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FlyBase es una base de datos bioinformática en línea y el depósito principal de datos genéticos y moleculares de la familia de insectos Drosophilidae . [1] Para la especie y el organismo modelo más estudiados , Drosophila melanogaster , se presenta una amplia gama de datos en diferentes formatos.

La información en FlyBase proviene de una variedad de fuentes que van desde proyectos genómicos a gran escala hasta la literatura de investigación primaria. Estos tipos de datos incluyen fenotipos mutantes ; caracterización molecular de alelos mutantes ; y otras desviaciones, mapas citológicos, patrones de expresión de tipo salvaje , imágenes anatómicas, construcciones e inserciones transgénicas, modelos de genes a nivel de secuencia y clasificación molecular de funciones de productos génicos. [2]Las herramientas de consulta permiten la navegación de FlyBase a través de secuencias de ADN o proteínas, por nombre de gen o mutante, o mediante términos de las diversas ontologías utilizadas para capturar datos funcionales, fenotípicos y anatómicos. La base de datos ofrece varias herramientas de consulta diferentes para proporcionar un acceso eficiente a los datos disponibles y facilitar el descubrimiento de relaciones significativas dentro de la base de datos. [3] Los vínculos entre FlyBase y bases de datos externas, como BDGP o modENCODE , brindan la oportunidad de explorar más a fondo otras bases de datos de organismos modelo y otros recursos de información biológica y molecular. [4] El proyecto FlyBase lo lleva a cabo un consorcio de Drosophila.investigadores e informáticos de la Universidad de Harvard y la Universidad de Indiana en los Estados Unidos, y la Universidad de Cambridge en el Reino Unido.

FlyBase es una de las organizaciones que contribuye a la base de datos de organismos modelo genérico (GMOD) .

Antecedentes [ editar ]

Drosophila melanogaster ha sido un organismo experimental desde principios del siglo XX y desde entonces se ha situado a la vanguardia de muchas áreas de investigación. [5] A medida que este campo de investigación se expandió y se volvió global, los investigadores que trabajaban en los mismos problemas necesitaban una forma de comunicarse y monitorear el progreso en el campo. Este nicho se llenó inicialmente con boletines comunitarios como el Servicio de Información de Drosophila (DIS), que se remonta a 1934, cuando el campo comenzaba a extenderse desde Thomas Hunt Morgan.laboratorio de. El material de estas páginas presentaba "catálogos" regulares de mutaciones y bibliografías de la literatura sobre Drosophila. A medida que la infraestructura informática se desarrolló en los años 80 y 90, estos boletines cedieron y se fusionaron con las listas de correo de Internet, y finalmente se convirtieron en recursos y datos en línea. En 1992, los datos sobre la genética y la genómica de D. melanogaster y especies relacionadas estaban disponibles electrónicamente a través de Internet a través de FlyBase, BDGP , financiado con fondos(Berkeley Drosophila Genome Project) y los grupos informáticos EDGP (European Drosophila Genome Project). Estos grupos reconocieron que la mayoría de los tipos de datos comunitarios y de proyectos genómicos se superponían. Decidieron que sería valioso presentar a la comunidad científica una visión integrada de los datos. En octubre de 1992, el Centro Nacional de Investigación del Genoma Humano de los NIH financió el proyecto FlyBase con el objetivo de diseñar, construir y publicar una base de datos de información genética y molecular sobre Drosophila melanogaster . FlyBase también recibe el apoyo del Medical Research Council de Londres. [6]En 1998, el consorcio FlyBase integró la información en un único servidor de genómica de Drosophila. Actualmente, el proyecto FlyBase lo lleva a cabo un consorcio de investigadores e informáticos de Drosophila en: la Universidad de Harvard, la Universidad de Cambridge (Reino Unido), la Universidad de Indiana y la Universidad de Nuevo México. [7]

Contenido [ editar ]

FlyBase contiene una anotación completa del genoma de Drosophila melanogaster que se actualiza varias veces al año. [8] También incluye una bibliografía de investigación sobre la genética de Drosophila en el último siglo. Se puede buscar información sobre los investigadores actuales y un pedigrí parcial de las relaciones entre los investigadores actuales, según el registro del científico participante ( Find a Person ). El sitio también proporciona una gran base de datos de imágenes que ilustran el genoma completo y varias películas que detallan la embriogénesis ( ImageBrowser ).

Estrategias de búsqueda: los informes de genes de los doce genomas secuenciados de Drosophila están disponibles en FlyBase. Hay cuatro formas principales de examinar estos datos: archivos precalculados , BLAST , Gbrowse y páginas de informes genéticos. Los archivos Gbrowse y precalculados son para análisis de todo el genoma, bioinformática y genómica comparativa. Las páginas de informes de genes y BLAST son para un gen, una proteína o una región específicos de la especie.

Al buscar citología, hay dos herramientas principales disponibles. Utilice Cytosearch cuando busque genes mapeados citológicamente o deficiencias, que no han sido mapeados molecularmente a la secuencia. Utilice Gbrowse cuando busque secuencias, inserciones o sondas Affymetrix mapeadas molecularmente.

Hay dos herramientas de consulta principales en FlyBase. La primera herramienta de consulta principal se llama Jump to Gene (J2G). Esto se encuentra en la parte superior derecha de la barra de navegación azul en cada página de FlyBase. Esta herramienta es útil cuando sabe exactamente lo que está buscando y desea ir a la página del informe con esos datos. La segunda herramienta de consulta principal se llama QuickSearch. Se encuentra en la página de inicio de FlyBase. Esta herramienta es más útil cuando desea buscar algo rápidamente de lo que es posible que solo sepa un poco. La búsqueda se puede realizar solo dentro de D. melanogaster o dentro de todas las especies. Los datos distintos de los genes se pueden buscar utilizando el menú "clase de datos".

Investigación relacionada [ editar ]

A continuación, se proporcionan dos ejemplos de investigaciones relacionadas con FlyBase o que las utilizan:

  • El primero es un estudio de genes expresados ​​de alate (que significa "que tiene alas") Toxoptera citricida , más comúnmente conocido como pulgón marrón de los cítricos. El pulgón pardo de los cítricos, se considera el vector principal del virus de la tristeza de los cítricos., un patógeno severo que causa pérdidas a las industrias cítricas en todo el mundo. La forma alada de este pulgón puede volar largas distancias con el viento, lo que les permite propagar el virus de la tristeza de los cítricos en las regiones de cultivo de cítricos. Para comprender mejor la biología del pulgón marrón de los cítricos y la aparición de genes expresados ​​durante el desarrollo de las alas, los investigadores llevaron a cabo un proyecto de secuenciación del extremo 5 'a gran escala de clones de ADNc de pulgones alados. Proyectos similares de secuenciación de etiquetas de secuencia expresada (EST) a gran escala de otros insectos han proporcionado un vehículo para responder preguntas biológicas relacionadas con el desarrollo y la fisiología. Aunque hay una base de datos en crecimiento en GenBankde las tecnologías ecológicamente racionales de insectos, la mayoría son de Drosophila melanogaster, con relativamente pocas derivadas específicamente de pulgones. Los investigadores pudieron proporcionar un gran conjunto de datos de tecnologías ecológicamente racionales del pulgón marrón de los cítricos alado (alado) y han comenzado a analizar este valioso recurso. Pudieron hacer esto con la ayuda de información sobre Drosophila melanogaster en FlyBase. La identidad de secuencia putativa se determinó usando búsquedas BLAST. Las coincidencias de secuencia con puntuaciones de valor E ≤ -10 se consideraron significativas y se categorizaron de acuerdo con el sistema de clasificación de Ontología Genética (GO) basado en la anotación de las 5 coincidencias de 'mejor resultado' en búsquedas BLASTX. Todas las coincidencias de D. melanogaster se catalogaron utilizando FlyBase. Casi todas estas coincidencias de "mejores resultados" se caracterizaron con respecto a los genes anotados funcionalmente en D. melanogaster utilizando FlyBase.La información genética es crucial para avanzar en la comprensión de la biología de los áfidos y desempeñará un papel importante en el desarrollo de futuras estrategias de control no químicas y basadas en genes contra estas plagas de insectos.[9]
  • Mejora de la anotación de ontología genética de Drosophila: Qué hacen los productos genéticos y dónde lo hacen son preguntas importantes para los biólogos. El proyecto Gene Ontology se estableció hace 13 años para resumir estos datos de manera coherente en diferentes bases de datos mediante el uso de un conjunto común de términos de vocabulario definidos. También codifican relaciones entre términos. El Proyecto de Ontología Genética es una importante iniciativa de bioinformática con el objetivo de estandarizar la representación de genes y atributos de productos genéticos en especies y bases de datos. El proyecto también proporciona datos de anotación de productos genéticos de los miembros del consorcio GO. [10]FlyBase fue uno de los tres miembros fundadores del Consorcio de Ontología Genética. La anotación GO comprende al menos tres componentes: un término GO que describe la función molecular, el papel biológico o la ubicación subcelular; un "código de evidencia" que describe el tipo de análisis utilizado para respaldar el término GO; y una atribución a una referencia específica. La anotación GO es útil para análisis tanto a pequeña como a gran escala. Puede proporcionar una primera indicación de la naturaleza de un producto genético y, junto con los códigos de evidencia, apuntar directamente a artículos con datos experimentales pertinentes. Las prioridades actuales para la anotación son: homólogos de genes de enfermedades humanas, genes que están altamente conservados en todas las especies, genes involucrados en vías bioquímicas / de señalización y genes tópicos que han demostrado ser de gran interés en publicaciones recientes.FlyBase ha estado contribuyendo con anotaciones GO al proyecto desde que comenzó en agosto de 2006. Las anotaciones GO aparecen en la página Gene Report en FlyBase. Los datos de GO se pueden buscar en FlyBase utilizando TermLink y QueryBuilder. El GO es dinámico y puede cambiar a diario, por ejemplo, la adición de nuevos términos. Para mantenerse al día, FlyBase carga una nueva versión del GO cada una o dos versiones de FlyBase. El conjunto de anotaciones GO se envía al GOC al mismo tiempo que se lanza una nueva versión de FlyBase.FlyBase carga una nueva versión de GO cada una o dos versiones de FlyBase. El conjunto de anotaciones GO se envía al GOC al mismo tiempo que se lanza una nueva versión de FlyBase.FlyBase carga una nueva versión de GO cada una o dos versiones de FlyBase. El conjunto de anotaciones GO se envía al GOC al mismo tiempo que se lanza una nueva versión de FlyBase.[11]

Ver también [ editar ]

  • Lista de bases de datos de Drosophila
  • Bases de datos de organismos modelo
  • WormBase
  • Xenbase

Notas y referencias [ editar ]

  1. ^ Thurmond, Jim; Goodman, Joshua L; Strelets, Victor B; Attrill, Helen; Gramates, L Sian; Marygold, Steven J; Matthews, Beverley B; Millburn, Gillian; Antonazzo, Giulia; Trovisco, Vitor; Kaufman, Thomas C; Calvi, Brian R; Perrimon, Norbert; Gelbart, Susan Russo; Agapite, Julie; Broll, Kris; Crosby, Lynn; Santos, Gilberto dos; Emmert, David; Gramates, L Sian; Falls, Kathleen; Jenkins, Victoria; Matthews, Beverley; Sutherland, Carol; Tabone, Christopher; Zhou, Pinglei; Zytkovicz, Mark; Brown, Nick; Antonazzo, Giulia; Attrill, Helen; Garapati, Phani; Holmes, Alex; Larkin, Aoife; Marygold, Steven; Millburn, Gillian; Peregrina, Clara; Trovisco, Vitor; Urbano, Pepe; Kaufman, Thomas; Calvi, Brian; Czoch, Bryon; Goodman, Josh; Strelets, Victor; Thurmond, Jim; Cripps, Richard; Baker, Phillip (8 de enero de 2019)."FlyBase 2.0: la próxima generación" . Investigación de ácidos nucleicos . 47 (D1): D759 – D765. doi : 10.1093 / nar / gky1003 . PMC  6323960 . PMID  30364959 .
  2. ^ Crosby, Madeline A; et al. (2007). "FlyBase: genomas por docena" . Investigación de ácidos nucleicos . Revistas de Oxford. 35 (Problema de la base de datos): D486 – D491. doi : 10.1093 / nar / gkl827 . PMC 1669768 . PMID 17099233 .  
  3. ^ Wilson, RJ; Goodman, JL; Strelets, VB (2008). "FlyBase: integración y mejoras a las herramientas de consulta" . Ácidos nucleicos Res . 36 (Problema de la base de datos): D588–93. doi : 10.1093 / nar / gkm930 . PMC 2238994 . PMID 18160408 .  
  4. ^ Drysdale, R (2008). FlyBase: una base de datos para la comunidad de investigación de Drosophila . Methods Mol. Biol. 420 . págs. 45–59. doi : 10.1007 / 978-1-59745-583-1_3 . PMID 18641940 . 
  5. ^ Pete Geiger (2002). "Una introducción a Drosophila Melanogaster" . BIOLOGÍA.ARIZONA.EDU. Archivado desde el original el 2 de agosto de 2013.
  6. ^ Gelbart, WM; Crosby, M; Matthews, B; Rindone, WP; Chillemi, J; Russo Twombly, S; Emmert, D; Ashburner, M; Drysdale, RA; Whitfield, E; Millburn, GH; de Gray, A; Kaufman, T; Matthews, K; Gilbert, D; Strelets, V; Tolstoshev, C (1997). "FlyBase: una base de datos de Drosophila. El consorcio FlyBase" . Ácidos nucleicos Res . 25 (1): 63–6. doi : 10.1093 / nar / 25.1.63 . PMC 146418 . PMID 9045212 .  
  7. ^ "FlyBase: Acerca de" . flybase.org . Consultado el 26 de marzo de 2019 .
  8. ^ Drysdale, Rachel; Consorcio Flybase (19 de julio de 2008). Dahmann, Christian (ed.). FlyBase: una base de datos para la comunidad de investigación de Drosophila . Métodos en Biología Molecular. 420 . Totowa, Nueva Jersey, Estados Unidos: Humana Press. págs. 45–59. doi : 10.1007 / 978-1-59745-583-1_3 . PMID 18641940 . 
  9. ^ Hunter, WB; Dang, PM; Bausher, MG; Chaparro, JX; McKendree, W; Se rompe, RG; McKenzie, CL; Sinisterra, XH (2003). "Biología del áfido: genes expresados ​​de alate Toxoptera citricida, el pulgón marrón de los cítricos" . J. Insect Sci . 3 : 23. doi : 10.1093 / JIS / 3.1.23 . PMC 524662 . PMID 15841239 .  
  10. ^ "La ontología genética" . Consultado el 31 de mayo de 2017 .
  11. ^ Tweedie, Susan; et al. (2009). "FlyBase: mejora de anotaciones de ontología de genes de Drosophila" . Investigación de ácidos nucleicos . Revistas de Oxford. 37 (Problema de la base de datos): D555 – D559. doi : 10.1093 / nar / gkn788 . PMC 2686450 . PMID 18948289 .  

Enlaces externos [ editar ]

  • Sitio oficial