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PubMed es un motor de búsqueda gratuito que accede principalmente a la base de datos MEDLINE de referencias y resúmenes sobre ciencias de la vida y temas biomédicos. La Biblioteca Nacional de Medicina de los Estados Unidos (NLM) de los Institutos Nacionales de Salud mantienen la base de datos como parte del sistema Entrez de recuperación de información . [1]

De 1971 a 1997, el acceso en línea a la base de datos MEDLINE se había realizado principalmente a través de instalaciones institucionales, como bibliotecas universitarias . [2] PubMed, lanzado por primera vez en enero de 1996, marcó el comienzo de la era de la búsqueda en MEDLINE privada, gratuita, en el hogar y en la oficina. [3] El sistema PubMed se ofreció gratuitamente al público a partir de junio de 1997. [2]

Contenido [ editar ]

Además de MEDLINE, PubMed brinda acceso a:

  • Referencias más antiguas de la versión impresa del Index Medicus , desde 1951 y antes.
  • referencias a algunas revistas antes de que fueran indexadas en Index Medicus y MEDLINE, por ejemplo Science , BMJ y Annals of Surgery
  • entradas muy recientes en los registros de un artículo antes de que se indexe con Medical Subject Headings (MeSH) y se agregue a MEDLINE
  • una colección de libros disponibles en texto completo y otros subconjuntos de registros NLM [4]
  • Citas de PMC
  • Estantería NCBI

Muchos registros de PubMed contienen enlaces a artículos de texto completo, algunos de los cuales están disponibles gratuitamente, a menudo en PubMed Central [5] y espejos locales, como Europe PubMed Central . [6]

La información sobre las revistas indexadas en MEDLINE y disponibles a través de PubMed se encuentra en el Catálogo NLM. [7]

Al 27 de enero de 2020 , PubMed tiene más de 30 millones de citas y resúmenes que se remontan a 1966, selectivamente al año 1865 y muy selectivamente a 1809. A la misma fecha , 20 millones de registros de PubMed se enumeran con sus resúmenes, y 21,5 millones de registros tienen enlaces a versiones de texto completo (de los cuales 7,5 millones de artículos están disponibles en texto completo de forma gratuita). [8] Durante los últimos 10 años (hasta el 31 de diciembre de 2019), se agregó una media de casi 1 millón de registros nuevos cada año. Aproximadamente el 12% de los registros en PubMed corresponden a entradas relacionadas con el cáncer, que han aumentado del 6% en la década de 1950 al 16% en 2016. [9] Otra proporción significativa de registros corresponde a "química" (8,69%), "terapia "(8,39%) e" infección "(5%).[cita requerida ]

En 2016, NLM cambió el sistema de indexación para que los editores puedan corregir directamente los errores tipográficos y los errores en los artículos indexados de PubMed. [10]

Se ha informado que PubMed incluye algunos artículos publicados en revistas depredadoras. Las políticas de MEDLINE y PubMed para la selección de revistas para la inclusión de bases de datos son ligeramente diferentes. Las deficiencias en los criterios y procedimientos para indexar revistas en PubMed Central pueden permitir que las publicaciones de revistas depredadoras se filtren en PubMed. [11]

Características [ editar ]

Diseño de sitio web [ editar ]

Una nueva interfaz de PubMed fue lanzada en octubre de 2009 y alentó el uso de fórmulas de búsqueda rápidas, similares a las de Google; también se han descrito como búsquedas de "telegramas". [12] De forma predeterminada, los resultados se ordenan por Más reciente, pero esto se puede cambiar a Mejor coincidencia, Fecha de publicación, Primer autor, Último autor, Revista o Título. [13]

El diseño y el dominio del sitio web de PubMed se actualizaron en enero de 2020 y se convirtieron en predeterminados el 15 de mayo de 2020, con las funciones nuevas y actualizadas. [14] Hubo una reacción crítica de muchos investigadores que utilizan con frecuencia el sitio. [15]

PubMed para dispositivos portátiles / móviles [ editar ]

Se puede acceder a PubMed / MEDLINE a través de dispositivos portátiles, utilizando, por ejemplo, la opción "PICO" (para preguntas clínicas específicas) creada por la NLM. [16] También está disponible una opción "PubMed Mobile", que proporciona acceso a una versión de PubMed simplificada y compatible con dispositivos móviles. [17]

Buscar [ editar ]

Búsqueda estándar [ editar ]

Se pueden realizar búsquedas simples en PubMed ingresando aspectos clave de un tema en la ventana de búsqueda de PubMed.

PubMed traduce esta formulación de búsqueda inicial y agrega automáticamente nombres de campo, términos MeSH (Medical Subject Headings) relevantes, sinónimos, operadores booleanos y 'anida' los términos resultantes de manera adecuada, mejorando la formulación de búsqueda de manera significativa, en particular combinando rutinariamente (usando el OR operador) palabras de texto y términos MeSH.

Los ejemplos dados en un tutorial de PubMed [18] demuestran cómo funciona este proceso automático:

Causas El sonambulismo se traduce como ("etiología" [Subtítulo] O "etiología" [Todos los campos] O "causas" [Todos los campos] O "causalidad" [Términos MeSH] O "causalidad" [Todos los campos]) Y ("sonambulismo "[Términos MeSH] O" sonambulismo "[Todos los campos] O (" dormir "[Todos los campos] Y" caminar "[Todos los campos]) O" sonambulismo "[Todos los campos])

Igualmente,

Soft Attack Aspirin Prevention se traduce como ("infarto de miocardio" [Términos MeSH] O ("miocardio" [Todos los campos] E "infarto" [Todos los campos]) O "infarto de miocardio" [Todos los campos] O ("corazón" [Todos Campos] Y "ataque" [Todos los campos]) O "ataque cardíaco" [Todos los campos]) Y ("aspirina" [Términos MeSH] O "aspirina" [Todos los campos]) Y ("prevención y control" [Subencabezado] O ("prevención" [Todos los campos] Y "control" [Todos los campos]) O "prevención y control" [Todos los campos] O "prevención" [Todos los campos])

Búsqueda completa [ editar ]

Para realizar búsquedas óptimas en PubMed, es necesario comprender su componente principal, MEDLINE, y especialmente el vocabulario controlado MeSH (Medical Subject Headings) que se utiliza para indexar los artículos de MEDLINE. También pueden requerir estrategias de búsqueda complejas, uso de nombres de campo (etiquetas), uso adecuado de límites y otras características; bibliotecarios de referencia y especialistas en búsquedas ofrecen servicios de búsqueda. [19] [20]

La búsqueda en la ventana de búsqueda de PubMed solo se recomienda para la búsqueda de temas inequívocos o nuevas intervenciones que aún no tienen un encabezado MeSH creado, así como para la búsqueda de marcas comerciales de medicamentos y nombres propios. También es útil cuando no hay un encabezado adecuado o el descriptor representa un aspecto parcial. La búsqueda que utiliza el diccionario de sinónimos MeSH es más precisa y dará menos resultados irrelevantes. Además, evita la desventaja de la búsqueda de texto libre en la que se deben tener en cuenta las diferencias de ortografía, singular / plural o abreviadas. Por otro lado, no se encontrarán los artículos incorporados más recientemente a la base de datos a los que aún no se hayan asignado descriptores. Por tanto, para garantizar una búsqueda exhaustiva,Se debe utilizar una combinación de títulos de idiomas controlados y términos de texto libre.[21]

Parámetros del artículo de revista [ editar ]

Cuando se indexa un artículo de revista, se extraen numerosos parámetros del artículo y se almacenan como información estructurada. Dichos parámetros son: Tipo de artículo (términos MeSH, por ejemplo, "Ensayo clínico"), identificadores secundarios (términos MeSH), idioma, país de la revista o historial de publicación (fecha de publicación electrónica, fecha de publicación de la revista impresa).

Tipo de publicación: consultas clínicas / revisiones sistemáticas [ editar ]

El parámetro de tipo de publicación permite buscar por tipo de publicación , incluidos informes de varios tipos de investigación clínica. [22]

Identificación secundaria [ editar ]

Desde julio de 2005, el proceso de indexación de artículos de MEDLINE extrae identificadores del resumen del artículo y los coloca en un campo llamado Identificador secundario (SI). El campo del identificador secundario es para almacenar números de acceso a varias bases de datos de datos de secuencias moleculares, expresión génica o compuestos químicos e ID de ensayos clínicos. Para los ensayos clínicos, PubMed extrae los ID de los ensayos de los dos registros de ensayos más grandes: ClinicalTrials.gov (identificador NCT) y el Registro de número de ensayo controlado aleatorio estándar internacional (identificador IRCTN). [23]

Ver también [ editar ]

Se puede marcar una referencia que se considere particularmente relevante y se pueden identificar "artículos relacionados". Si es relevante, se pueden seleccionar varios estudios y se pueden generar artículos relacionados con todos ellos (en PubMed o en cualquiera de las otras bases de datos de NCBI Entrez) usando la opción 'Buscar datos relacionados'. Los artículos relacionados se enumeran luego en orden de "relación". Para crear estas listas de artículos relacionados, PubMed compara las palabras del título y el resumen de cada cita, así como los encabezados MeSH asignados, utilizando un poderoso algoritmo ponderado por palabras. [24] Se ha considerado que la función de "artículos relacionados" es tan precisa que los autores de un artículo sugirieron que se puede utilizar en lugar de una búsqueda completa. [25]

Asignación a MeSH [ editar ]

PubMed se vincula automáticamente a términos y subtítulos MeSH. Algunos ejemplos serían: "mal aliento" se vincula (e incluye en la búsqueda) "halitosis", "ataque cardíaco" a "infarto de miocardio", "cáncer de mama" a "neoplasias de mama". Cuando sea apropiado, estos términos MeSH se "expanden" automáticamente, es decir, incluyen términos más específicos. Términos como "enfermería" se vinculan automáticamente a "Enfermería [DeCS]" o "Enfermería [Subtítulo]". Esta función se denomina Mapeo automático de términos y se activa, de forma predeterminada, en la búsqueda de texto libre, pero no en la búsqueda de frases exactas (es decir, encerrando la consulta de búsqueda entre comillas dobles).[26] Esta función hace que las búsquedas en PubMed sean más sensibles y evita los resultados falsos negativos (perdidos) al compensar la diversidad de la terminología médica. [26]

PubMed no aplica el mapeo automático del término en las siguientes circunstancias: escribiendo la frase entre comillas (p. Ej., "Aloinjerto de riñón"), cuando se trunca en el asterisco (p. Ej., Aloinjerto de riñón *) y cuando se mira con etiquetas de campo (p. Ej., Cáncer [ti]). [21]

Mi NCBI [ editar ]

La función opcional de PubMed "My NCBI" (con registro gratuito) proporciona herramientas para

  • guardar búsquedas
  • filtrar los resultados de la búsqueda
  • configurar actualizaciones automáticas enviadas por correo electrónico
  • guardar conjuntos de referencias recuperadas como parte de una búsqueda en PubMed
  • configurar formatos de visualización o resaltar términos de búsqueda

y una amplia gama de otras opciones. [27] Se puede acceder al área "Mi NCBI" desde cualquier computadora con acceso a la web. Una versión anterior de "Mi NCBI" se llamaba "PubMed Cubby". [28]

LinkOut [ editar ]

LinkOut es una función de NLM para vincular y hacer disponibles las existencias de revistas locales de texto completo. [29] Unos 3.200 sitios (principalmente instituciones académicas) participan en esta instalación de NLM (en marzo de 2010 ), desde la Universidad de Aalborg en Dinamarca hasta ZymoGenetics en Seattle. [30] Los usuarios de estas instituciones ven el logotipo de su institución en el resultado de la búsqueda de PubMed (si la revista se lleva a cabo en esa institución) y pueden acceder al texto completo. Link out se está consolidando con Outside Tool a partir de la actualización principal de la plataforma que se lanzará en el verano de 2019. [31]

PubMed Commons [ editar ]

En 2016, PubMed permite a los autores de artículos comentar los artículos indexados por PubMed. Esta función se probó inicialmente en modo piloto (desde 2013) y se hizo permanente en 2016. [32] En febrero de 2018, PubMed Commons se suspendió debido al hecho de que "el uso se ha mantenido mínimo". [33] [34]

askMEDLINE [ editar ]

askMEDLINE, una herramienta de consulta de texto libre en lenguaje natural para MEDLINE / PubMed, desarrollada por NLM, también adecuada para dispositivos portátiles. [35]

Identificador de PubMed [ editar ]

Un PMID (identificador de PubMed o identificador único de PubMed) [36] es un valor entero único , que comienza en 1, asignado a cada registro de PubMed. Un PMID no es lo mismo que un PMCID ( identificador de ID de C entral P ub M ed ) que es el identificador de todos los trabajos publicados en PubMed Central de libre acceso . [37]

La asignación de un PMID o PMCID a una publicación no le dice nada al lector sobre el tipo o la calidad del contenido. PMIDs se asignan a las cartas al editor , opiniones editoriales, artículos de opinión columnas, y cualquier otra pieza que los elige editor para incluir en la revista, así como artículos revisados por pares. La existencia del número de identificación tampoco es prueba de que los documentos no se hayan retirado por fraude, incompetencia o mala conducta. Se puede asignar un PMID al anuncio sobre las correcciones de los documentos originales.

Cada número que se ingresa en la ventana de búsqueda de PubMed se trata por defecto como si fuera un PMID. Por lo tanto, cualquier referencia en PubMed puede ubicarse usando el PMID.

Interfaces alternativas [ editar ]

MEDLINE es una de las bases de datos a las que se puede acceder a través de PubMed. Varias empresas brindan acceso a MEDLINE a través de sus plataformas.

La Biblioteca Nacional de Medicina alquila la información de MEDLINE a varios proveedores privados como Embase , Ovid , Dialog , EBSCO , Knowledge Finder y muchos otros proveedores comerciales, no comerciales y académicos. [38] Hasta octubre de 2008 , se habían expedido más de 500 licencias, más de 200 de ellas a proveedores fuera de los Estados Unidos. Como las licencias para usar los datos de MEDLINE están disponibles de forma gratuita, el NLM de hecho proporciona un campo de prueba gratuito para una amplia gama [39] de interfaces alternativas y adiciones de terceros a PubMed, una de las pocas bases de datos grandes y curadas profesionalmente que ofrece esto opción.

Lu [39] identifica una muestra de 28 versiones actuales y gratuitas de PubMed basadas en la web, que no requieren instalación ni registro, que se agrupan en cuatro categorías:

  1. Clasificación de resultados de búsqueda, por ejemplo: eTBLAST ; MedlineRanker; [40] MiSearch; [41]
  2. Agrupar los resultados por temas, autores, revistas, etc., por ejemplo: Anne O'Tate ; [42] ClusterMed; [43]
  3. Mejora de la semántica y la visualización, por ejemplo: EBIMed; [44] MedEvi. [45]
  4. Interfaz de búsqueda mejorada y experiencia de recuperación, por ejemplo, askMEDLINE [46] [47] BabelMeSH; [48] y PubCrawler. [49]

Como la mayoría de estas y otras alternativas se basan esencialmente en datos de PubMed / MEDLINE alquilados bajo licencia de NLM / PubMed, se ha sugerido el término "derivados de PubMed". [39] Sin la necesidad de almacenar alrededor de 90 GB de conjuntos de datos PubMed originales, cualquiera puede escribir aplicaciones PubMed utilizando la interfaz del programa de aplicación eutils como se describe en "Las utilidades electrónicas en profundidad: parámetros, sintaxis y más", por Eric Sayers , Doctor. [50] Varios generadores de formatos de citas, que toman números PMID como entrada, son ejemplos de aplicaciones web que hacen uso de la interfaz del programa eutils-application. Las páginas web de muestra incluyen Citation Generator - Mick Schroeder , Pubmed Citation Generator - Ultrasound of the Week , PMID2cite yCita esto por mí .

Minería de datos de PubMed [ editar ]

Los métodos alternativos para extraer el uso de datos en PubMed entornos de programación tales como Matlab , Python o R . En estos casos, las consultas de PubMed se escriben como líneas de código y se pasan a PubMed y la respuesta se procesa directamente en el entorno de programación. El código se puede automatizar para realizar consultas sistemáticas con diferentes palabras clave como enfermedad, año, órganos, etc. Una publicación reciente (2017) encontró que la proporción de entradas relacionadas con el cáncer en PubMed ha aumentado del 6% en la década de 1950 al 16% en 2016 . [9]

Los datos accesibles por PubMed se pueden duplicar localmente utilizando una herramienta no oficial como MEDOC. [51]

Millones de registros de PubMed aumentan varios conjuntos de datos de datos abiertos sobre el acceso abierto , como Unpaywall . Las bibliotecas utilizan herramientas de análisis de datos como Unpaywall Journals para ayudar con las cancelaciones importantes: las bibliotecas pueden evitar las suscripciones a materiales que ya reciben acceso abierto instantáneo a través de archivos abiertos como PubMed Central. [52]

Ver también [ editar ]

  • PubMed Central
  • Europa PubMed Central
  • PubMed Central Canada
  • JournalReview.org
  • Lista de bases de datos académicas y motores de búsqueda

Referencias [ editar ]

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Enlaces externos [ editar ]

  • Página web oficial
  • Etiquetas de búsqueda de PubMed y calificadores de campo