Los Gemmatimonadetes (alternativamente Gemmatimonadota) son un filo de bacterias establecido en 2003. El filo contiene dos clases Gemmatimonadetes y Longimicrobia.
Gemmatimonadetes | |
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clasificación cientifica | |
Dominio: | |
(no clasificado): | |
Filo: | Gemmatimonadetes Zhang y col. 2003 |
Clases | |
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Sinónimos | |
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Especies
La especie tipo Gemmatimonas aurantiaca cepa T-27 T se aisló de lodos activados en un sistema de tratamiento de aguas residuales en 2003. [1] Es una bacteria Gram-negativa capaz de crecer tanto por respiración aeróbica como anaeróbica. [2]
La segunda especie cultivada fue Gemmatirosa kalamazoonensis gen. nov., sp. nov. cepa KBS708, que se aisló de suelo agrícola gestionado orgánicamente en Michigan, EE. UU. [3]
La tercera especie cultivada Gemmatimonas phototrophica cepa AP64 T se aisló de un lago desértico de agua dulce poco profundo Tiān é hú (lago de los cisnes) en el norte de China. [4] Una característica única de este organismo es la presencia de centros de reacción fotosintéticos bacterianos. Probablemente adquirió genes para la fotosíntesis anoxigénica a través de la transferencia horizontal de genes . G. phototrophica es un organismo fotoheterotrófico facultativo. Requiere el suministro de sustrato orgánico para el crecimiento, pero puede obtener energía adicional para su metabolismo de la luz. [5]
La cepa CB-286315T de Longimicrobium terrae se aisló de una muestra de suelo de un ecosistema de bosque mediterráneo típico ubicado en Granada, España. Debido a esta gran distancia filogenética de otras Gemmatimonades cultivadas, estableció una nueva clase llamada Longimicrobia. [6]
Distribución ambiental
Los datos de estudios independientes de la cultura indican que los gemmatimonadetes están ampliamente distribuidos en muchos hábitats naturales. Constituyen aproximadamente el 2% de las comunidades bacterianas del suelo y se ha identificado como uno de los nueve filos principales que se encuentran en los suelos; sin embargo, actualmente solo hay seis aislamientos cultivados. [7] Se han encontrado gemmatimonadetes en una variedad de suelos áridos, como pastizales, praderas y pastizales, así como en sedimentos de lagos eutróficos y suelos alpinos. Esta amplia gama de ambientes donde se han encontrado Gemmatimonadetes sugiere una adaptación a la baja humedad del suelo. [8] Un estudio realizado mostró que la distribución de Gemmatimonadetes en el suelo tiende a depender más de la disponibilidad de humedad que de la agregación, lo que refuerza la creencia de que los miembros de este filo prefieren suelos más secos. [9] También se encontraron cantidades menores en varios ambientes acuáticos, como aguas dulces y sedimentos.
Taxonomía
La taxonomía actualmente aceptada se basa en la Lista de nombres de procariotas con posición en la nomenclatura (LSPN), [10] Centro nacional de información biotecnológica [11] y el Proyecto de árboles vivos para todas las especies . [12]
- Phylum Gemmatimonadetes Zhang et al. 2003 [Gemmatimonadota Whitman et al. 2018]
- Clase Longimicrobia Pascual et al. 2016
- Orden Longimicrobiales Pascual et al. 2016
- Familia Longimicrobiaceae Pascual et al. 2016
- Género Longimicrobium Pascual et al. 2016
- Especie Longimicrobium terrae Pascual et al. 2016
- Género Longimicrobium Pascual et al. 2016
- Familia Longimicrobiaceae Pascual et al. 2016
- Orden Longimicrobiales Pascual et al. 2016
- Clase Gemmatimonadetes Zhang et al. 2003
- Solicite Gemmatimonadales Zhang et al. 2003
- Familia Gemmatimonadaceae Zhang et al. 2003
- Género Gemmatirosa DeBruyn et al. 2013
- Especie Gemmatirosa kalamazoonesis DeBruyn et al. 2013
- Género Gemmatimonas Zhang et al. 2003 enmienda. Zeng y col. 2015
- Especie G. phototrophica Zeng et al. 2015
- Especie G. aurantiaca Zhang et al. 2003 enmienda. Zeng y col. 2015
- Género Gemmatirosa DeBruyn et al. 2013
- Familia Gemmatimonadaceae Zhang et al. 2003
- Solicite Gemmatimonadales Zhang et al. 2003
- Clase Longimicrobia Pascual et al. 2016
Ver también
Referencias
- ^ Zhang H, Sekiguchi Y, Hanada S, Hugenholtz P, Kim H, Kamagata Y, Nakamura K (2003). "Gemmatimonas aurantiaca gen. Nov., Sp. Nov., Un microorganismo gramnegativo, aeróbico, acumulador de polifosfato, el primer representante cultivado del nuevo filo bacteriano Gemmatimonadetes phyl. Nov" . Int J Syst Evol Microbiol . 53 (Pt 4): 1155–63. doi : 10.1099 / ijs.0.02520-0 . PMID 12892144 .
- ^ Takaichi, S; Maoka, T; Takasaki, K; Hanada, S (2009). "Carotenoides de Gemmatimonas aurantiaca (Gemmatimonadetes) : identificación de un nuevo carotenoide, 2-rhamnoside deoxyoscillol, y ruta biosintética propuesta de oscillol 2,2′-dirhamnoside" . Microbiología . 156 (3): 757–763. doi : 10.1099 / mic.0.034249-0 . PMID 19959572 .
- ^ DeBruyn JM; Fawaz MN; Pavo real, AD; Dunlap JR; Nixon LT; Cooper KE; Radosevich M. (2013). " Gemmatirosa kalamazoonesis gen. Nov., Sp. Nov., Un miembro del filo bacteriano rara vez cultivado Gemmatimonadetes" . J Gen Appl Microbiol . 59 (4): 305–312. doi : 10.2323 / jgam.59.305 . PMID 24005180 .
- ^ Zeng Y .; Selyanin V .; Lukeš M .; Dean J .; Kaftan D .; Feng F .; Koblížek M. (2015). "Caracterización de la bacteria microaerófila, que contiene bacterioclorofila a Gemmatimonas phototrophica sp. Nov., Y descripciones enmendadas de los géneros Gemmatimonas y Gemmatimonas aurantiaca " . Int J Syst Evol Microbiol . 65 (8): 2410–2419. doi : 10.1099 / ijs.0.000272 . PMID 25899503 .
- ^ Zeng Y .; Feng F .; Medová H .; Dean J .; Koblížek M. (2014). "Centros de reacción fotosintética funcional de tipo 2 encontrados en el raro filo bacteriano Gemmatimonadetes" . Proc Natl Acad Sci USA . 111 (21): 7795–7800. Código Bibliográfico : 2014PNAS..111.7795Z . doi : 10.1073 / pnas.1400295111 . PMC 4040607 . PMID 24821787 .
- ^ Pascual J .; García-López M .; Facturas GF; Genilloud O. (2016). " Longimicrobium terrae gen. Nov., Sp. Nov., Una nueva bacteria oligotrófica del filo infrarrepresentado Gemmatimonadetes aislado a través de un sistema de cámaras de difusión miniaturizadas" . Int J Syst Evol Microbiol . 66 (5): 1976–1985. doi : 10.1099 / ijsem.0.000974 . PMID 26873585 .
- ^ Fawaz, Mariam (2013). "Revelando el papel ecológico de gemmatimonadetes a través del cultivo y análisis molecular de suelos agrícolas". Tesis de maestría, Universidad de Tennessee : vi.
- ^ DeBruyn, J; Nixon, L; Fawaz, M; Johnson, M; Radosevich, M (2011). "Biogeografía global y dinámica de estación cuantitativa de gemmatimonadetes en suelo" . Apl. Reinar. Microbiol . 77 (17): 6295–300. doi : 10.1128 / AEM.05005-11 . PMC 3165389 . PMID 21764958 .
- ^ Fawaz, Mariam (2013). "Revelando el papel ecológico de gemmatimonadetes a través del cultivo y análisis molecular de suelos agrícolas". Tesis de maestría, Universidad de Tennessee : vi.
- ^ JP Euzéby. "Gemmatimonadetes" . Lista de nombres procariotas con posición en nomenclatura (LPSN) . Consultado el 20 de marzo de 2016 .
- ^ Sayers; et al. "Gemmatimonadetes" . Base de datos de taxonomía del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) . Consultado el 20 de marzo de 2016 .
- ^ "Lanzamiento 123 de LTP basado en rRNA 16S (árbol completo)" (PDF) . Base de datos completa de ARN ribosómico de Silva . Consultado el 20 de marzo de 2016 .
enlaces externos
- Taxonomía breve
- Fawaz, MN (2013). Revelando el papel ecológico de los gemmatimonadetes a través del cultivo y análisis molecular de suelos agrícolas. 44-60. Breve reseña del filo.
- ^ "AnnoTree v1.2.0" . AnnoTree .
- ^ Mendler, K; Chen, H; Parks, DH; Hug, LA; Doxey, AC (2019). "AnnoTree: visualización y exploración de un árbol de la vida microbiano anotado funcionalmente" . Investigación de ácidos nucleicos . 47 (9): 4442–4448. doi : 10.1093 / nar / gkz246 . PMC 6511854 . PMID 31081040 .
- ^ "GTDB release 05-RS95" . Base de datos de taxonomía del genoma .
- ^ Parks, DH; Chuvochina, M; Chaumeil, PA; Rinke, C; Mussig, AJ; Hugenholtz, P (septiembre de 2020). "Una taxonomía completa de dominio a especie para bacterias y arqueas" . Biotecnología de la naturaleza . 38 (9): 1079–1086. bioRxiv 10.1101 / 771964 . doi : 10.1038 / s41587-020-0501-8 . PMID 32341564 . S2CID 216560589 .