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Mouse Genome Informatics ( MGI ) es una base de datos en línea gratuita y un recurso bioinformático alojado por The Jackson Laboratory , con fondos del National Human Genome Research Institute (NHGRI), el National Cancer Institute (NCI) y el Eunice Kennedy Shriver National Institute of Salud infantil y desarrollo humano (NICHD). [1] MGI proporciona acceso a datos sobre la genética, genómica y biología del ratón de laboratorio para facilitar el estudio de la salud y las enfermedades humanas. [2] [3] La base de datos integra múltiples proyectos, con las dos contribuciones más grandes provenientes de Mouse Genome Database y Mouse Gene Expression Database (GXD).[4] A partir de 2018, MGI contiene datos seleccionados de más de 230.000 publicaciones. [5]

El recurso MGI se publicó por primera vez en línea en 1994 [5] y es una colección de datos, herramientas y análisis creados y adaptados para su uso en el ratón de laboratorio , un organismo modelo ampliamente utilizado . Es "la fuente autorizada de nombres oficiales para genes, alelos y cepas de ratón", que siguen las pautas establecidas por el Comité Internacional de Nomenclatura Genética Estandarizada para Ratones. [6]La historia y el enfoque de las instalaciones de investigación y producción del Laboratorio Jackson generan un conocimiento y una profundidad tremendos que los investigadores pueden extraer para avanzar en su investigación. Una comunidad dedicada de investigadores de ratones, en todo el mundo, también mejora y contribuye al conocimiento. Esta es una herramienta indispensable para cualquier investigador que utilice el ratón como organismo modelo para su investigación y para los investigadores interesados ​​en genes que comparten homología con los genes del ratón. Varios recursos de apoyo a la investigación de ratones, incluidas colecciones de animales y software gratuito de gestión de colonias, también están disponibles en el sitio de MGI. [7]

Base de datos del genoma del ratón [ editar ]

La base de datos del genoma del ratón
Database.png
Contenido
Descripciónrecurso para la genómica y genética de mamíferos.
Contacto
Centro de InvestigaciónLaboratorio Jackson
Cita primariaJudith Blake y otros (2011) [8]
Acceso
Sitio webhttp://www.informatics.jax.org
URL de descargaftp://ftp.informatics.jax.org/

La base de datos del genoma del ratón recopila y selecciona anotaciones funcionales y fenotípicas completas para genes y alelos de ratón . [8] Este es un proyecto financiado por NHGRI que contribuye a la base de datos de Mouse Genome Informatics.

Base de datos de expresión génica del ratón [ editar ]

La base de datos de expresión génica del ratón
Database.png
Contenido
DescripciónLa base de datos de expresión génica del ratón
OrganismosMus musculus
Contacto
Centro de InvestigaciónEl laboratorio de Jackson
Cita primariaFinger & al. (2011) [9]
Fecha de lanzamiento1996
Acceso
Sitio webhttp://www.informatics.jax.org/expression.shtml

La Base de datos de expresión genética es un recurso comunitario de información sobre la expresión del desarrollo del ratón. [9]

Ver también [ editar ]

  • Flybase
  • Base de datos del genoma de ratas
  • Base de datos del genoma de Saccharomyces
  • Wormbase
  • Xenbase
  • Red de información del pez cebra

Referencias [ editar ]

  1. ^ "Apoyo de financiación actual de MGI-MGI" . jax.org . Consultado el 2 de junio de 2015 .
  2. ^ Shaw D (mayo de 2004). "Búsqueda de recursos de informática del genoma del ratón (MGI) para obtener información sobre la biología del ratón desde el genotipo al fenotipo" . Protocolos actuales en bioinformática . Capítulo 1: Unidad 1.7. doi : 10.1002 / 0471250953.bi0107s05 . ISBN 0471250953. PMC  5147750 . PMID  18428715 .
  3. ^ Qi D, Blake JA , Kadin JA, Richardson JE, Ringwald M, Eppig JT, Bult CJ (8-11 de agosto de 2005). Integración de datos en la base de datos de informática del genoma del ratón (MGI) . Conferencia de Bioinformática de Sistemas Computacionales, 2005. Talleres y Resúmenes de Póster. IEEE. págs. 37–8. doi : 10.1109 / CSBW.2005.48 . ISBN 0-7695-2442-7.
  4. ^ "MGI-sobre el recurso de base de datos de informática del genoma del ratón" . jax.org . Consultado el 2 de junio de 2015 .
  5. ^ a b Ley, M; Shaw, RD (2018). La informática del genoma del ratón (MGI) es el recurso internacional de información sobre el ratón de laboratorio . Métodos en Biología Molecular. 1757 . págs. 141-161. doi : 10.1007 / 978-1-4939-7737-6_7 . ISBN 978-1-4939-7736-9. PMID  29761459 .
  6. ↑ Mouse Nomenclature Home Page , consultado el 28 de agosto de 2016
  7. ^ Ivica Letunic. "OpenHelix: informática del genoma del ratón (MGI)" . openhelix.com . Archivado desde el original el 26 de diciembre de 2017 . Consultado el 2 de junio de 2015 .
  8. ↑ a b Blake, Judith A .; Bult, Carol J .; Kadin, James A .; Richardson, Joel E .; Eppig, Janan T .; The Mouse Genome Database Group (enero de 2011). "La base de datos del genoma del ratón (MGD): recurso de organismo modelo principal para la genómica y genética de mamíferos" . Ácidos nucleicos Res . Inglaterra. 39 (Problema de la base de datos): D842-8. doi : 10.1093 / nar / gkq1008 . PMC 3013640 . PMID 21051359 .  
  9. ^ a b Dedo, Jacqueline H; Smith Constance M; Hayamizu Terry F; McCright Ingeborg J; Eppig Janan T; Kadin James A; Richardson Joel E; Ringwald Martin (enero de 2011). "Base de datos de expresión génica del ratón (GXD): actualización de 2011" . Ácidos nucleicos Res . Inglaterra. 39 (Problema de la base de datos): D835-41. doi : 10.1093 / nar / gkq1132 . PMC 3013713 . PMID 21062809 .  

Enlaces externos [ editar ]

  • Bult, Carol J .; Blake, Judith A .; Smith, Cynthia L .; Kadin, James A .; Richardson, Joel E .; Grupo de base de datos del genoma del ratón (2019-01-08). "Base de datos del genoma del ratón (MGD) 2019" . Investigación de ácidos nucleicos . 47 (D1): D801 – D806. doi : 10.1093 / nar / gky1056 . ISSN  1362-4962 . PMC  6323923 . PMID  30407599 .</ref>
  • Página de inicio de Mouse Genome Informatics
  • Smith, Constance M .; Hayamizu, Terry F .; Dedo, Jacqueline H .; Bello, Susan M .; McCright, Ingeborg J .; Xu, Jingxia; Baldarelli, Richard M .; Beal, Jonathan S .; Campbell, Jeffrey; Corbani, Lori E .; Frost, Pete J. (8 de enero de 2019). "La base de datos de expresión génica del ratón (GXD): actualización de 2019" . Investigación de ácidos nucleicos . 47 (D1): D774 – D779. doi : 10.1093 / nar / gky922 . ISSN  1362-4962 . PMC  6324054 . PMID  30335138 .
  • Publicaciones de informática del genoma del ratón
  • Tutorial del taller Open Door [ enlace muerto permanente ]
  • Base de datos de Gene eXpression (GXD)