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El empalme de ARN , en biología molecular , es una forma de procesamiento de ARN en el que una transcripción de ARN mensajero precursor (pre ARNm ) recién creada se transforma en un ARN mensajero maduro ( ARNm ). Durante el empalme, los intrones (regiones no codificantes) se eliminan y los exones (regiones codificantes) se unen. En el caso de los genes con codificación nuclear , el empalme tiene lugar dentro del núcleo durante o inmediatamente después de la transcripción . Para esos genes eucariotasque contienen intrones, generalmente se requiere el empalme para crear una molécula de ARNm que pueda traducirse en proteína . Para muchos intrones eucariotas, el empalme se lleva a cabo en una serie de reacciones que son catalizadas por el espliceosoma , un complejo de pequeñas ribonucleoproteínas nucleares ( snRNP ). También existen intrones auto-empalmados , o ribozimas capaces de catalizar su propia escisión de su molécula de ARN parental.

Proceso de empalme de ARN

Vías de empalme [ editar ]

En la naturaleza se producen varios métodos de empalme de ARN; el tipo de empalme depende de la estructura del intrón empalmado y de los catalizadores necesarios para que se produzca el empalme.

Complejo spliceosomal [ editar ]

Intrones [ editar ]

La palabra intrón se deriva de los términos región intragénica , [1] e intracistrón , [2] es decir, un segmento de ADN que se encuentra entre dos exones de un gen . El término intrón se refiere tanto a la secuencia de ADN dentro de un gen como a la secuencia correspondiente en la transcripción de ARN sin procesar. Como parte de la vía de procesamiento del ARN, los intrones se eliminan mediante el empalme del ARN poco después o al mismo tiempo que la transcripción . [3] Los intrones se encuentran en los genes de la mayoría de los organismos y muchos virus. Pueden ubicarse en una amplia gama de genes, incluidos los que generan proteínas , ARN ribosómico(ARNr) y ARN de transferencia (ARNt). [4]

Dentro de los intrones, se requieren un sitio donante (extremo 5 'del intrón), un sitio de ramificación (cerca del extremo 3' del intrón) y un sitio aceptor (extremo 3 'del intrón) para el empalme. El sitio donante de corte y empalme incluye una secuencia GU casi invariante en el extremo 5 'del intrón, dentro de una región más grande y menos altamente conservada. El sitio aceptor de empalme en el extremo 3 'del intrón termina el intrón con una secuencia AG casi invariante. Aguas arriba (5 ') del AG hay una región rica en pirimidinas (C y U), o tracto de polipirimidina . Más arriba del tracto de polipirimidina se encuentra el punto de ramificación, que incluye un nucleótido de adenina involucrado en la formación de lariat. [5] [6] La secuencia de consenso para un intrón (en IUPACnotación de ácido nucleico ) es: GG- [corte] -GURAGU (sitio donante) ... secuencia del intrón ... YURAC (secuencia de ramificación 20-50 nucleótidos corriente arriba del sitio aceptor) ... Y-rico-NCAG- [corte] -G (sitio aceptor). [7] Sin embargo, se observa que la secuencia específica de elementos de empalme intrónicos y el número de nucleótidos entre el punto de ramificación y el sitio aceptor 3 'más cercano afectan la selección del sitio de empalme. [8] [9] Además, las mutaciones puntuales en el ADN subyacente o los errores durante la transcripción pueden activar un sitio de empalme críptico en parte de la transcripción que generalmente no se empalma. Esto da como resultado un ARN mensajero maduro al que le falta una sección de un exón. De esta forma, una mutación puntual, que de otro modo afectaría sólo a un aminoácido, puede manifestarse como una deleción o truncamiento en la proteína final.

Ilustración simple de exones e intrones en pre-ARNm

Formación y actividad [ editar ]

El empalme es catalizado por el espliceosoma , un gran complejo de ARN-proteína compuesto por cinco pequeñas ribonucleoproteínas nucleares ( snRNP ). El ensamblaje y la actividad del espliceosoma se producen durante la transcripción del pre-ARNm. Los componentes de ARN de los snRNP interactúan con el intrón y participan en la catálisis. Se han identificado dos tipos de espliceosomas (mayor y menor) que contienen diferentes snRNP .

  • Los principales empalmes de espliceosomas son intrones que contienen GU en el sitio de empalme 5 'y AG en el sitio de empalme 3'. Se compone de los U1 , U2 , U4 , U5 y U6 snRNPs y es activo en el núcleo. Además, para el ensamblaje del espliceosoma se requieren varias proteínas, incluido el factor auxiliar 1 del ARN nuclear pequeño U2 (U2AF35), U2AF2 (U2AF65) [10] y SF1 . [6] [11] El espliceosoma forma diferentes complejos durante el proceso de empalme: [12]
  • Complejo E
    • El snRNP de U1 se une a la secuencia GU en el sitio de corte y empalme 5 'de un intrón;
    • El factor de empalme 1 se une a la secuencia de puntos de ramificación del intrón;
    • U2AF1 se une al sitio de corte y empalme 3 'del intrón;
    • U2AF2 se une al tracto de polipirimidina; [13]
  • Complejo A (preespliceosoma)
    • El U2 snRNP desplaza SF1 y se une a la secuencia de puntos de ramificación y el ATP se hidroliza;
  • Complejo B (espliceosoma precatalítico)
    • El trímero snRNP de U5 / U4 / U6 se une y el snRNP de U5 se une a los exones en el sitio 5 ', con la unión de U6 a U2;
  • Complejo B *
    • El snRNP de U1 se libera, U5 se desplaza del exón al intrón y el U6 se une en el sitio de empalme 5 ';
  • Complejo C (espliceosoma catalítico)
    • Se libera U4, U6 / U2 cataliza la transesterificación, haciendo que el extremo 5 'del intrón se ligue al intrón A y forme un lazo, U5 se une al exón en el sitio de empalme 3' y el sitio 5 'se escinde, lo que da como resultado el formación del lazo;
  • Complejo C * (complejo post-espliceosomal)
    • U2 / U5 / U6 permanecen unidos al lazo, y el sitio 3 'se escinde y los exones se ligan usando hidrólisis de ATP. El ARN empalmado se libera, el lazo se libera y se degrada, [14] y los snRNP se reciclan.
Este tipo de empalme se denomina empalme canónico o vía lariat , que representa más del 99% del empalme. Por el contrario, cuando las secuencias flanqueantes intrónicas no siguen la regla GU-AG, se dice que se produce un corte y empalme no canónico (ver "espliceosoma menor" más adelante). [15]
  • El espliceosoma menor es muy similar al espliceosoma principal, pero en su lugar, empalma intrones raros con diferentes secuencias de sitios de empalme. Mientras que los espliceosomas menores y mayores contienen el mismo snRNP de U5 , el espliceosoma menor tiene snRNPs diferentes pero funcionalmente análogos para U1, U2, U4 y U6, que se denominan respectivamente U11 , U12 , U4atac y U6atac . [dieciséis]

Empalme recursivo [ editar ]

En la mayoría de los casos, el empalme elimina los intrones como unidades individuales de las transcripciones de ARNm precursoras . Sin embargo, en algunos casos, especialmente en ARNm con intrones muy largos, el empalme ocurre en pasos, con parte de un intrón eliminado y luego el intrón restante se empalma en un paso siguiente. Esto se ha encontrado primero en el gen Ultrabithorax ( Ubx ) de la mosca de la fruta, Drosophila melanogaster , y algunos otros genes de Drosophila , pero también se han informado casos en humanos. [17] [18]

Trans-empalme [ editar ]

El empalme trans es una forma de empalme que elimina intrones u outrones y une dos exones que no están dentro de la misma transcripción de ARN. [19]

Auto-empalme [ editar ]

El auto-empalme se produce para intrones raros que forman una ribozima , que realiza las funciones del espliceosoma solo mediante ARN. Hay tres tipos de intrones auto-empalmados, Grupo I , Grupo II y Grupo III . Los intrones de los grupos I y II realizan un corte y empalme similar al espliceosoma sin requerir ninguna proteína. Esta similitud sugiere que los intrones de los grupos I y II pueden estar relacionados evolutivamente con el espliceosoma. El auto-empalme también puede ser muy antiguo y puede haber existido en un mundo de ARN presente antes de la proteína.

Dos transesterificaciones caracterizan el mecanismo en el que se empalman los intrones del grupo I:

  1. 3'OH de un nucleósido de guanina libre (o uno ubicado en el intrón) o un cofactor de nucleótido (GMP, GDP, GTP) ataca al fosfato en el sitio de empalme 5 '.
  2. 3'OH del exón 5 'se convierte en un nucleófilo y la segunda transesterificación da como resultado la unión de los dos exones.

El mecanismo en el que se empalman los intrones del grupo II (dos reacciones de transesterificación como los intrones del grupo I) es el siguiente:

  1. El 2'OH de una adenosina específica en el intrón ataca el sitio de empalme 5 ', formando así el lazo
  2. El 3'OH del exón 5 'desencadena la segunda transesterificación en el sitio de empalme 3', uniendo así los exones.

empalme de ARNt [ editar ]

El empalme de ARNt (también similar al ARNt) es otra forma rara de empalme que generalmente ocurre en el ARNt. La reacción de empalme implica una bioquímica diferente a la de las vías espliceosomal y autoempalme.

En la levadura Saccharomyces cerevisiae , un heterotetrámero de endonucleasa de empalme de ARNt de levadura , compuesto de TSEN54 , TSEN2 , TSEN34 y TSEN15 , escinde el pre-ARNt en dos sitios del bucle aceptor para formar un ARNt medio 5 ', que termina en un 2', 3'-grupo fosfodiéster cíclico y una mitad de ARNt 3 ', que terminan en un grupo 5'-hidroxilo, junto con un intrón descartado. [20] El tRNA quinasa de levadura fosforila el grupo 5'-hidroxilo usando trifosfato de adenosina . La fosfodiesterasa cíclica de ARNt de levadura escinde el grupo fosfodiéster cíclico para formar un extremo 3 'fosforilado en 2'. La ligasa de ARNt de levadura agrega un monofosfato de adenosinagrupo al extremo 5 'de la mitad 3' y une las dos mitades juntas. [21] La 2'-fosfotransferasa dependiente de NAD luego elimina el grupo 2'-fosfato. [22] [23]

Evolución [ editar ]

El empalme ocurre en todos los reinos o dominios de la vida, sin embargo, la extensión y los tipos de empalme pueden ser muy diferentes entre las principales divisiones. Los eucariotas empalman muchos ARN mensajeros que codifican proteínas y algunos ARN no codificantes . Los procariotas , por otro lado, se empalman raramente y en su mayoría ARN no codificantes. Otra diferencia importante entre estos dos grupos de organismos es que los procariotas carecen por completo de la vía espliceosomal.

Debido a que los intrones espliceosomales no se conservan en todas las especies, existe un debate sobre cuándo evolucionó el corte y empalme espliceosomal. Se han propuesto dos modelos: el intrón tardío y el intrón temprano (ver evolución del intrón ).

Empalme de la diversidad
EucariotasProcariotas
Splicosomal+-
Auto-empalme++
ARNt++

Mecanismo bioquímico [ editar ]

Diagrama que ilustra la bioquímica de dos pasos del empalme

El empalme empalmado y el autoempalme empalmados implican un proceso bioquímico de dos pasos. Ambos pasos involucran reacciones de transesterificación que ocurren entre nucleótidos de ARN. El empalme de tRNA, sin embargo, es una excepción y no ocurre por transesterificación. [24]

Las reacciones de transesterificación empalmadas y empalmadas se producen a través de dos reacciones de transesterificación secuenciales. Primero, el 2'OH de un nucleótido de punto de ramificación específico dentro del intrón, definido durante el ensamblaje del espliceosoma, realiza un ataque nucleófilo en el primer nucleótido del intrón en el sitio de empalme 5 ', formando el intermedio de lazo . En segundo lugar, el 3'OH del exón 5 'liberado realiza entonces un ataque electrófilo en el primer nucleótido que sigue al último nucleótido del intrón en el sitio de empalme 3', uniendo así los exones y liberando el intrón lariat. [25]

Empalme alternativo [ editar ]

Artículo principal: empalme alternativo

En muchos casos, el proceso de empalme puede crear una variedad de proteínas únicas variando la composición del exón del mismo ARNm. Este fenómeno se denomina empalme alternativo . El empalme alternativo puede ocurrir de muchas formas. Los exones se pueden extender u omitir, o se pueden retener intrones. Se estima que el 95% de las transcripciones de genes multiexon experimentan un corte y empalme alternativo, algunos casos de los cuales ocurren de una manera específica de tejido y / o bajo condiciones celulares específicas. [26] El desarrollo de tecnología de secuenciación de ARNm de alto rendimiento puede ayudar a cuantificar los niveles de expresión de isoformas empalmadas alternativamente. Los niveles de expresión diferencial entre tejidos y linajes celulares permitieron desarrollar enfoques computacionales para predecir las funciones de estas isoformas. [27][28] Dada esta complejidad, el corte y empalme alternativo de las transcripciones de pre-ARNm está regulado por un sistema de proteínas que actúan en trans (activadores y represores) que se unen a sitios de acción cis o "elementos" (potenciadores y silenciadores) en la propia transcripción de pre-ARNm. Estas proteínas y sus respectivos elementos de unión promueven o reducen el uso de un sitio de empalme particular. La especificidad de unión proviene de la secuencia y estructura de los elementos cis, por ejemplo, en el VIH-1 hay muchos sitios de corte y empalme donantes y aceptores. Entre los diversos sitios de empalme, ssA7, que es el sitio aceptor 3 ', se pliega en tres estructuras de bucle de tallo, es decir, silenciador de empalme intrónico (ISS), potenciador de empalme exónico (ESE) y silenciador de empalme exónico (ESSE3).La estructura de la solución del silenciador de empalme intrónico y su interacción con la proteína huésped hnRNPA1 dan una idea del reconocimiento específico.[29] Sin embargo, para aumentar la complejidad del empalme alternativo, se observa que los efectos de los factores reguladores muchas veces dependen de la posición. Por ejemplo, un factor de empalme que sirve como activador de empalme cuando se une a un elemento potenciador intrónico puede servir como represor cuando se une a su elemento de empalme en el contexto de un exón, y viceversa. [30] Además de los efectos dependientes de la posición de los elementos potenciadores y silenciadores, la ubicación del punto de ramificación (es decir, la distancia corriente arriba del sitio aceptor 3 'más cercano) también afecta el empalme. [8]La estructura secundaria de la transcripción de pre-ARNm también juega un papel en la regulación del empalme, como al reunir elementos de empalme o enmascarar una secuencia que de otro modo serviría como elemento de unión para un factor de empalme. [31] [32]

Respuesta de empalme al daño del ADN [ editar ]

El daño del ADN afecta a los factores de empalme al alterar su modificación , localización, expresión y actividad postraduccionales . [33] Además, el daño del ADN a menudo interrumpe el empalme al interferir con su acoplamiento a la transcripción . El daño del ADN también tiene un impacto en el empalme y el empalme alternativo de genes íntimamente asociados con la reparación del ADN . [33] Por ejemplo, los daños en el ADN modulan el empalme alternativo de los genes de reparación del ADN Brca1 y Ercc1 .

Manipulación experimental de empalmes [ editar ]

Los eventos de empalme se pueden alterar experimentalmente [34] [35] mediante la unión de oligos antisentido de bloqueo estérico como morfolinos o ácidos nucleicos peptídicos a sitios de unión de snRNP, al nucleótido ramificado que cierra el lazo, [36] Teoría del gen dividido o al empalme. sitios de unión de elementos reguladores. [37]

Errores de empalme y variación [ editar ]

Se ha sugerido que un tercio de todas las mutaciones que causan enfermedades tienen un impacto en el empalme . [30] Los errores comunes incluyen:

  • Mutación de un sitio de empalme que da como resultado la pérdida de función de ese sitio. Da como resultado la exposición de un codón de parada prematuro , la pérdida de un exón o la inclusión de un intrón.
  • Mutación de un sitio de empalme que reduce la especificidad. Puede resultar en una variación en la ubicación del empalme, provocando la inserción o deleción de aminoácidos, o muy probablemente, una interrupción del marco de lectura .
  • Desplazamiento de un sitio de empalme, que conduce a la inclusión o exclusión de más ARN de lo esperado, lo que resulta en exones más largos o más cortos.

Aunque muchos errores de empalme se protegen mediante un mecanismo de control de calidad celular denominado desintegración de ARNm mediada por sinsentidos (NMD), [38] también existen varias enfermedades relacionadas con el empalme, como se sugirió anteriormente. [39]

Es probable que las diferencias alélicas en el empalme de ARNm sean una fuente común e importante de diversidad fenotípica a nivel molecular, además de su contribución a la susceptibilidad a enfermedades genéticas. De hecho, los estudios de todo el genoma en humanos han identificado una variedad de genes que están sujetos a un corte y empalme específico de alelos.

En las plantas, la variación de la tolerancia al estrés por inundaciones se correlacionó con el empalme alternativo inducido por el estrés de las transcripciones asociadas con la gluconeogénesis y otros procesos. [40]

Empalme de proteínas [ editar ]

Artículo principal: empalme de proteínas

Además del ARN, las proteínas pueden sufrir un empalme. Aunque los mecanismos biomoleculares son diferentes, el principio es el mismo: se eliminan partes de la proteína, llamadas inteínas en lugar de intrones. Las partes restantes, llamadas exteínas en lugar de exones, se fusionan. El empalme de proteínas se ha observado en una amplia gama de organismos, incluidas bacterias, arqueas , plantas, levaduras y seres humanos. [41]

Ver también [ editar ]

  • ADNc
  • Complejo de unión de exón
  • taponamiento de ARNm
  • Poliadenilación
  • Modificación postranscripcional
  • Edición de ARN
  • Dominio de proteína SWAP , un regulador de empalme

Referencias [ editar ]

  1. ^ Gilbert W (febrero de 1978). "¿Por qué genes en pedazos?". Naturaleza . 271 (5645): 501. Código Bibliográfico : 1978Natur.271..501G . doi : 10.1038 / 271501a0 . PMID  622185 . S2CID  4216649 .
  2. ^ Tonegawa S, Maxam AM, Tizard R, Bernard O, Gilbert W (marzo de 1978). "Secuencia de un gen de línea germinal de ratón para una región variable de una cadena ligera de inmunoglobulina" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 75 (3): 1485–89. Código Bibliográfico : 1978PNAS ... 75.1485T . doi : 10.1073 / pnas.75.3.1485 . PMC 411497 . PMID 418414 .  
  3. ^ Tilgner H, Knowles DG, Johnson R, Davis CA, Chakrabortty S, Djebali S, Curado J, Snyder M, Gingeras TR, Guigó R (septiembre de 2012). "La secuenciación profunda de fracciones de ARN subcelular muestra que el empalme es predominantemente cotranscripcional en el genoma humano pero ineficaz para los lncRNA" . Investigación del genoma . 22 (9): 1616–25. doi : 10.1101 / gr.134445.111 . PMC 3431479 . PMID 22955974 .  
  4. ^ Roy SW, Gilbert W (marzo de 2006). "La evolución de los intrones espliceosomales: patrones, acertijos y progreso". Reseñas de la naturaleza. Genética . 7 (3): 211-21. doi : 10.1038 / nrg1807 . PMID 16485020 . S2CID 33672491 .  
  5. ^ Clancy S (2008). "Empalme de ARN: intrones, exones y empalmesoma" . Educación en la naturaleza . 1 (1): 31. Archivado desde el original el 15 de marzo de 2011 . Consultado el 31 de marzo de 2011 .
  6. ↑ a b Black DL (junio de 2003). "Mecanismos de empalme alternativo de ARN pre-mensajero" . Revisión anual de bioquímica . 72 (1): 291–336. doi : 10.1146 / annurev.biochem.72.121801.161720 . PMID 12626338 . 
  7. ^ "Biología molecular de la célula". Informes de citas de revistas de 2012 . Web of Science (Science ed.). Thomson Reuters . 2013.
  8. ^ a b Taggart AJ, DeSimone AM, Shih JS, Filloux ME, Fairbrother WG (junio de 2012). "Mapeo a gran escala de puntos de ramificación en transcripciones de pre-ARNm humano in vivo" . Naturaleza Biología Molecular y Estructural . 19 (7): 719-21. doi : 10.1038 / nsmb.2327 . PMC 3465671 . PMID 22705790 .  
  9. ^ Corvelo A, Hallegger M, Smith CW, Eyras E (noviembre de 2010). Meyer (ed.). "Asociación de todo el genoma entre las propiedades del punto de ramificación y el empalme alternativo" . PLOS Biología Computacional . 6 (11): e1001016. Código Bibliográfico : 2010PLSCB ... 6E1016C . doi : 10.1371 / journal.pcbi.1001016 . PMC 2991248 . PMID 21124863 .  
  10. ^ Graveley BR, Hertel KJ, Maniatis T (junio de 2001). "El papel de U2AF35 y U2AF65 en el empalme dependiente del potenciador" . ARN . 7 (6): 806–18. doi : 10.1017 / s1355838201010317 . PMC 1370132 . PMID 11421359 . Archivado desde el original el 20 de noviembre de 2018 . Consultado el 17 de diciembre de 2014 .  
  11. ^ Matlin AJ, Clark F, Smith CW (mayo de 2005). "Entender el empalme alternativo: hacia un código celular". Reseñas de la naturaleza. Biología celular molecular . 6 (5): 386–98. doi : 10.1038 / nrm1645 . PMID 15956978 . S2CID 14883495 .  
  12. ^ Matera AG, Wang Z (febrero de 2014). "Un día en la vida del espliceosoma" . Reseñas de la naturaleza. Biología celular molecular . 15 (2): 108–21. doi : 10.1038 / nrm3742 . PMC 4060434 . PMID 24452469 .  
  13. ^ Guth S, Valcárcel J (diciembre de 2000). "Papel cinético de SF1 / BBP de mamíferos en el ensamblaje y la función del espliceosoma después del reconocimiento del tracto de polipirimidina por U2AF" . La Revista de Química Biológica . 275 (48): 38059–66. doi : 10.1074 / jbc.M001483200 . PMID 10954700 . 
  14. ^ Cheng Z, Menees TM (diciembre de 2011). "Empalme y desramificación de ARN vistos a través del análisis de lariats de ARN". Genética y Genómica Molecular . 286 (5–6): 395–410. doi : 10.1007 / s00438-011-0635-y . PMID 22065066 . S2CID 846297 .  
  15. ^ Ng B, Yang F, Huston DP, Yan Y, Yang Y, Xiong Z, Peterson LE, Wang H, Yang XF (diciembre de 2004). "El aumento de corte y empalme no canónico de transcripciones de autoantígenos proporciona la base estructural para la expresión de epítopos no alérgicos" . La Revista de Alergia e Inmunología Clínica . 114 (6): 1463–70. doi : 10.1016 / j.jaci.2004.09.006 . PMC 3902068 . PMID 15577853 .  
  16. ^ Patel AA, Steitz JA (diciembre de 2003). "Empalme doble: conocimientos del segundo espliceosoma". Reseñas de la naturaleza. Biología celular molecular . 4 (12): 960–70. doi : 10.1038 / nrm1259 . PMID 14685174 . S2CID 21816910 .  
  17. ^ Sibley CR, Emmett W, Blazquez L, Faro A, Haberman N, Briese M, Trabzuni D, Ryten M, Weale ME, Hardy J, Modic M, Curk T, Wilson SW, Plagnol V, Ule J (mayo de 2015). "Empalme recursivo en genes de vertebrados largos" . Naturaleza . 521 (7552): 371–75. Código bibliográfico : 2015Natur.521..371S . doi : 10.1038 / nature14466 . PMC 4471124 . PMID 25970246 .  
  18. ^ Duff MO, Olson S, Wei X, Garrett SC, Osman A, Bolisetty M, Plocik A, Celniker SE, Graveley BR (mayo de 2015). "Identificación de todo el genoma de empalme recursivo de nucleótidos cero en Drosophila" . Naturaleza . 521 (7552): 376–79. Código Bibliográfico : 2015Natur.521..376D . doi : 10.1038 / nature14475 . PMC 4529404 . PMID 25970244 .  
  19. ^ Di Segni G, Gastaldi S, Tocchini-Valentini GP (mayo de 2008). "Cis- y trans-splicing de ARNm mediado por secuencias de ARNt en células eucariotas" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 105 (19): 6864–69. Código Bibliográfico : 2008PNAS..105.6864D . doi : 10.1073 / pnas.0800420105 . JSTOR 25461891 . PMC 2383978 . PMID 18458335 .   
  20. ^ Trotta CR, Miao F, Arn EA, Stevens SW, Ho CK, Rauhut R, Abelson JN (junio de 1997). "La endonucleasa de empalme de ARNt de levadura: una enzima tetramérica con dos subunidades de sitio activo homólogas a las endonucleasas de ARNt de arqueas". Celular . 89 (6): 849–58. doi : 10.1016 / S0092-8674 (00) 80270-6 . PMID 9200603 . S2CID 16055381 .  
  21. ^ Westaway SK, Phizicky EM, Abelson J (marzo de 1988). "Estructura y función del gen de la ligasa de ARNt de levadura" . La Revista de Química Biológica . 263 (7): 3171–76. PMID 3277966 . Archivado desde el original el 18 de noviembre de 2018 . Consultado el 17 de diciembre de 2014 . 
  22. ^ Paushkin SV, Patel M, Furia BS, Peltz SW, Trotta CR (abril de 2004). "La identificación de un complejo de endonucleasa humana revela un vínculo entre el corte y empalme del ARNt y la formación del extremo 3 'del pre-ARNm". Celular . 117 (3): 311-21. doi : 10.1016 / S0092-8674 (04) 00342-3 . PMID 15109492 . S2CID 16049289 .  
  23. ^ Soma A (1 de abril de 2014). "Genes de tRNA permutados circularmente: su expresión e implicaciones para su relevancia fisiológica y desarrollo" . Fronteras en genética . 5 : 63. doi : 10.3389 / fgene.2014.00063 . PMC 3978253 . PMID 24744771 .  
  24. ^ Abelson J, Trotta CR, Li H (mayo de 1998). "Empalme de ARNt" . La Revista de Química Biológica . 273 (21): 12685–88. doi : 10.1074 / jbc.273.21.12685 . PMID 9582290 . 
  25. ^ Fica SM, Tuttle N, Novak T, Li NS, Lu J, Koodathingal P, Dai Q, Staley JP, Piccirilli JA (noviembre de 2013). "El ARN cataliza el empalme nuclear de pre-ARNm" . Naturaleza . 503 (7475): 229–34. Código Bib : 2013Natur.503..229F . doi : 10.1038 / nature12734 . PMC 4666680 . PMID 24196718 .  
  26. ^ Pan Q, Shai O, Lee LJ, Frey BJ, Blencowe BJ (diciembre de 2008). "Estudio profundo de la complejidad de empalme alternativo en el transcriptoma humano mediante secuenciación de alto rendimiento". Genética de la naturaleza . 40 (12): 1413-15. doi : 10.1038 / ng.259 . PMID 18978789 . S2CID 9228930 .  
  27. ^ Eksi R, Li HD, Menon R, Wen Y, Omenn GS, Kretzler M, Guan Y (noviembre de 2013). "Funciones de diferenciación sistemática para isoformas empalmadas alternativamente mediante la integración de datos de RNA-seq" . PLOS Biología Computacional . 9 (11): e1003314. Código bibliográfico : 2013PLSCB ... 9E3314E . doi : 10.1371 / journal.pcbi.1003314 . PMC 3820534 . PMID 24244129 .  
  28. ^ Li HD, Menon R, Omenn GS, Guan Y (agosto de 2014). "La era emergente de la integración de datos genómicos para analizar la función de isoformas de empalme" . Tendencias en Genética . 30 (8): 340–47. doi : 10.1016 / j.tig.2014.05.005 . PMC 4112133 . PMID 24951248 .  
  29. ^ Jain N, Morgan CE, Rife BD, Salemi M, Tolbert BS (enero de 2016). "Estructura de la solución del silenciador de empalme del intrón del VIH-1 y sus interacciones con el dominio UP1 de la ribonucleoproteína nuclear heterogénea (hnRNP) A1" . La Revista de Química Biológica . 291 (5): 2331–44. doi : 10.1074 / jbc.M115.674564 . PMC 4732216 . PMID 26607354 .  
  30. ^ a b Lim KH, Ferraris L, Filloux ME, Raphael BJ, Fairbrother WG (julio de 2011). "Utilizando la distribución posicional para identificar elementos de empalme y predecir defectos de procesamiento de pre-ARNm en genes humanos" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 108 (27): 11093–98. Código bibliográfico : 2011PNAS..10811093H . doi : 10.1073 / pnas.1101135108 . PMC 3131313 . PMID 21685335 .  
  31. ^ Warf MB, Berglund JA (marzo de 2010). "Papel de la estructura del ARN en la regulación del corte y empalme de pre-ARNm" . Tendencias en Ciencias Bioquímicas . 35 (3): 169–78. doi : 10.1016 / j.tibs.2009.10.004 . PMC 2834840 . PMID 19959365 .  
  32. ^ Reid DC, Chang BL, Gunderson SI, Alpert L, Thompson WA, Fairbrother WG (diciembre de 2009). "SELEX de próxima generación identifica la secuencia y los determinantes estructurales de la unión del factor de corte y empalme en la secuencia de pre-ARNm humano" . ARN . 15 (12): 2385–97. doi : 10.1261 / rna.1821809 . PMC 2779669 . PMID 19861426 .  
  33. ↑ a b Shkreta L, Chabot B (octubre de 2015). "La respuesta de empalme de ARN al daño del ADN" . Biomoléculas . 5 (4): 2935–77. doi : 10.3390 / biom5042935 . PMC 4693264 . PMID 26529031 .  
  34. ^ Draper BW, Morcos PA, Kimmel CB (julio de 2001). "Inhibición de empalme de pre-ARNm fgf8 de pez cebra con oligos morfolino: un método cuantificable para la eliminación de genes" . Génesis . 30 (3): 154–56. doi : 10.1002 / gene.1053 . PMID 11477696 . S2CID 32270393 .  
  35. ^ Sazani P, Kang SH, Maier MA, Wei C, Dillman J, Summerton J, Manoharan M, Kole R (octubre de 2001). "Efectos antisentido nucleares de análogos de oligonucleótidos catiónicos, aniónicos y neutros" . Investigación de ácidos nucleicos . 29 (19): 3965–74. doi : 10.1093 / nar / 29.19.3965 . PMC 60237 . PMID 11574678 .  
  36. ^ Morcos PA (junio de 2007). "Lograr la alteración dirigida y cuantificable del empalme de ARNm con oligos Morfolino". Comunicaciones de investigación bioquímica y biofísica . 358 (2): 521-27. doi : 10.1016 / j.bbrc.2007.04.172 . PMID 17493584 . 
  37. ^ Bruno IG, Jin W, Cote GJ (octubre de 2004). "Corrección de empalme de ARN alternativo de FGFR1 aberrante mediante la orientación de elementos reguladores intrónicos" . Genética molecular humana . 13 (20): 2409–20. doi : 10.1093 / hmg / ddh272 . PMID 15333583 . 
  38. ^ Danckwardt S, Neu-Yilik G, Thermann R, Frede U, Hentze MW, Kulozik AE (marzo de 2002). "ARNm de beta-globina empalmados anormalmente: una mutación de un solo punto genera transcripciones sensibles e insensibles a la desintegración del ARNm mediada sin sentido" . Sangre . 99 (5): 1811–16. doi : 10.1182 / sangre.V99.5.1811 . PMID 11861299 . S2CID 17128174 .  
  39. ^ Ward AJ, Cooper TA (enero de 2010). "La patobiología del empalme" . La Revista de Patología . 220 (2): 152–63. doi : 10.1002 / ruta.2649 . PMC 2855871 . PMID 19918805 .  
  40. ^ van Veen, H; Vashisht, D; Akman, M; Girke, T; Mustroph, A; Reinen, E; Hartman, S; Kooiker, M; van Tienderen, P; Schranz, ME; Bailey-Serres, J; Voesenek, LA; Sasidharan, R (octubre de 2016). "Transcriptomas de ocho accesiones de Arabidopsis thaliana revelan respuestas de núcleo conservado, genotipo y órgano específico al estrés por inundaciones" . Fisiología vegetal . 172 (2): 668–89. doi : 10.1104 / pp.16.00472 . PMC 5047075 . PMID 27208254 .  
  41. ^ Hanada K, Yang JC (junio de 2005). "Bioquímica novedosa: empalme de proteínas postraduccional y otras lecciones de la escuela de procesamiento de antígenos" . Revista de Medicina Molecular . 83 (6): 420–28. doi : 10.1007 / s00109-005-0652-6 . PMID 15759099 . S2CID 37698110 .  

Enlaces externos [ editar ]

  • Colección de animación de células virtuales: empalme de ARNm
  • RNA + Splicing en los encabezados de temas médicos (MeSH) de la Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .