Las escuelas independientes de NAIA son miembros institucionales de 4 años de NAIA que no tienen afiliaciones formales de conferencias. [1] Las escuelas de la NAIA que no son miembros de una conferencia atlética son miembros de la Asociación de Instituciones Independientes (AII), que brinda servicios para miembros a la institución y les permite competir en competencias de postemporada.
| Institución | Localización | Fundado | Inscripción | Apodo |
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| Bacone College | Muskogee, Oklahoma | 1880 | 900 | Guerreros |
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| Cottey College | Nevada, Misuri | 1884 | 307 | Cometas |
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| Colegio Ridge de Crowley | Paragould, Arkansas | 1964 | 331 | Pioneros |
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| Fisher College | Boston , Massachusetts | 1903 | 2.560 | Halcones |
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| Universidad Fisk | Nashville, Tennessee | 1866 | 800 | Bulldogs |
| Universidad Nacional de Florida | Hialeah, Florida | 1988 | 5.541 | Conquistadores |
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| Universidad de Georgia Gwinnett | Lawrenceville, Georgia | 2006 | 9.000 | Grizzlies |
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| Universidad de las Naciones Indias Haskell | Lawrence, Kansas | 1884 | 958 | Lucha contra los indios |
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| Universidad cristiana de Lincoln | Lincoln, Illinois | 1944 | 1.050 | Leones rojos |
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| Morris College | Sumter, Carolina del Sur | 1908 | 871 | Avispones |
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| Universidad del Norte de Nuevo México | Española, Nuevo México | 1909 | 3.873 | Águilas |
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| Colegio de los Ozarks | Point Lookout, Misuri | 1906 | 1.380 | Linces |
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| Penn State Schuylkill | Schuylkill Haven, Pensilvania | 1934 | 940 | Leones Nittany |
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| Universidad de Victoria | Victoria, Columbia Británica , Canadá | 1903 | 16,961 | Vikes |
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| Universidad de las Islas Vírgenes | Saint Thomas, Islas Vírgenes de EE. UU. | 1962 | 2,392 | Bucaneros |
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| Universidad Voorhees | Dinamarca, Carolina del Sur | 1897 | 600 | Tigres |
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| Universidad Adventista de Washington | Parque Takoma, Maryland | 1904 | 1,493 | Choque |
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| Universidad de Wilberforce | Wilberforce, Ohio | 1856 | 900 | Bulldogs |
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