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R es un lenguaje de programación y un entorno de software libre para la computación estadística y gráficos respaldados por la Fundación R para Computación Estadística. [6] El lenguaje R se usa ampliamente entre estadísticos y mineros de datos para desarrollar software estadístico [7] y análisis de datos . [8] Las encuestas, las encuestas de minería de datos y los estudios de bases de datos de literatura académica muestran aumentos sustanciales de popularidad; [9] a enero de 2021, R ocupa el noveno lugar en el índice TIOBE, una medida de la popularidad de los lenguajes de programación. [10]

El entorno de software oficial de R es un paquete GNU . [11] Está escrito principalmente en C , Fortran y R en sí mismo [12] (por lo tanto, es parcialmente autohospedado ) y está disponible gratuitamente bajo la Licencia Pública General GNU . Se proporcionan ejecutables precompilados para varios sistemas operativos . Aunque R tiene una interfaz de línea de comandos , existen varias interfaces gráficas de usuario de terceros , como RStudio , un entorno de desarrollo integrado , y Jupyter , una interfaz de portátil.. [13] [14]

Historia [ editar ]

R es una implementación del lenguaje de programación S combinado con semántica de alcance léxico , inspirada en Scheme . [15] S fue creado por John Chambers en 1976 mientras trabajaba en Bell Labs . Una versión comercial de S se ofreció como S-PLUS a partir de 1988.

Gran parte del código escrito para S-PLUS se ejecuta inalterado en R. [16]

En 1991 Ross Ihaka y Robert Gentleman [17] en la Universidad de Auckland , Nueva Zelanda, comenzaron una implementación alternativa del lenguaje S básico, completamente independiente de S-PLUS . Ellos dieron a conocer este proyecto a partir de 1993. [18] En 1995, Martin Maechler convenció a Ihaka y Gentleman para que hicieran R libre y software de código abierto bajo la Licencia Pública General GNU . El R Development Core Team se creó para gestionar el desarrollo posterior de R. John Chambers se convirtió en miembro al menos en agosto de 2018 . [19]R lleva el nombre en parte de los nombres de los dos primeros autores de R y en parte como un juego con el nombre de S. [20]

El primer lanzamiento oficial se produjo en 1995. La Red Integral de Archivos R (CRAN) se anunció oficialmente el 23 de abril de 1997 con 3 réplicas y 12 paquetes contribuidos. [21] La primera versión oficial "beta estable" (v1.0) se publicó el 29 de febrero de 2000. [22] [23] [24]

Características estadísticas [ editar ]

R y sus bibliotecas implementan varias técnicas estadísticas y gráficas , que incluyen modelado lineal y no lineal , pruebas estadísticas clásicas, análisis espacial y de series de tiempo , clasificación, agrupamiento y otros. R es fácilmente extensible a través de funciones y extensiones, y la comunidad R se destaca por sus contribuciones activas en términos de paquetes. Muchas de las funciones estándar de R están escritas en R mismo, [ cita requerida ] lo que facilita a los usuarios seguir las elecciones algorítmicas realizadas. Para tareas computacionalmente intensivas, el código C , C ++ y Fortran se puedevinculado y llamado en tiempo de ejecución. Los usuarios avanzados pueden escribir código C, C ++, [25] Java , [26] .NET [27] o Python para manipular objetos R directamente. [28] R es altamente extensible mediante el uso de paquetes enviados por el usuario para funciones específicas o áreas específicas de estudio. Debido a su herencia S , R tiene instalaciones de programación orientadas a objetos más sólidas que la mayoría de los lenguajes de computación estadística. [ cita requerida ] La extensión de R también se facilita gracias a sus reglas de alcance léxico . [29]

Otro punto fuerte de R son los gráficos estáticos, que pueden producir gráficos con calidad de publicación, incluidos símbolos matemáticos. Los gráficos dinámicos e interactivos están disponibles a través de paquetes adicionales. [30]

R tiene Rd, su propio formato de documentación similar a LaTeX , que se utiliza para proporcionar documentación completa, tanto en línea en varios formatos como en papel. [31]

Funciones de programación [ editar ]

R es un idioma interpretado ; los usuarios suelen acceder a él a través de un intérprete de línea de comandos . Si un usuario escribe 2+2en el símbolo del sistema R y presiona Intro, la computadora responde con 4, como se muestra a continuación:

> 2  +  2 [1] 4

Este cálculo se interpreta como la suma de dos vectores de un solo elemento, lo que da como resultado un vector de un solo elemento. El prefijo [1]indica que la lista de elementos que le siguen en la misma línea comienza con el primer elemento del vector (una característica que es útil cuando la salida se extiende sobre varias líneas).

Al igual que otros lenguajes similares como APL y MATLAB , R admite aritmética matricial . Las estructuras de datos de R incluyen vectores , matrices , matrices, marcos de datos (similares a las tablas en una base de datos relacional ) y listas . [32] Las matrices se almacenan en orden de columna principal . [33] El sistema de objetos extensibles de R incluye objetos para (entre otros): modelos de regresión , series de tiempo y coordenadas geoespaciales . El tipo de datos escalares nunca fue una estructura de datos de R. [34]En cambio, un escalar se representa como un vector de longitud uno. [35]

Muchas características de R se derivan de Scheme . R usa expresiones S para representar tanto datos como código. [ cita requerida ] Las funciones son de primera clase y se pueden manipular de la misma manera que los objetos de datos, lo que facilita la metaprogramación y permite el envío múltiple . Las variables en R tienen un alcance léxico y se escriben dinámicamente . Los argumentos de la función se pasan por valor y son perezosos , es decir, solo se evalúan cuando se usan, no cuando se llama a la función. [36]

R admite la programación procedimental con funciones y, para algunas funciones, la programación orientada a objetos con funciones genéricas . Una función genérica actúa de manera diferente dependiendo de las clases de argumentos que se le pasen. En otras palabras, la función genérica distribuye la función ( método ) específico para esa clase de objeto . Por ejemplo, R tiene una función genérica print que puede imprimir casi todas las clases de objetos en R con una print(objectname)sintaxis simple . [37]

Aunque se utiliza principalmente por estadísticos y otros profesionales que requieren un entorno para el cálculo estadístico y el desarrollo de software, R también puede funcionar como una caja de herramientas de cálculo de matriz general , con puntos de referencia de rendimiento comparables a GNU Octave o MATLAB . [38]

Paquetes [ editar ]

Las capacidades de R se amplían a través de paquetes creados por el usuario , que permiten técnicas estadísticas especializadas, dispositivos gráficos, capacidades de importación / exportación, herramientas de informes ( Rmarkdown , knitr , Sweave ), etc. Estos paquetes se desarrollan principalmente en R y, a veces, en Java. , C , C ++ y Fortran . [ cita requerida ] El sistema de empaquetado R también es utilizado por investigadores para crear compendios para organizar datos de investigación, codificar y reportar archivos de una manera sistemática para compartir y archivar públicamente. [39]

Se incluye un conjunto básico de paquetes con la instalación de R, con más de 15.000 paquetes adicionales (a septiembre de 2018 ) disponibles en Comprehensive R Archive Network (CRAN), [40] Bioconductor , Omegahat, [41] GitHub y otros repositorios. [42]

La página "Vistas de tareas" (lista de temas) del sitio web del CRAN [43] enumera una amplia gama de tareas (en campos como finanzas, genética, informática de alto rendimiento, aprendizaje automático, imágenes médicas, ciencias sociales y estadística espacial) a las que Se ha aplicado R y para qué paquetes están disponibles. La FDA también ha identificado a R como adecuado para interpretar datos de investigación clínica. [44]

Otros recursos de paquetes R incluyen Crantastic, [45] un sitio comunitario para calificar y revisar todos los paquetes CRAN, y R-Forge, [46] una plataforma central para el desarrollo colaborativo de paquetes R, software relacionado con R y proyectos. R-Forge también aloja muchos paquetes beta no publicados y versiones de desarrollo de paquetes CRAN. Microsoft mantiene una instantánea diaria de CRAN, que se remonta al 17 de septiembre de 2014. [47]

El proyecto Bioconductor proporciona paquetes R para el análisis de datos genómicos. Esto incluye herramientas de análisis y manejo de datos orientadas a objetos para datos de Affymetrix , microarrays de ADNc y métodos de secuenciación de alto rendimiento de próxima generación . [48]

Un grupo de paquetes llamado Tidyverse , que puede considerarse un "dialecto del lenguaje R", es cada vez más popular en el ecosistema R. [nota 1] El grupo de paquetes se esfuerza por proporcionar una colección coherente de funciones para hacer frente a tareas comunes de ciencia de datos, incluida la importación, limpieza, transformación y visualización de datos (especialmente con el paquete ggplot2 ).

R es uno de los 5 lenguajes con una API de Apache Spark , los otros son Scala , Java , Python y SQL . [49] [50]

Hitos [ editar ]

Se mantiene una lista de cambios en las versiones de R en varios archivos de "noticias" en CRAN. [51] A continuación se enumeran algunos aspectos destacados de varios lanzamientos importantes.

Interfaces [ editar ]

Hay varias aplicaciones que se pueden usar para editar o ejecutar código R. [59]

Aunque históricamente los usuarios prefieren ejecutar R a través de la consola de línea de comandos [60] , también se puede ejecutar usando un IDE . Los IDE para R incluyen (en orden alfabético) Rattle GUI , R Commander , RKWard , RStudio y Tinn-R. [60] R también es compatible con IDE multipropósito como Eclipse a través del complemento StatET, [61] y Visual Studio a través de R Tools para Visual Studio . [62]

Los editores que admiten R incluyen Emacs , Vim (complemento Nvim-R [63] ), Kate , [64] LyX , [65] Notepad ++ , [66] Visual Studio Code , WinEdt , [67] y Tinn-R. [68] Jupyter Notebook también se puede configurar para editar y ejecutar código R. [69]

La funcionalidad de R es accesible desde varios lenguajes de programación como Python , [70] Perl , [71] Ruby , [72] F # , [73] y Julia . [74] También están disponibles interfaces para otros lenguajes de programación de alto nivel, como Java [75] y .NET C # [76] [77] .

Implementaciones [ editar ]

La implementación principal de R está escrita en R, C y Fortran, [78] y hay varias otras implementaciones destinadas a mejorar la velocidad o aumentar la extensibilidad. Una implementación estrechamente relacionada es pqR (R bastante rápida) de Radford M. Neal con administración de memoria mejorada y soporte para multiproceso automático. Renjin y FastR son implementaciones Java de R para su uso en una máquina virtual Java. CXXR, rho y Riposte [79] son implementaciones de R en C ++ . Renjin, Riposte y pqR intentan mejorar el rendimiento mediante el uso de múltiples núcleos de procesador y alguna forma de evaluación diferida. [80] La mayoría de estas implementaciones alternativas son experimentales e incompletas, con relativamente pocos usuarios, en comparación con la implementación principal mantenida por R Development Core Team.

TIBCO construyó un motor de tiempo de ejecución llamado TERR, que es parte de Spotfire. [81]

Microsoft R Open es una distribución R totalmente compatible con modificaciones para cálculos multiproceso. [82]

Comunidades [ editar ]

R tiene comunidades locales en todo el mundo para que los usuarios se relacionen, compartan ideas y aprendan. [83] [84]

Hay un número creciente de eventos de R que reúnen a sus usuarios, como conferencias (por ejemplo, useR!, WhyR ?, conectaR, SatRdays), [85] [86] meetups, [87] así como grupos de R-Ladies [88] que promueven la diversidad de género y el grupo de trabajo de la Fundación R sobre mujeres y otros grupos subrepresentados. [89]

¡usuario! conferencias [ editar ]

La reunión anual oficial de usuarios de R se llama "useR!". [90] El primer evento de este tipo fue useR! 2004 en mayo de 2004, Viena , Austria. [91] Después de omitir 2005, el usuario! La conferencia se ha celebrado anualmente, generalmente alternando entre ubicaciones en Europa y América del Norte. [92] Las conferencias posteriores incluyeron: [90]

  • ¡usuario! 2006, Viena, Austria
  • ¡usuario! 2007, Ames, Iowa, EE. UU.
  • ¡usuario! 2008, Dortmund, Alemania
  • ¡usuario! 2009, Rennes, Francia
  • ¡usuario! 2010, Gaithersburg, Maryland, Estados Unidos
  • ¡usuario! 2011, Coventry, Reino Unido
  • ¡usuario! 2012, Nashville, Tennessee, EE. UU.
  • ¡usuario! 2013, Albacete, España
  • ¡usuario! 2014, Los Ángeles, California, EE. UU.
  • ¡usuario! 2015, Aalborg, Dinamarca
  • ¡usuario! 2016, Stanford, California, Estados Unidos
  • ¡usuario! 2017, Bruselas, Bélgica
  • ¡usuario! 2018, Brisbane, Australia
  • ¡usuario! 2019, Toulouse, Francia
  • ¡usuario! 2020, St. Louis, Missouri, EE. UU. (Se llevó a cabo en línea debido a la pandemia de COVID-19)

Las conferencias futuras previstas son las siguientes: [90] [93]

  • ¡usuario! 2021, Zúrich, Suiza

The R Journal [ editar ]

The R Journal es larevista de acceso abierto y arbitrada del proyecto R para la computación estadística. Presenta artículos de corta a mediana extensión sobre el uso y desarrollo de R, incluidos paquetes, sugerencias de programación, noticias sobre CRAN y noticias fundamentales.

Comparación con SAS, SPSS y Stata [ editar ]

R es comparable a paquetes estadísticos comerciales populares como SAS , SPSS y Stata , pero R está disponible para los usuarios sin cargo bajo una licencia de software libre . [94]

En enero de 2009, el New York Times publicó un artículo que trazaba el crecimiento de R, las razones de su popularidad entre los científicos de datos y la amenaza que representa para los paquetes estadísticos comerciales como SAS. [95] En junio de 2017, el científico de datos Robert Muenchen publicó una comparación más profunda entre R y otros paquetes de software, "La popularidad del software de ciencia de datos". [96]

R está más orientado al código de procedimiento que SAS o SPSS, los cuales hacen un uso intensivo de procedimientos preprogramados (llamados "procs") que están integrados en el entorno del lenguaje y personalizados por parámetros de cada llamada. R generalmente procesa datos en memoria, lo que limita su utilidad para procesar archivos extremadamente grandes. [97]

Soporte comercial para R [ editar ]

Aunque R es un proyecto de código abierto apoyado por la comunidad que lo desarrolla, algunas empresas se esfuerzan por brindar soporte comercial y / o extensiones para sus clientes. Esta sección ofrece algunos ejemplos de este tipo de empresas.

En 2007, Richard Schultz, Martin Schultz, Steve Weston y Kirk Mettler fundaron Revolution Analytics para proporcionar soporte comercial para Revolution R, su distribución de R, que también incluye componentes desarrollados por la empresa. Los principales componentes adicionales incluyen: ParallelR, R Productivity Environment IDE, RevoScaleR (para análisis de big data ), RevoDeployR, marco de servicios web y la capacidad de leer y escribir datos en el formato de archivo SAS. [98] Revolution Analytics también ofrece una distribución de R diseñada para cumplir con los criterios IQ / OQ / PQ establecidos que permiten a los clientes del sector farmacéutico validar su instalación de REvolution R. [99] En 2015, Microsoft Corporationcompletó la adquisición de Revolution Analytics. [100] y desde entonces ha integrado el lenguaje de programación R en SQL Server 2016, SQL Server 2017, SQL Server 2019, Power BI, Azure SQL Managed Instance, Azure Cortana Intelligence, Microsoft ML Server y Visual Studio 2017 . [101]

En octubre de 2011, Oracle anunció Big Data Appliance , que integra R, Apache Hadoop , Oracle Linux y una base de datos NoSQL con hardware Exadata . [102] A partir de 2012 , Oracle R Enterprise [103] se convirtió en uno de los dos componentes de la "Opción de análisis avanzado de Oracle" [104] (junto con Oracle Data Mining ). [ cita requerida ]

IBM ofrece soporte para la ejecución de R en Hadoop , [105] y proporciona un modelo de programación para análisis en bases de datos masivamente paralelos en R. [106]

Tibco ofrece una versión R en tiempo de ejecución como parte de Spotfire . [107]

Mango Solutions ofrece un paquete de validación para R, ValidR, [108] [109] para que cumpla con las agencias de aprobación de medicamentos, como la FDA. Estas agencias permiten el uso de cualquier software estadístico en las presentaciones, si solo el software está validado, ya sea por el proveedor o el patrocinador. [110]

Ejemplos [ editar ]

Sintaxis básica [ editar ]

Los siguientes ejemplos ilustran la sintaxis básica del lenguaje y el uso de la interfaz de línea de comandos. (Se puede encontrar una lista ampliada de características de lenguaje estándar en el manual de R, "Introducción a R". [111] )

En R, el operador de asignación generalmente preferido es una flecha formada por dos caracteres <-, aunque =se puede usar en algunos casos. [112] [113]

> x  <-  1 : 6  # Crea un vector numérico en el entorno actual > y  <-  x ^ 2  # Crea un vector basado en los valores en x. > print ( y )  # Imprime el contenido del vector. [1] 1 4 9 16 25 36> z  <-  x  +  y  # Crea un nuevo vector que es la suma de xey > z  # devuelve el contenido de z al entorno actual. [1] 2 6 12 20 30 42> z_matrix  <-  matrix ( z ,  nrow = 3 )  # Crea una nueva matriz que convierta el vector z en un objeto de matriz 3x2 > z_matrix   [, 1] [, 2] [1,] 2 20 [2,] 6 30 [ 3,] 12 42> 2 * t ( z_matrix ) -2  # Transponer la matriz, multiplicar cada elemento por 2, restar 2 de cada elemento de la matriz y devolver los resultados al terminal.  [, 1] [, 2] [, 3] [1,] 2 10 22 [2,] 38 58 82> new_df  <-  data.frame ( t ( z_matrix ),  row.names = c ( 'A' , 'B' ))  # Crea un nuevo objeto data.frame que contiene los datos de una z_matrix transpuesta, con los nombres de fila 'A 'y' B ' > nombres ( new_df )  <-  c ( ' X ' , ' Y ' , ' Z ' )  # establece los nombres de columna de new_df como X, Y y Z. > print ( new_df )  #imprime el actual resultados.  XYZ A 2 6 12B 20 30 42> new_df $ Z  #salida de la columna Z [1] 12 42> new_df $ Z == new_df [ 'Z' ]  &&  new_df [ 3 ] == new_df $ Z  # Se puede acceder a la columna Z de data.frame usando la sintaxis $ Z, ['Z'] o [3], y los valores son los mismos. [1] VERDADERO> atributos ( new_df )  #print atributos información sobre el objeto new_df $ nombres [1] "X" "Y" "Z"$ row.names [1] "A" "B"$ class [1] "data.frame"> atributos ( new_df ) $ fila.nombres  <-  c ( 'uno' , 'dos' )  ## acceda y luego cambie el atributo fila.nombres; también se puede hacer usando nombres de fila () > new_df  XYZ uno 2 6 12 dos 20 30 42

Estructura de una función [ editar ]

Uno de los puntos fuertes de R es la facilidad para crear nuevas funciones. Los objetos en el cuerpo de la función permanecen locales a la función y se puede devolver cualquier tipo de datos. [114] Aquí hay un ejemplo de función creada por el usuario:

# Declare la función "f" con los parámetros "x", "y" # que devuelve una combinación lineal de x e y. f  <-  function ( x ,  y )  {  z  <-  3  *  x  +  4  *  y  return ( z )  ## la función return () es opcional aquí }
> f ( 1 ,  2 ) [1] 11> f ( c ( 1 , 2 , 3 ),  c ( 5 , 3 , 4 )) [1] 23 18 25> f ( 1 : 3 ,  4 ) [1] 19 22 25

Modelado y trazado [ editar ]

El lenguaje R tiene soporte integrado para modelado de datos y gráficos. El siguiente ejemplo muestra cómo R puede generar y trazar fácilmente un modelo lineal con residuos.

> x  <-  1 : 6  # Crea valores xey > y  <-  x ^ 2  > modelo  <-  lm ( y  ~  x )  # Modelo de regresión lineal y = A + B * x. > resumen ( modelo )  # Muestra un resumen detallado del modelo.Llamar: lm (fórmula = y ~ x)Residuos:  1 2 3 4 5 6 3.3333 -0.6667 -2.6667 -2.6667 -0.6667 3.3333Coeficientes:  Estimate Std. Valor t de error Pr (> | t |) (Intercepción) -9.3333 2.8441 -3.282 0.030453 * x 7.0000 0.7303 9.585 0.000662 *** --- Signif. códigos: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0,1 pulg. 1Error estándar residual: 3,055 en 4 grados de libertad Múltiple R cuadrado: 0,9583, R cuadrado ajustado: 0,9478 Estadístico F : 91,88 en 1 y 4 DF, valor p: 0,000662> par ( mfrow  =  c ( 2 ,  2 ))  # Cree un diseño de 2 por 2 para las figuras. > plot ( modelo )  # Gráficos de diagnóstico de salida del modelo.

Conjunto de Mandelbrot [ editar ]

Código R corto que calcula el conjunto de Mandelbrot a través de las primeras 20 iteraciones de la ecuación z = z 2 + c graficadas para diferentes constantes complejas c . Este ejemplo demuestra:

  • uso de bibliotecas externas desarrolladas por la comunidad (llamadas paquetes), en este caso el paquete caTools
  • manejo de números complejos
  • matrices multidimensionales de los números utilizados como tipo de datos básico, ver las variables C, Zy X.
install.packages ( "caTools" )  # instalar biblioteca de paquetes externos ( caTools )  # paquete externo que proporciona la función write.gif jet.colors  <-  colorRampPalette ( c ( "red" ,  "blue" ,  "# 007FFF" ,  "cyan" ,  "# 7FFF7F" ,  "amarillo" ,  "# FF7F00" ,  "rojo" ,  "# 7F0000" )) dx  <-  1500  # definir ancho dy  <-  1400  # define altura C  <- complex ( real  =  rep ( seq ( -2.2 ,  1.0 ,  length.out  =  dx ),  each  =  dy ),  imag  =  rep ( seq ( -1.2 ,  1.2 ,  length.out  =  dy ),  dx )) C  <-  matriz ( C ,  dy ,  dx )  # remodelar como matriz cuadrada de números complejos Z  <-  0  # inicializar Z a ceroX  <-  array ( 0 ,  c ( dy ,  dx ,  20 ))  de salida # initialize array 3D para ( k  en  1 : 20 )  {  # bucle con 20 iteraciones  Z  <-  Z ^ 2  +  C  # la ecuación de diferencia central  X [ ,  ,  k ]  <-  exp ( - abs ( Z ))  # captura resultados } write.gif ( X , "Mandelbrot.gif" ,  col  =  jet.colors ,  delay  =  100 )

Ver también [ editar ]

  • Lenguaje de programación S
  • Paquete R
  • Comparación de software de análisis numérico
  • Comparación de paquetes estadísticos
  • Lista de software de análisis numérico
  • Lista de software estadístico
  • Rmetrics
  • RStudio
  • Comprobación de estado
  • Tidyverse

Notas [ editar ]

  1. ^ A partir del 13 de junio de 2020, Metacran enumeró 7 de los 8 paquetes principales de Tidyverse en la lista de la mayoría de los paquetes R de descarga.

Referencias [ editar ]

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Enlaces externos [ editar ]

  • Web oficial del proyecto R