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Jmol
Logotipo de J (S) mol 2013.svg
Streptavidin.png de captura de pantalla de Jmol
Representación de la estructura tridimensional de Jmol de estreptavidina
Desarrollador (es)Equipo de desarrollo de Jmol
Versión inicial2001 ; hace 20 años ( 2001 )
Lanzamiento estable14.6.4 (15 de octubre de 2016 ; hace 4 años ) [±] ( 15/10/2016 )
Versión de vista previa14.5.0 (12 de agosto de 2000 ; hace 20 años ) [±] ( 12 de agosto de 2000 )
Repositoriosourceforge .net / proyectos / jmol
Escrito enJava
Sistema operativoMultiplataforma
PlataformaSistemas con Java y navegadores web sin Java
Disponible en16 idiomas
Lista de idiomas
Catalán, chino, checo, danés, holandés, inglés, francés, alemán, húngaro, indonesio, italiano, coreano, portugués, español, turco, ucraniano [1]
TipoModelado molecular
LicenciaLGPL 2.0
Sitio webwww .jmol .org

Jmol es un software informático para el modelado molecular de estructuras químicas en 3 dimensiones . [2] Jmol devuelve una representación en 3D de una molécula que puede usarse como herramienta de enseñanza, [3] o para investigación, por ejemplo, en química y bioquímica . Está escrito en el lenguaje de programación Java , por lo que puede ejecutarse en los sistemas operativos Windows , macOS , Linux y Unix , si Java está instalado. Es un software gratuito y de código abierto publicado bajo unLicencia pública general reducida GNU (LGPL) versión 2.0. Existe una aplicación independiente y un kit de desarrollo de software (SDK) que se pueden integrar en otras aplicaciones Java, como Bioclipse y Taverna .

Una característica popular es un subprograma que se puede integrar en páginas web para mostrar moléculas de diversas formas. Por ejemplo, las moléculas se pueden mostrar como modelos de bola y palo , modelos de relleno de espacio , diagramas de cinta , etc. [4] Jmol admite una amplia gama de formatos de archivos químicos , incluido el banco de datos de proteínas (pdb), el archivo de información cristalográfica ( cif), MDL Molfile (mol) y Chemical Markup Language (CML). También hay una versión solo de JavaScript ( HTML5 ), JSmol , que se puede usar en computadoras sin Java. [5]

El subprograma Jmol, entre otras capacidades, ofrece una alternativa al complemento Chime , [3] que ya no se encuentra en desarrollo activo. Si bien Jmol tiene muchas características de las que carece Chime, no pretende reproducir todas las funciones de Chime, más notablemente, el modo Sculpt . Chime requiere la instalación de un complemento e Internet Explorer 6.0 o Firefox 2.0 en Microsoft Windows , o Netscape Communicator 4.8 en Mac OS 9 . Jmol requiere la instalación de Java y funciona en una amplia variedad de plataformas. Por ejemplo, Jmol es completamente funcional en Mozilla Firefox ,Internet Explorer , Opera , Google Chrome y Safari .

Capturas de pantalla [ editar ]

  • Estructura cristalina de una caja RNP de H / ACA de Pyrococcus furiosus .

  • Destacando dos puentes salinos en el tetrámero de hemoglobina (grupo hemo como barras en la parte inferior derecha).

  • Un fragmento del factor de transcripción TFIIIA que forma tres motivos de dedos de zinc consecutivos, unidos a un tramo de ADN.

  • Ribosoma eubacteriano 70S de Thermus thermophilus .

Ver también [ editar ]

  • Kit de desarrollo químico (CDK)
  • Comparación de software para modelado de mecánica molecular
  • Lista de paquetes de software gratuitos y de código abierto
  • Lista de sistemas de gráficos moleculares
  • Gráficos moleculares
  • Editor de moléculas
  • Proteopedia
  • PyMOL
  • SANSÓN
  • Sonrisas

Referencias [ editar ]

  1. ^ Traducciones de Jmol
  2. ^ Chen, Jim X. (2008), Springer (ed.), Guía de herramientas de software de gráficos , p. 471, ISBN 978-1-84800-900-4
  3. ^ a b Herráez, A (2006), "Biomoléculas en la computadora: Jmol al rescate" , Educación en bioquímica y biología molecular , 34 (4): 255–61, doi : 10.1002 / bmb.2006.494034042644 , PMID 21638687 , S2CID 36319720  
  4. ^ Herráez, A (2007), Lulu (ed.), Cómo utilizar Jmol para estudiar y presentar estructuras moleculares, Volumen 1 , p. 21, ISBN 978-1-84799-259-8
  5. ^ "JSmol" . Archivado desde el original el 1 de enero de 2018 . Consultado el 2 de noviembre de 2015 .

Enlaces externos [ editar ]

  • Página web oficial
    • Wiki con listados de sitios web , wikis y estados de ánimo
  • Willighagen, Egon; Howard, Miguel (junio de 2007). "Gráficos moleculares rápidos y programables en navegadores web sin Java3D" . Precedencias de la naturaleza . doi : 10.1038 / npre.2007.50.1 .
  • Extensión Jmol para MediaWiki