La modificación postraduccional ( PTM ) se refiere a la modificación covalente y generalmente enzimática de proteínas después de la biosíntesis de proteínas . Las proteínas son sintetizadas por ribosomas que traducen el ARNm en cadenas polipeptídicas, que luego pueden sufrir PTM para formar el producto proteico maduro. Los PTM son componentes importantes en la señalización celular , como por ejemplo cuando las prohormonas se convierten en hormonas .
Las modificaciones post-traduccionales pueden ocurrir en los amino ácidos cadenas laterales o al de la proteína C- o N- terminales. [1] Pueden ampliar el repertorio químico de los 20 aminoácidos estándar modificando un grupo funcional existente o introduciendo uno nuevo como el fosfato . La fosforilación es un mecanismo muy común para regular la actividad de las enzimas y es la modificación postraduccional más común. [2] Muchas proteínas eucariotas y procariotas también tienen moléculas de carbohidratos unidas a ellas en un proceso llamado glicosilación , que puede promover el plegamiento de proteínas y mejorar la estabilidad, además de cumplir funciones reguladoras. La unión de moléculas de lípidos , conocida como lipidación , a menudo se dirige a una proteína o parte de una proteína adherida a la membrana celular .
Otras formas de modificación postraduccional consisten en escindir enlaces peptídicos , como procesar un propéptido a una forma madura o eliminar el residuo de metionina iniciador . La formación de enlaces disulfuro a partir de residuos de cisteína también puede denominarse modificación postraduccional. [3] Por ejemplo, la hormona peptídica insulina se corta dos veces después de que se forman los enlaces disulfuro y se elimina un propéptido de la mitad de la cadena; la proteína resultante consta de dos cadenas polipeptídicas conectadas por enlaces disulfuro.
Algunos tipos de modificación postraduccional son consecuencia del estrés oxidativo . La carbonilación es un ejemplo que se dirige a la proteína modificada para su degradación y puede resultar en la formación de agregados de proteínas. [4] [5] Se pueden usar modificaciones específicas de aminoácidos como biomarcadores que indican daño oxidativo. [6]
Los sitios que a menudo sufren modificaciones postraduccionales son aquellos que tienen un grupo funcional que puede servir como nucleófilo en la reacción: los grupos hidroxilo de serina , treonina y tirosina ; las formas amínicas de lisina , arginina e histidina ; el anión tiolato de cisteína ; los carboxilatos de aspartato y glutamato ; y los terminales N y C. Además, aunque la amida de la asparagina es un nucleófilo débil, puede servir como punto de unión para los glucanos . Pueden ocurrir modificaciones más raras en las metioninas oxidadas y en algunos metilenos en las cadenas laterales. [7]
La modificación postraduccional de proteínas puede detectarse experimentalmente mediante una variedad de técnicas, que incluyen espectrometría de masas , transferencia de Eastern y transferencia de Western . Se proporcionan métodos adicionales en las secciones de enlaces externos.
PTM que implican la adición de grupos funcionales
Adición por una enzima in vivo
Grupos hidrofóbicos para la localización de membranas.
- miristoilación (un tipo de acilación ), unión de miristato , un ácido saturado en C 14
- palmitoilación (un tipo de acilación), unión de palmitato , un ácido saturado C 16
- isoprenilación o prenilación , la adición de un grupo isoprenoide (por ejemplo, farnesol y geranilgeraniol )
- farnesilación
- geranilgeranilación
- glipilación , formación de anclajes de glicosilfosfatidilinositol (GPI) a través de un enlace amida a la cola C-terminal
Cofactores para una actividad enzimática mejorada
- lipoilación (un tipo de acilación), unión de un grupo funcional lipoato (C 8 )
- La fracción flavina ( FMN o FAD ) puede estar unida covalentemente.
- unión del hemo C a través de enlaces tioéter con cisteínas
- fosfopanteteinilación , la adición de un resto 4'-fosfopanteteinilo de la coenzima A , como en la biosíntesis de ácidos grasos, policétidos, péptidos no ribosomales y leucina
- formación de la base de retinilideno de Schiff
Modificaciones de factores de traducción
- formación de diftamida (en una histidina que se encuentra en eEF2 )
- Adhesión de etanolamina fosfoglicerol (sobre el glutamato que se encuentra en eEF1α ) [8]
- formación de hipusina (en lisina conservada de eIF5A (eucariota) y aIF5A (arquea))
- Adición de beta-lisina en una lisina conservada del factor de alargamiento P (EFP) en la mayoría de las bacterias. [9] EFP es un homólogo de eIF5A (eucariota) y aIF5A ( archaeal ) (ver arriba).
Grupos químicos más pequeños
- acilación , por ejemplo, O- acilación ( ésteres ), N -acilación ( amidas ), S -acilación ( tioésteres )
- acetilación , la adición de un grupo acetilo , ya sea en el extremo N-terminal [10] de la proteína o en los residuos de lisina . [11] Véase también acetilación de histonas . [12] [13] Lo contrario se llama desacetilación .
- formilación
- alquilación , la adición de un grupo alquilo , por ejemplo , metilo , etilo
- metilación la adición de un grupo metilo , generalmente en residuos de lisina o arginina . Lo contrario se llama desmetilación .
- amidación en C-terminal. Formado por disociación oxidativa de un residuo Gly C-terminal. [14]
- formación de enlaces amida
- adición de aminoácidos
- arginilación , una adición de mediación de tRNA
- poliglutamilación , enlace covalente de residuos de ácido glutámico al extremo N de la tubulina y algunas otras proteínas. [15] (Ver tubulina poliglutamilasa )
- poliglicilación , enlace covalente de uno a más de 40 residuos de glicina a la cola C-terminal de tubulina
- adición de aminoácidos
- butirilación
- gamma-carboxilación dependiente de la vitamina K [16]
- glicosilación , la adición de un grupo glicosilo a arginina , asparagina , cisteína , hidroxilisina , serina , treonina , tirosina o triptófano dando como resultado una glicoproteína . Distinto de la glicación , que se considera una unión no enzimática de azúcares.
- O -GlcNAc , adición de N -acetilglucosamina a residuos de serina o treonina en un enlace β-glicosídico
- polisialilación, adición de ácido polisálico , PSA, a NCAM
- malonilación
- hidroxilación : adición de un átomo de oxígeno a la cadena lateral de un residuo Pro o Lys
- yodación : adición de un átomo de yodo al anillo aromático de un residuo de tirosina (por ejemplo, en tiroglobulina )
- adición de nucleótidos como ADP-ribosilación
- formación de éster de fosfato ( O- enlazado) o fosforamidato ( N- enlazado)
- fosforilación , la adición de un grupo fosfato , generalmente a serina , treonina y tirosina ( unida a O ), o histidina ( unida a N )
- adenililación , la adición de un resto adenililo , generalmente a tirosina ( ligada a O ), o histidina y lisina ( ligada a N )
- uridililación, la adición de un grupo uridililo (es decir , monofosfato de uridina , UMP), generalmente a la tirosina
- propionilación
- formación de piroglutamato
- S -glutatiónilación
- S- nitrosilación
- S- sulfenilación ( también conocida como S- sulfenilación), adición covalente reversible de un átomo de oxígeno al grupo tiol de un residuo de cisteína [17]
- S -sulfinilación, adición covalente normalmente irreversible de dos átomos de oxígeno al grupo tiol de un residuo de cisteína [17]
- S- sulfonilación, adición covalente normalmente irreversible de tres átomos de oxígeno al grupo tiol de un residuo de cisteína , que da como resultado la formación de un residuo de ácido cisteico [17]
- adición de succinilación de un grupo succinilo a lisina
- sulfatación , la adición de un grupo sulfato a una tirosina .
Adiciones no enzimáticas in vivo
- glicación , la adición de una molécula de azúcar a una proteína sin la acción controladora de una enzima.
- carbamilación la adición de ácido isociánico al extremo N-terminal de una proteína o la cadena lateral de Lys. [18]
- carbonilación la adición de monóxido de carbono a otros compuestos orgánicos / inorgánicos.
- formación espontánea de enlaces isopéptidos , como se encuentra en muchas proteínas de superficie de bacterias Gram-positivas . [19]
Adiciones no enzimáticas in vitro
- biotinilación : unión covalente de un resto de biotina usando un reactivo de biotinilación, típicamente con el propósito de marcar una proteína.
- carbamilación: la adición de ácido isociánico al extremo N-terminal de una proteína o la cadena lateral de residuos de Lys o Cys, que normalmente resulta de la exposición a soluciones de urea. [20]
- oxidación: adición de uno o más átomos de oxígeno a una cadena lateral susceptible, principalmente de residuos Met, Trp, His o Cys. Formación de enlaces disulfuro entre residuos de Cys.
- pegilación : unión covalente de polietilenglicol (PEG) usando un reactivo de pegilación, típicamente al N-terminal o las cadenas laterales de residuos de Lys. La pegilación se utiliza para mejorar la eficacia de los productos farmacéuticos proteicos.
Otras proteínas o péptidos
- ISGilación, el enlace covalente a la proteína ISG15 (Gen 15 estimulado por interferón) [21]
- SUMOylation , el enlace covalente a la proteína SUMO (pequeño MOdificador relacionado con ubiquitina) [22]
- ubiquitinación , el enlace covalente a la proteína ubiquitina.
- neddylation , el enlace covalente con Nedd
- pupilación , el enlace covalente a la proteína procariota similar a la ubiquitina
Modificación química de aminoácidos.
- citrulinación , o desiminación , la conversión de arginina en citrulina [23]
- desamidación , la conversión de glutamina en ácido glutámico o asparagina en ácido aspártico
- eliminación , la conversión en un alqueno por eliminación beta de fosfotreonina y fosfoserina , o deshidratación de treonina y serina [24]
Cambios estructurales
- puentes disulfuro , el enlace covalente de dos aminoácidos de cisteína
- escisión proteolítica , escisión de una proteína en un enlace peptídico
- formación de isoaspartato , a través de la ciclación de residuos de aminoácidos de asparagina o ácido aspártico
- racemización
- de serina por proteína-serina epimerasa
- de alanina en dermorfina , un péptido opioide de rana
- de metionina en la deltorfina , también un péptido opioide de rana
- empalme de proteínas , eliminación autocatalítica de inteínas análoga al procesamiento de ARNm
Estadísticas
PTM comunes por frecuencia
En 2011, las estadísticas de cada modificación postraduccional detectada experimental y supuestamente se recopilaron utilizando información de todo el proteoma de la base de datos Swiss-Prot. [25] Las 10 modificaciones más comunes encontradas experimentalmente fueron las siguientes: [26]
Frecuencia | Modificación |
---|---|
58383 | Fosforilación |
6751 | Acetilación |
5526 | Glicosilación ligada a N |
2844 | Amidación |
1619 | Hidroxilación |
1523 | Metilación |
1133 | Glicosilación ligada a O |
878 | Ubicuidad |
826 | Ácido pirrolidona carboxílico |
504 | Sulfatación |
PTM comunes por residuo
Algunas modificaciones postraduccionales comunes de residuos de aminoácidos específicos se muestran a continuación. Se producen modificaciones en la cadena lateral a menos que se indique lo contrario.
Aminoácidos | Abrev. | Modificación |
---|---|---|
Alanina | Ala | N-acetilación (N-terminal) |
Arginina | Arg | deiminación a citrulina , metilación |
Asparagina | Asn | desamidación a Asp o iso (Asp), glicosilación ligada a N |
Ácido aspártico | Áspid | isomerización a ácido isoaspártico |
Cisteína | Cys | formación de enlaces disulfuro , oxidación a ácido sulfénico, sulfínico o sulfónico, palmitoilación , N-acetilación (N-terminal), S-nitrosilación |
Glutamina | Gln | ciclación a ácido piroglutámico (N-terminal), desamidación a ácido glutámico o formación de enlaces isopéptidos a una lisina por una transglutaminasa |
Ácido glutamico | Glu | ciclación a ácido piroglutámico (N-terminal), gamma-carboxilación |
Glicina | Gly | N- miristoilación (N-terminal), N-acetilación (N-terminal) |
Histidina | Su | Fosforilación |
Isoleucina | Ile | |
Leucina | Leu | |
Lisina | Lys | acetilación , ubiquitinación , SUMOilación , metilación , hidroxilación |
Metionina | Reunió | N-acetilación (N-terminal), ubiquitinación ligada a N, oxidación a sulfóxido o sulfona |
Fenilalanina | Phe | |
Prolina | Pro | hidroxilación |
Serina | Ser | Fosforilación , glicosilación ligada a O , N-acetilación (extremo N) |
Treonina | Thr | Fosforilación , glicosilación ligada a O , N-acetilación (extremo N) |
Triptófano | Trp | mono o di-oxidación, formación de quinurenina , triptófano triptofilquinona |
Tirosina | Tyr | sulfatación , fosforilación |
Valina | Val | N-acetilación (N-terminal) |
Bases de datos y herramientas
Las secuencias de proteínas contienen motivos de secuencia que se reconocen modificando enzimas y que pueden documentarse o predecirse en bases de datos de PTM. Con la gran cantidad de modificaciones diferentes que se están descubriendo, existe la necesidad de documentar este tipo de información en bases de datos. La información de PTM se puede recopilar a través de medios experimentales o predecir a partir de datos de alta calidad seleccionados manualmente. Se han creado numerosas bases de datos, a menudo con un enfoque en ciertos grupos taxonómicos (por ejemplo, proteínas humanas) u otras características.
Lista de recursos
- PhosphoSitePlus [28] : una base de datos de información completa y herramientas para el estudio de la modificación postraduccional de proteínas de mamíferos
- ProteomeScout [29] : una base de datos de proteínas y modificaciones postraduccionales experimentalmente
- Base de datos de referencia de proteínas humanas [29] : una base de datos para diferentes modificaciones y comprender las diferentes proteínas, su clase y función / proceso relacionado con las proteínas que causan enfermedades.
- PROSITE [30] : una base de datos de patrones de consenso para muchos tipos de PTM, incluidos los sitios
- Recurso de información de proteínas (PIR) [31] : una base de datos para adquirir una colección de anotaciones y estructuras para PTM.
- dbPTM [27] : una base de datos que muestra diferentes PTM e información sobre sus componentes / estructuras químicas y una frecuencia para el sitio modificado con aminoácidos
- Uniprot tiene información de PTM, aunque puede ser menos completa que en bases de datos más especializadas.
- El O Base de datos GlcNAc [33] - Una base de datos para la proteína O-GlcNAcylation y hacer referencia a más de 14 000 entradas de proteínas y 10 000 curada O sitios GlcNAc.
Herramientas
Lista de software para la visualización de proteínas y sus PTM
- PyMOL [34] : introduce un conjunto de PTM comunes en modelos de proteínas
- IMPRESIONANTE [35] - Herramienta interactiva para ver el papel de los polimorfismos de un solo nucleótido en los PTM
- Quimera [36] - Base de datos interactiva para visualizar moléculas
Ejemplos de casos
- Escisión y formación de puentes disulfuro durante la producción de insulina.
- PTM de histonas como regulación de la transcripción : control de la ARN polimerasa por estructura de cromatina
- PTM de la ARN polimerasa II como regulación de la transcripción
- La escisión de las cadenas polipeptídicas es crucial para la especificidad de las lectinas [37]
Adiccion
Una característica importante de la adicción es su persistencia. El fenotipo adictivo puede durar toda la vida, con ansias de drogas y recaídas incluso después de décadas de abstinencia. [38] Las modificaciones postraduccionales que consisten en alteraciones epigenéticas de las colas de las proteínas histonas en regiones específicas del cerebro parecen ser cruciales para la base molecular de las adicciones . [38] [39] [40] Una vez que ocurren modificaciones epigenéticas postraduccionales particulares, parecen ser "cicatrices moleculares" duraderas que pueden explicar la persistencia de las adicciones. [38] [41]
Los fumadores de cigarrillos (alrededor del 21% de la población de EE. UU. En 2013) [42] ) suelen ser adictos a la nicotina . [43] Después de 7 días de tratamiento con nicotina en ratones, las modificaciones postraduccionales que consisten en la acetilación de la histona H3 y la histona H4 aumentaron en el promotor FosB en el núcleo accumbens del cerebro, lo que provocó un aumento del 61% en la expresión de FosB. [44] Esto también aumenta la expresión de la variante de empalme Delta FosB . En el núcleo accumbens del cerebro, Delta FosB funciona como un "interruptor molecular sostenido" y "proteína de control maestro" en el desarrollo de una adicción . [45] [46] De manera similar, después de 15 días de tratamiento con nicotina en ratas, la modificación postraduccional que consiste en una acetilación aumentada 3 veces de la histona H4 ocurre en el promotor del gen del receptor de dopamina D1 (DRD1) en la corteza prefrontal ( PFC) de las ratas. Esto provocó un aumento de la liberación de dopamina en la región del cerebro relacionada con la recompensa de PFC , y tal aumento de la liberación de dopamina se reconoce como un factor importante para la adicción. [47] [48]
Aproximadamente el 7% de la población estadounidense es adicta al alcohol . En ratas expuestas al alcohol durante hasta 5 días, hubo un aumento en la modificación postraduccional de la acetilación de la histona 3 lisina 9, H3K9ac , en el promotor de pronociceptina en el complejo de la amígdala cerebral . Esta acetilación es una marca de activación de la pronociceptina. El sistema receptor de opioides nociceptina / nociceptina participa en los efectos reforzantes o acondicionadores del alcohol. [49]
La adicción a la cocaína ocurre en aproximadamente el 0,5% de la población de EE. UU. La administración repetida de cocaína en ratones induce modificaciones postraduccionales, incluida la hiperacetilación de la histona 3 (H3) o la histona 4 (H4) en 1.696 genes en una región de recompensa del cerebro [el núcleo accumbens ] y desacetilación en 206 genes. [50] [51] Se encontró que al menos 45 genes, que en estudios previos mostraron estar regulados al alza en el núcleo accumbens de los ratones después de la exposición crónica a la cocaína, se relacionaron con la hiperacetilación postraduccional de la histona H3 o la histona H4. Muchos de estos genes individuales están directamente relacionados con aspectos de la adicción asociados con la exposición a la cocaína. [51] [52]
En 2013, 22,7 millones de personas de 12 años o más en los Estados Unidos necesitaron tratamiento por un problema de uso de drogas ilícitas o alcohol (8,6 por ciento de las personas de 12 años o más). [42]
Ver también
- Orientación a proteínas
- Regulación postraduccional
Referencias
- ^ Pratt, Donald Voet; Judith G. Voet; Charlotte W. (2006). Fundamentos de bioquímica: vida a nivel molecular (2. ed.). Hoboken, Nueva Jersey: Wiley. ISBN 978-0-471-21495-3.
- ^ Khoury GA, Baliban RC, Floudas CA (septiembre de 2011). "Estadísticas de modificación postraduccional de todo el proteoma: análisis de frecuencia y curación de la base de datos swiss-prot" . Informes científicos . 1 : 90. Código Bibliográfico : 2011NatSR ... 1E..90K . doi : 10.1038 / srep00090 . PMC 3201773 . PMID 22034591 .
- ^ Lodish H, Berk A, Zipursky SL y col. (2000). "17.6, Modificaciones postraduccionales y control de calidad en el Rough ER" . Biología celular molecular (4ª ed.). Nueva York: WH Freeman. ISBN 978-0-7167-3136-8.
- ^ Dalle-Donne I, Aldini G, Carini M, Colombo R, Rossi R, Milzani A (2006). "Carbonilación de proteínas, disfunción celular y progresión de la enfermedad" . Revista de Medicina Celular y Molecular . 10 (2): 389–406. doi : 10.1111 / j.1582-4934.2006.tb00407.x . PMC 3933129 . PMID 16796807 .
- ^ Grimsrud PA, Xie H, Griffin TJ, Bernlohr DA (agosto de 2008). "Estrés oxidativo y modificación covalente de proteína con aldehídos bioactivos" . La revista de química biológica . 283 (32): 21837–41. doi : 10.1074 / jbc.R700019200 . PMC 2494933 . PMID 18445586 .
- ^ Gianazza E, Crawford J, Miller I (julio de 2007). "Detección de modificaciones postraduccionales oxidativas en proteínas". Aminoácidos . 33 (1): 51–6. doi : 10.1007 / s00726-006-0410-2 . PMID 17021655 . S2CID 23819101 .
- ^ Walsh, Christopher T. (2006). Modificación postraduccional de proteínas: ampliando el inventario de la naturaleza . Englewood: Roberts and Co. Publ. ISBN 9780974707730. : 12-14
- ^ Whiteheart SW, Shenbagamurthi P, Chen L, Cotter RJ, Hart GW, et al. (Agosto de 1989). "El factor de elongación murino 1 alfa (EF-1 alfa) se modifica postraduccionalmente mediante nuevos restos de etanolamina-fosfoglicerol unidos a amida. Adición de etanolamina-fosfoglicerol a residuos específicos de ácido glutámico en EF-1 alfa" . La revista de química biológica . 264 (24): 14334–41. doi : 10.1016 / S0021-9258 (18) 71682-7 . PMID 2569467 .
- ^ Roy H, Zou SB, Bullwinkle TJ, Wolfe BS, Gilreath MS, Forsyth CJ, Navarre WW, Ibba M (agosto de 2011). "El parálogo de tRNA sintetasa PoxA modifica el factor de alargamiento-P con (R) -β-lisina" . Biología química de la naturaleza . 7 (10): 667–9. doi : 10.1038 / nchembio.632 . PMC 3177975 . PMID 21841797 .
- ^ Polevoda B, Sherman F (enero de 2003). "Acetiltransferasas N-terminales y requisitos de secuencia para la acetilación N-terminal de proteínas eucariotas". Revista de Biología Molecular . 325 (4): 595–622. doi : 10.1016 / S0022-2836 (02) 01269-X . PMID 12507466 .
- ^ Yang XJ, Seto E (agosto de 2008). "Acetilación de lisina: diafonía codificada con otras modificaciones postraduccionales" . Célula molecular . 31 (4): 449–61. doi : 10.1016 / j.molcel.2008.07.002 . PMC 2551738 . PMID 18722172 .
- ^ Bártová E, Krejcí J, Harnicarová A, Galiová G, Kozubek S (agosto de 2008). "Modificaciones de histonas y arquitectura nuclear: una revisión" . La Revista de Histoquímica y Citoquímica . 56 (8): 711–21. doi : 10.1369 / jhc.2008.951251 . PMC 2443610 . PMID 18474937 .
- ^ Glozak MA, Sengupta N, Zhang X, Seto E (diciembre de 2005). "Acetilación y desacetilación de proteínas no histonas". Gene . 363 : 15-23. doi : 10.1016 / j.gene.2005.09.010 . PMID 16289629 .
- ^ Bradbury AF, Smyth DG (marzo de 1991). "Amidación de péptidos". Tendencias en Ciencias Bioquímicas . 16 (3): 112–5. doi : 10.1016 / 0968-0004 (91) 90044-v . PMID 2057999 .
- ^ Eddé B, Rossier J, Le Caer JP, Desbruyères E, Gros F, Denoulet P (enero de 1990). "Glutamilación postraduccional de alfa-tubulina". Ciencia . 247 (4938): 83–5. Código Bibliográfico : 1990Sci ... 247 ... 83E . doi : 10.1126 / science.1967194 . PMID 1967194 .
- ^ Walker CS, Shetty RP, Clark K, Kazuko SG, Letsou A, Olivera BM, Bandyopadhyay PK, et al. (Marzo de 2001). "Sobre un papel global potencial para la gamma-carboxilación dependiente de vitamina K en sistemas animales. Evidencia de una gamma-glutamil carboxilasa en Drosophila" . La revista de química biológica . 276 (11): 7769–74. doi : 10.1074 / jbc.M009576200 . PMID 11110799 .
- ^ a b c Chung HS y col. (Enero 2013). "Modificaciones postraduccionales oxidativas de cisteína: regulación emergente en el sistema cardiovascular" . Investigación de circulación . 112 (2): 382–92. doi : 10.1161 / CIRCRESAHA.112.268680 . PMC 4340704 . PMID 23329793 .
- ^ Jaisson S, Pietrement C, Gillery P (noviembre de 2011). "Productos derivados de la carbamilación: compuestos bioactivos y biomarcadores potenciales en insuficiencia renal crónica y aterosclerosis" . Química clínica . 57 (11): 1499–505. doi : 10.1373 / clinchem.2011.163188 . PMID 21768218 .
- ^ Kang HJ, Baker EN (abril de 2011). "Enlaces isopeptídicos intramoleculares: ¿enlaces cruzados de proteínas construidos para el estrés?". Tendencias en Ciencias Bioquímicas . 36 (4): 229–37. doi : 10.1016 / j.tibs.2010.09.007 . PMID 21055949 .
- ^ Stark GR, Stein WH, Moore X (1960). "Reacciones del cianato presente en urea acuosa con aminoácidos y proteínas" . J Biol Chem . 235 (11): 3177–3181. doi : 10.1016 / S0021-9258 (20) 81332-5 .
- ^ Malakhova OA, Yan M, Malakhov MP, Yuan Y, Ritchie KJ, Kim KI, Peterson LF, Shuai K, Zhang DE (febrero de 2003). "Proteína ISGylation modula la vía de señalización JAK-STAT" . Genes y desarrollo . 17 (4): 455–60. doi : 10.1101 / gad.1056303 . PMC 195994 . PMID 12600939 .
- ^ Van G. Wilson (Ed.) (2004). Sumoilación: biología molecular y bioquímica. Archivado el 9 de febrero de 2005 en la Wayback Machine . Horizon Bioscience. ISBN 0-9545232-8-8 .
- ^ Klareskog L, Rönnelid J, Lundberg K, Padyukov L, Alfredsson L (2008). "Inmunidad a proteínas citrulinadas en artritis reumatoide" . Revisión anual de inmunología . 26 : 651–75. doi : 10.1146 / annurev.immunol.26.021607.090244 . PMID 18173373 .
- ^ Brennan DF, Barford D (marzo de 2009). "Eliminilación: una modificación postraduccional catalizada por fosfotreonina liasas". Tendencias en Ciencias Bioquímicas . 34 (3): 108-14. doi : 10.1016 / j.tibs.2008.11.005 . PMID 19233656 .
- ^ Khoury GA, Baliban RC, Floudas CA (septiembre de 2011). "Estadísticas de modificación postraduccional de todo el proteoma: análisis de frecuencia y curación de la base de datos swiss-prot" . Informes científicos . 1 (90): 90. Bibcode : 2011NatSR ... 1E..90K . doi : 10.1038 / srep00090 . PMC 3201773 . PMID 22034591 .
- ^ "Estadísticas de modificación postraduccional de todo el proteoma" . selene.princeton.edu . Archivado desde el original el 30 de agosto de 2012 . Consultado el 22 de julio de 2011 .
- ^ a b Lee TY, Huang HD, Hung JH, Huang HY, Yang YS, Wang TH (enero de 2006). "dbPTM: un depósito de información de la modificación postraduccional de proteínas" . Investigación de ácidos nucleicos . 34 (Problema de la base de datos): D622-7. doi : 10.1093 / nar / gkj083 . PMC 1347446 . PMID 16381945 .
- ^ Hornbeck PV, Zhang B, Murray B, Kornhauser JM, Latham V, Skrzypek E (enero de 2015). "PhosphoSitePlus, 2014: mutaciones, PTM y recalibraciones" . Investigación de ácidos nucleicos . 43 (Problema de la base de datos): D512-20. doi : 10.1093 / nar / gku1267 . PMC 4383998 . PMID 25514926 .
- ^ a b Goel R, Harsha HC, Pandey A, Prasad TS (febrero de 2012). "Base de datos de referencia de proteínas humanas y Proteinpedia humana como recursos para el análisis de fosfoproteomas" . Biosistemas moleculares . 8 (2): 453–63. doi : 10.1039 / c1mb05340j . PMC 3804167 . PMID 22159132 .
- ^ Sigrist CJ, Cerutti L, de Castro E, Langendijk-Genevaux PS, Bulliard V, Bairoch A, Hulo N (enero de 2010). "PROSITE, una base de datos de dominio de proteínas para la caracterización y anotación funcional" . Investigación de ácidos nucleicos . 38 (Problema de la base de datos): D161-6. doi : 10.1093 / nar / gkp885 . PMC 2808866 . PMID 19858104 .
- ^ Garavelli JS (enero de 2003). "La base de datos RESID de modificaciones de proteínas: desarrollos de 2003" . Investigación de ácidos nucleicos . 31 (1): 499–501. doi : 10.1093 / nar / gkg038 . PMC 165485 . PMID 12520062 .
- ^ Audagnotto M, Dal Peraro M (31 de marzo de 2017). "Herramientas de predicción in silico y modelado molecular" . Revista de Biotecnología Computacional y Estructural . 15 : 307–319. doi : 10.1016 / j.csbj.2017.03.004 . PMC 5397102 . PMID 28458782 .
- ^ Wulff-Fuentes E, Berendt RR, Massman L, Danner L, Malard F, Vora J, Kahsay R, Olivier-Van Stichelen S (enero de 2021). "La base de datos humana O -GlcNAcome y metanálisis" . Datos científicos . 8 (1): 25. doi : 10.1038 / s41597-021-00810-4 . PMC 7820439 . PMID 33479245 .
- ^ Warnecke A, Sandalova T, Achour A, Harris RA (noviembre de 2014). "PyTMs: un complemento PyMOL útil para modelar modificaciones postraduccionales comunes" . BMC Bioinformática . 15 (1): 370. doi : 10.1186 / s12859-014-0370-6 . PMC 4256751 . PMID 25431162 .
- ^ Yang Y, Peng X, Ying P, Tian J, Li J, Ke J, Zhu Y, Gong Y, Zou D, Yang N, Wang X, Mei S, Zhong R, Gong J, Chang J, Miao X (enero de 2019 ). "IMPRESIONANTE: una base de datos de SNP que afectan las modificaciones postraduccionales de proteínas" . Investigación de ácidos nucleicos . 47 (D1): D874 – D880. doi : 10.1093 / nar / gky821 . PMC 6324025 . PMID 30215764 .
- ^ Morris JH, Huang CC, Babbitt PC, Ferrin TE (septiembre de 2007). "StructureViz: vincular Cytoscape y UCSF Chimera" . Bioinformática . 23 (17): 2345–7. doi : 10.1093 / bioinformatics / btm329 . PMID 17623706 .
- ^ "1tp8 - Proteopedia, vida en 3D" . www.proteopedia.org .
- ^ a b c Robison AJ, Nestler EJ (octubre de 2011). "Mecanismos transcripcionales y epigenéticos de la adicción" . Reseñas de la naturaleza. Neurociencia . 12 (11): 623–37. doi : 10.1038 / nrn3111 . PMC 3272277 . PMID 21989194 .
- ^ Hitchcock LN, Lattal KM (2014). "Epigenética mediada por histonas en la adicción". Epigenética y neuroplasticidad: evidencia y debate . Progreso en Biología Molecular y Ciencias Traslacionales. 128 . págs. 51–87. doi : 10.1016 / B978-0-12-800977-2.00003-6 . ISBN 9780128009772. PMC 5914502 . PMID 25410541 .
- ^ McQuown SC, Wood MA (abril de 2010). "Regulación epigenética en trastornos por uso de sustancias" . Informes actuales de psiquiatría . 12 (2): 145–53. doi : 10.1007 / s11920-010-0099-5 . PMC 2847696 . PMID 20425300 .
- ^ Dabin J, Fortuny A, Polo SE (junio de 2016). "Mantenimiento del epigenoma en respuesta al daño del ADN" . Célula molecular . 62 (5): 712–27. doi : 10.1016 / j.molcel.2016.04.006 . PMC 5476208 . PMID 27259203 .
- ^ a b Administración de Servicios de Salud Mental y Abuso de Sustancias, Resultados de la Encuesta Nacional de 2013 sobre Uso de Drogas y Salud: Resumen de Hallazgos Nacionales, Serie NSDUH H-48, Publicación del HHS No. (SMA) 14-4863. Rockville, MD: Administración de Servicios de Salud Mental y Abuso de Sustancias, 2014
- ^ Abuso, Instituto Nacional de Drogas. "¿La nicotina es adictiva?" .
- ^ Levine A, Huang Y, Drisaldi B, Griffin EA, Pollak DD, Xu S, Yin D, Schaffran C, Kandel DB, Kandel ER (noviembre de 2011). "Mecanismo molecular para una droga de entrada: cambios epigenéticos iniciados por la expresión del gen principal de la nicotina por la cocaína" . Medicina traslacional de la ciencia . 3 (107): 107ra109. doi : 10.1126 / scitranslmed.3003062 . PMC 4042673 . PMID 22049069 .
- ^ Ruffle JK (noviembre de 2014). "Neurobiología molecular de la adicción: ¿de qué se trata todo el (Δ) FosB?". La Revista Estadounidense de Abuso de Drogas y Alcohol . 40 (6): 428–37. doi : 10.3109 / 00952990.2014.933840 . PMID 25083822 . S2CID 19157711 .
- ^ Nestler EJ, Barrot M, Self DW (septiembre de 2001). "DeltaFosB: un interruptor molecular sostenido para la adicción" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 98 (20): 11042–6. Código Bibliográfico : 2001PNAS ... 9811042N . doi : 10.1073 / pnas.191352698 . PMC 58680 . PMID 11572966 .
- ^ Gozen O, Balkan B, Yildirim E, Koylu EO, Pogun S (septiembre de 2013). "El efecto epigenético de la nicotina sobre la expresión del receptor de dopamina D1 en la corteza prefrontal de rata". Synapse . 67 (9): 545–52. doi : 10.1002 / syn.21659 . PMID 23447334 . S2CID 24129123 .
- ^ Editorial, Harvard Health. "Cómo la adicción secuestra el cerebro - Harvard Health" .
- ^ D'Addario C, Caputi FF, Ekström TJ, Di Benedetto M, Maccarrone M, Romualdi P, Candeletti S (febrero de 2013). "El etanol induce la modulación epigenética de la expresión del gen prodinorfina y pronociceptina en el complejo de amígdala de rata". Revista de Neurociencia Molecular . 49 (2): 312–9. doi : 10.1007 / s12031-012-9829-y . PMID 22684622 . S2CID 14013417 .
- ^ Walker DM, Nestler EJ (2018). "Neuroepigenética y adicción". Neurogenética, Parte II . Manual de neurología clínica. 148 . págs. 747–765. doi : 10.1016 / B978-0-444-64076-5.00048-X . ISBN 9780444640765. PMC 5868351 . PMID 29478612 .
- ^ a b Renthal W, Kumar A, Xiao G, Wilkinson M, Covington HE, Maze I, Sikder D, Robison AJ, LaPlant Q, Dietz DM, Russo SJ, Vialou V, Chakravarty S, Kodadek TJ, Stack A, Kabbaj M, Nestler EJ (Mayo de 2009). "El análisis de todo el genoma de la regulación de la cromatina por la cocaína revela un papel de las sirtuinas" . Neurona . 62 (3): 335–48. doi : 10.1016 / j.neuron.2009.03.026 . PMC 2779727 . PMID 19447090 .
- ^ https://www.drugsandalcohol.ie/12728/1/NIDA_Cocaine.pdf
enlaces externos
- dbPTM - base de datos de modificaciones postraduccionales de proteínas
( Copia de Wayback Machine )
- Lista de modificaciones postraduccionales en ExPASy
- Examinar dominios SCOP por PTM - desde la base de datos dcGO
- Estadísticas de cada modificación postraduccional de la base de datos Swiss-Prot
(Wayback Machine)
- Servidor AutoMotif : un protocolo computacional para la identificación de modificaciones postraduccionales en secuencias de proteínas
- Análisis funcionales para la fosforilación específica de un sitio de una proteína diana en las células
- Detección de modificaciones postraduccionales después de MSMS de alta precisión
- Resumen y descripción de las técnicas de detección de modificaciones postraduccionales más utilizadas