Johann Müller (9 de mayo de 1828 - 28 de enero de 1896) fue un botánico suizo especialista en líquenes. Publicó bajo el nombre de Johannes Müller Argoviensis para distinguirse de otros naturalistas con nombres similares.
Müller nació en una familia de granjeros el 9 de mayo de 1828 en Teufenthal , Suiza. Recibió su educación en el gimnasio Reinach y luego ingresó en la escuela industrial de Aargau , donde fue un apasionado de la botánica y las matemáticas. Animado por Hans Schinz construyó un herbario de la flora de Aargau. En 1850 y 1851 estudió en Ginebra y entró en contacto con destacados botánicos Edmond Boissier y Alphonse Pyrame de Candolle (quien le ofreció el puesto vacante de curador en su herbario).
En la primavera de 1851 recogió en el sur de Francia con Jean Étienne Duby . Los especímenes de herbario de este viaje fueron enviados posteriormente a varios herbarios en Europa. Al año siguiente, Müller viajó con Boissier para recolectar plantas en los Alpes de Saboya, el valle de Aoste y el Piamonte.
La Sociedad Suiza de Ciencias Naturales publicó su primera obra en 1857, Monographie de la famille des Résédacées , por la que recibió el premio Candolle y obtuvo un Doctorado en Filosofía por la Universidad de Zúrich. Luego publicó trabajos sobre Euphorbiaceae , Characeae , Apocynaceae , musgos y hongos. Su catálogo comentado de líquenes, publicado en 1862, fue considerado una obra de referencia en su época.
Fue nombrado instructor en Ginebra en 1868, a cargo de la enseñanza de la botánica médica y farmacéutica en la Academia de Ginebra desde 1871. Ocupó la cátedra en 1876 y se jubiló en 1889 por motivos de salud. Posteriormente se desempeñó como curador del herbario Delessert y director del Jardín Botánico de Ginebra hasta su muerte el 28 de enero de 1896.
Se desempeñó como presidente de la Sociedad Botánica de Ginebra de 1878 a 1882. Fue miembro de la Sociedad Linnaean de Londres, la Sociedad Botánica Alemana, la Real Sociedad Botánica de Bélgica y otras sociedades académicas.