El archivo de información cristalográfica (CIF) es un formato de archivo de texto estándar para representar información cristalográfica , promulgado por la Unión Internacional de Cristalografía (IUCr). El CIF fue desarrollado por el Grupo de Trabajo de la IUCr sobre Información Cristalográfica en un esfuerzo patrocinado por la Comisión de Datos Cristalográficos de la IUCr y la Comisión de Revistas de la IUCr. El formato de archivo fue publicado inicialmente por Hall, Allen y Brown [1] y desde entonces ha sido revisado, más recientemente las versiones 1.1 y 2.0. [2] Las especificaciones completas para el formato están disponibles en el sitio web de IUCr. Muchos programas de computadora para visualización molecular son compatibles con este formato, incluido Jmol .
Extensión de nombre de archivo | .cif |
---|---|
Tipo de medio de Internet | químico / x-cif |
Tipo de formato | formato de archivo químico |
Extendido desde | Archivo y recuperación de texto autodefinido |
Extendido a | mmCIF |
Sitio web | www |
Extensión de nombre de archivo | .cif |
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Tipo de medio de Internet | químico / x-mmcif |
Tipo de formato | formato de archivo químico |
Extendido desde | Archivo de información cristalográfica |
Sitio web | mmcif |
Muy relacionado está el mmCIF , CIF macromolecular, [3] que pretende ser una alternativa al formato Protein Data Bank (PDB) . Ahora es el formato predeterminado utilizado por Protein Data Bank . [4]
También está estrechamente relacionado con Crystallographic Information Framework , un sistema más amplio de protocolos de intercambio basado en diccionarios de datos y reglas relacionales que se pueden expresar en diferentes manifestaciones legibles por máquina, que incluyen, entre otros, archivos de información cristalográfica y XML .
Referencias
- ↑ Hall SR, Allen FH, Brown ID (1991). "El archivo de información cristalográfica (CIF): un nuevo archivo de archivo estándar para cristalografía" . Acta Crystallographica Sección A . 47 (6): 655–685. doi : 10.1107 / S010876739101067X .
- ^ Brown ID, McMahon B (2002). "CIF: el lenguaje informático de la cristalografía" . Acta Crystallographica Sección B Ciencia estructural . 58 (Pt 3 Pt 1): 317-24. doi : 10.1107 / s0108768102003464 . PMID 12037350 .
- ^ Bourne, PE; Berman, HM; McMahon, B; Watenpaugh, KD; Westbrook, JD; Fitzgerald, PM (1997). "Archivo de información cristalográfica macromolecular". Métodos en enzimología . 277 : 571–90. doi : 10.1016 / s0076-6879 (97) 77032-0 . PMID 18488325 .
- ^ Adams, PD; Afonine, PV; Baskaran, K; Berman, HM; Berrisford, J; Bricogne, G; Brown, DG; Burley, SK; Chen, M; Feng, Z; Flensburg, C; Gutmanas, A; Hoch, JC; Ikegawa, Y; Kengaku, Y; Krissinel, E; Kurisu, G; Liang, Y; Liebschner, D; Mak, L; Markley, JL; Moriarty, NW; Murshudov, GN; Noble, M; Melocotón, E; Persikova, yo; Poon, BK; Sobolev, OV; Ulrich, EL; Velankar, S; Vonrhein, C; Westbrook, J; Wojdyr, M; Yokochi, M; Young, JY (1 de abril de 2019). "Anuncio de envío obligatorio de archivos en formato PDBx / mmCIF para deposiciones cristalográficas al Protein Data Bank (PDB)" . Acta Crystallographica Sección D . 75 (Parte 4): 451–454. doi : 10.1107 / S2059798319004522 . PMC 6465986 . PMID 30988261 .