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PubChem es una base de datos de moléculas químicas y sus actividades frente a ensayos biológicos. El sistema es mantenido por el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI), un componente de la Biblioteca Nacional de Medicina , que forma parte de los Institutos Nacionales de Salud de los Estados Unidos (NIH). Se puede acceder a PubChem de forma gratuita a través de una interfaz de usuario web . Millones de estructuras compuestas y conjuntos de datos descriptivos se pueden descargar libremente a través de FTP . PubChem contiene múltiples descripciones de sustancias y moléculas pequeñas con menos de 100 átomos y 1000 enlaces. Más de 80 proveedores de bases de datos contribuyen a la creciente base de datos PubChem.[2]

Bases de datos [ editar ]

PubChem consta de tres bases de datos primarias de crecimiento dinámico. Al 5 de noviembre de 2020 (el número de bioensayos no ha cambiado):

  • Los compuestos, 111 millones de entradas [3] (frente a 94 millones de entradas en 2017 [4] ), contienen compuestos químicos puros y caracterizados. [5]
  • Sustancias, 293 millones de entradas [3] (frente a 236 en 2017 [6] y 163 millones de entradas en septiembre de 2014 [7] ), contienen también mezclas, extractos , complejos y sustancias no caracterizadas.
  • BioAssay, la bioactividad es el resultado de 1,25 millones [8] (frente a 6000 en septiembre de 2014 [9] ) programas de cribado de alto rendimiento con varios millones de valores.

Buscando [ editar ]

Busca las bases de datos es posible para una amplia gama de propiedades, incluyendo la estructura química, los fragmentos de nombre, fórmula química , peso molecular , XlogP , y enlace de hidrógeno donante y aceptor de recuento.

PubChem contiene su propio editor de moléculas en línea con soporte SMILES / SMARTS e InChI que permite la importación y exportación de todos los formatos de archivos químicos comunes para buscar estructuras y fragmentos.

Cada visita proporciona información sobre sinónimos, propiedades químicas, estructura química, incluidas las cadenas SMILES e InChI, bioactividad y enlaces a compuestos estructuralmente relacionados y otras bases de datos del NCBI como PubMed .

En el formulario de búsqueda de texto, los campos de la base de datos se pueden buscar agregando el nombre del campo entre corchetes al término de búsqueda. Un rango numérico está representado por dos números separados por dos puntos. Los términos de búsqueda y los nombres de los campos no distinguen entre mayúsculas y minúsculas. Se pueden utilizar paréntesis y los operadores lógicos AND, OR y NOT. Y se asume si no se utiliza ningún operador.

Ejemplo ( regla de cinco de Lipinski ):

0: 500 [mw] 0: 5 [hbdc] 0:10 [hbac] -5: 5 [logp]

Historia [ editar ]

PubChem fue lanzado en 2004. [10]

Preocupaciones de ACS [ editar ]

La American Chemical Society ha expresado su preocupación sobre la base de datos PubChem con soporte público, ya que parece competir directamente con su actual Chemical Abstracts Service . [11] Tienen un gran interés en el tema ya que el Chemical Abstracts Service genera un gran porcentaje de los ingresos de la sociedad. Para defender su posición contra la base de datos PubChem, ACS ha presionado activamente al Congreso de los Estados Unidos.

Poco después de la creación de PubChem, la American Chemical Society presionó al Congreso de los EE. UU. Para restringir el funcionamiento de PubChem, que, según afirmaron, compite con su Chemical Abstracts Service . [12]

Campos de la base de datos [ editar ]

Ver también [ editar ]

  • Base de datos de productos químicos
    • CAS Common Chemistry: dirigido por la American Chemical Society
    • Base de datos comparativa de toxicogenómica - administrada por la Universidad Estatal de Carolina del Norte
    • ChEMBL - dirigido por el Instituto Europeo de Bioinformática
    • ChemSpider : dirigido por la Real Sociedad de Química del Reino Unido
    • DrugBank : administrado por la Universidad de Alberta
    • IUPAC : administrado por la Unión Internacional de Química Pura y Aplicada (IUPAC) con sede en Suiza
    • Moltable : dirigido por el Laboratorio Químico Nacional de la India
    • PubChem: administrado por el Instituto Nacional de Salud de EE. UU.
    • BindingDB : administrado por la Universidad de California, San Diego
    • SCRIPDB : administrado por la Universidad de Toronto, Canadá
    • Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI): administrado por el Instituto Nacional de Salud, EE. UU.
    • Entrez - dirigido por el Instituto Nacional de Salud, EE. UU.
    • GenBank : administrado por el Instituto Nacional de Salud de EE. UU.

Referencias [ editar ]

  1. ^ Kim, Sunghwan; Thiessen, Paul A .; Cheng, Tiejun; Zhang, Jian; Gindulyte, Asta; Bolton, Evan E. (9 de agosto de 2019). "PUG-View: acceso programático a anotaciones químicas integradas en PubChem" . Revista de Cheminformatics . 11 (1): 56. doi : 10.1186 / s13321-019-0375-2 . PMC 6688265 . PMID 31399858 .  
  2. ^ "Información de la fuente de PubChem" . El Proyecto PubChem . EE.UU .: Centro Nacional de Información Biotecnológica.
  3. ^ a b Kim, Sunghwan; Chen, Jie; Cheng, Tiejun; Gindulyte, Asta; Él, Jia; Él, Siqian; Li, Qingliang; Zapatero, Benjamin A; Thiessen, Paul A; Yu, Bo; Zaslavsky, Leonid; Zhang, Jian; Bolton, Evan E (8 de enero de 2021). "PubChem en 2021: nuevo contenido de datos e interfaces web mejoradas" . Investigación de ácidos nucleicos . 49 (D1): D1388 – D1395. doi : 10.1093 / nar / gkaa971 .
  4. ^ "Resultados de la búsqueda para todos los compuestos" . Consultado el 28 de enero de 2016 .
  5. ^ "todo [filt] - Resultados compuestos de PubChem" . El Proyecto PubChem . EE.UU .: Centro Nacional de Información Biotecnológica . Consultado el 7 de enero de 2011 .
  6. ^ "todo [filt] - Resultados de la sustancia PubChem" . El Proyecto PubChem . EE.UU .: Centro Nacional de Información Biotecnológica . Consultado el 28 de enero de 2016 .
  7. ^ "todo [filt] - Resultados de la sustancia PubChem" . El Proyecto PubChem . EE.UU .: Centro Nacional de Información Biotecnológica . Consultado el 7 de enero de 2011 .
  8. ^ "todo [filt] - Resultados de BioAssay de PubChem" . El Proyecto PubChem . EE.UU .: Centro Nacional de Información Biotecnológica . Consultado el 28 de enero de 2016 .
  9. ^ "todo [filt] - Resultados de BioAssay de PubChem" . El Proyecto PubChem . EE.UU .: Centro Nacional de Información Biotecnológica . Consultado el 7 de enero de 2011 .
  10. ^ "Acerca de PubChem" . Consultado el 3 de mayo de 2014 .
  11. ^ Kaiser J (mayo de 2005). "Recursos científicos. Los químicos quieren que los NIH reduzcan la base de datos". Ciencia . 308 (5723): 774. doi : 10.1126 / science.308.5723.774a . PMID 15879180 . S2CID 166918466 .  
  12. ^ "PubChem y la sociedad química estadounidense" . Reformando la comunicación académica . Estados Unidos: Universidad de California. 2005-05-31 . Consultado el 15 de octubre de 2018 .
  13. ^ Cheng T (noviembre de 2007). "Cálculo de coeficientes de partición octanol-agua guiando un modelo aditivo con conocimiento". Revista de información química y modelado . 47 (6): 2140–2148. doi : 10.1021 / ci700257y . PMID 17985865 . 

Enlaces externos [ editar ]

  • Página web oficial