .
- ^ a b Gupta, RS (2004). "La filogenia y características de las secuencias de firma de Fibrobacteres, Chlorobi y Bacteroidetes". Revisiones críticas en microbiología . 30 (2): 123–140. doi : 10.1080 / 10408410490435133 . PMID 15239383 . S2CID 24565648 .
- ^ Griffiths, E; Gupta, RS (2001). "El uso de secuencias de firma en diferentes proteínas para determinar el orden de ramificación relativo de las divisiones bacterianas: evidencia de que Fibrobacter divergió en un momento similar a Chlamydia y la división Cytophaga-Flavobacterium-Bacteroides" . Microbiología . 147 (9): 2611-22. doi : 10.1099 / 00221287-147-9-2611 . PMID 11535801 .
- ^ a b c Gupta, RS; Lorenzini, E. (2007). "Filogenia y firmas moleculares (proteínas conservadas e indeles) que son específicas de las especies Bacteroidetes y Chlorobi" . Biología Evolutiva BMC . 7 : 71. doi : 10.1186 / 1471-2148-7-71 . PMC 1887533 . PMID 17488508 .
- ^ Proyecto de árbol vivo de todas las especies . "Lanzamiento 132 de LTP basado en ARNr 16S" . Base de datos completa de ARN ribosómico de Silva . Consultado el 20 de agosto de 2015 .
- ^ "AnnoTree v1.2.0" . AnnoTree .
- ^ Mendler, K; Chen, H; Parks, DH; Hug, LA; Doxey, AC (2019). "AnnoTree: visualización y exploración de un árbol de la vida microbiano anotado funcionalmente" . Investigación de ácidos nucleicos . 47 (9): 4442–4448. doi : 10.1093 / nar / gkz246 . PMC 6511854 . PMID 31081040 .
- ^ "GTDB release 05-RS95" . Base de datos de taxonomía del genoma .
- ^ Parks, DH; Chuvochina, M; Chaumeil, PA; Rinke, C; Mussig, AJ; Hugenholtz, P (septiembre de 2020). "Una taxonomía completa de dominio a especie para bacterias y arqueas" . Biotecnología de la naturaleza . 38 (9): 1079–1086. bioRxiv 10.1101 / 771964 . doi : 10.1038 / s41587-020-0501-8 . PMID 32341564 . S2CID 216560589 .
- ^ Euzéby JP. "Fibrobacteres" . Lista de nombres procariotas con posición en nomenclatura (LPSN) . Consultado el 20 de marzo de 2021 .
- ^ Sayers. "Fibrobacteres" . Base de datos de taxonomía del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) . Consultado el 20 de marzo de 2021 .
- ^ Qi, M. y Nelson, KE y Daugherty, SC y Nelson, WC y Hance, IR y Morrison, M. y Forsberg, CW (2005). "Características moleculares novedosas de la bacteria intestinal fibrolítica Fibrobacter intestinalis no compartida con Fibrobacter succinogenes según lo determinado por hibridación sustractiva supresiva" . Revista de bacteriología . 187 (11): 3739–3751. doi : 10.1128 / jb.187.11.3739-3751.2005 . PMC 1112041 . PMID 15901698 .Mantenimiento de CS1: utiliza el parámetro de autores ( enlace )
- ^ McDonald, JE; Lockhart, RJ; Cox, MJ; Allison, ÉL; McCarthy, AJ (2008). "Detección de nuevas poblaciones de Fibrobacter en vertederos y determinación de su abundancia relativa mediante PCR cuantitativa". Microbiología ambiental . 10 (5): 1310-1319. doi : 10.1111 / j.1462-2920.2007.01544.x . PMID 18266756 .
- ^ a b c Hongoh, Y. y Deevong, P. y Hattori, S. e Inoue, T. y Noda, S. y Noparatnaraporn, N. y Kudo, T. y Ohkuma, M. (2006). "Diversidad filogenética, localización y morfologías celulares de miembros del filo candidato TG3 y un subfilo en el filo Fibrobacteres, grupos bacterianos recientemente descubiertos dominantes en el intestino de las termitas" . Microbiología aplicada y ambiental . 72 (10): 6780–6788. doi : 10.1128 / aem.00891-06 . PMC 1610327 . PMID 17021231 .Mantenimiento de CS1: utiliza el parámetro de autores ( enlace )
- ^ Mikaelyan, A .; Dietrich, C .; Köhler, T .; Poulsen, M .; Sillam-Dussès, D .; Brune, A. (2015). "La dieta es el principal determinante de la estructura de la comunidad bacteriana en las entrañas de las termitas superiores". Ecología molecular . 24 (20): 5824–5895. doi : 10.1111 / mec.13376 . PMID 26348261 . S2CID 206182668 .
- ^ Mikaelyan, A .; Köhler, T .; Lampert, N .; Rohland, J .; Boga, H .; Meuser, K .; Brune, A. (2015). "Clasificación de la microbiota intestinal bacteriana de termitas y cucarachas: una base de datos de referencia filogenética curada (DictDb)". Microbiología sistemática y aplicada . 38 (7): 472–482. doi : 10.1016 / j.syapm.2015.07.004 . PMID 26283320 .
- ^ Mikaelyan, A .; Strassert, J .; Tokuda, G .; Brune, A. (2014). "La comunidad bacteriana celulolítica asociada a la fibra en el intestino posterior de las termitas superiores que se alimentan de madera (Nasutitermes spp.)". Microbiología ambiental . 16 (9): 2711–2722. doi : 10.1111 / 1462-2920.12425 .
- Holt JG (editor) (1994). Manual de Bergey de bacteriología determinante (9ª ed.). Williams y Wilkins. ISBN 978-0-683-00603-2.CS1 maint: texto adicional: lista de autores ( enlace )
enlaces externos
- Lista de nombres procarióticos con posición en la nomenclatura - Género Fibrobacter
- Clasificación Systema Naturae 2000: Phylum Fibrobacteres