Los sitios de restricción , o sitios de reconocimiento de restricción , están ubicados en una molécula de ADN que contiene secuencias de nucleótidos específicas (4-8 pares de bases de longitud [1] ) , que son reconocidas por enzimas de restricción . Estas son generalmente secuencias palindrómicas [2] (porque las enzimas de restricción generalmente se unen como homodímeros ), y una enzima de restricción particular puede cortar la secuencia entre dos nucleótidos dentro de su sitio de reconocimiento, o en algún lugar cercano.
Función
Por ejemplo, la enzima de restricción común EcoRI reconoce la secuencia palindrómica GAATTC y corta entre la G y la A en las hebras superior e inferior. Esto deja un saliente (una porción final de una hebra de ADN sin complemento adjunto) conocido como un extremo pegajoso [2] en cada extremo de AATT. El saliente se puede usar para ligar (ver ADN ligasa ) una pieza de ADN con un saliente complementario (otra pieza cortada con EcoRI, por ejemplo).
Algunas enzimas de restricción cortan el ADN en un sitio de restricción de una manera que no deja un saliente, llamado extremo romo. [2] Es mucho menos probable que los extremos romos se liguen con una ligasa de ADN porque el extremo romo no tiene el par de bases sobresalientes que la enzima puede reconocer y emparejar con un par complementario. [3] Sin embargo, es más probable que los extremos pegajosos del ADN se unan con éxito con la ayuda de una ligasa de ADN debido a los nucleótidos expuestos y no apareados. Por ejemplo, es más probable que un extremo pegajoso que sigue AATTG se una a una ligasa que un extremo romo en el que se emparejan las cadenas de ADN 5 'y 3'. En el caso del ejemplo, el AATTG tendría un par complementario de TTAAC que reduciría la funcionalidad de la enzima ADN ligasa. [4]
Aplicaciones
Los sitios de restricción se pueden utilizar para múltiples aplicaciones en biología molecular, como la identificación de polimorfismos de longitud de fragmentos de restricción ( RFLP ).
Bases de datos
Existen varias bases de datos para sitios de restricción y enzimas, de las cuales la base de datos no comercial más grande es REBASE. [5] [6] Recientemente, se ha demostrado que nulómeros estadísticamente significativos (es decir, motivos cortos ausentes que se espera que existan) en los genomas del virus son sitios de restricción que indican que los virus probablemente se han deshecho de estos motivos para facilitar la invasión de huéspedes bacterianos . [7] La base de datos de Nullomers contiene un catálogo completo de motivos mínimos ausentes, muchos de los cuales podrían ser motivos de restricción aún no conocidos.
Ver también
Referencias
- ^ Russell, Peter J. (2006). iGenetics: un enfoque mendeliano . Benjamin Cummings. ISBN 978-0805346664.
- ^ a b c Lehninger, Albert L .; Nelson, David L .; Cox, Michael M. (2008). Principios de bioquímica (5ª ed.). Nueva York, NY: WH Freeman and Company. pag. 305-306 . ISBN 978-0-7167-7108-1.
- ^ Mousavi-Khattat, Mohammad; Rafati, Adele; Gill, Pooria (5 de febrero de 2015). "Fabricación de nanotubos de ADN utilizando nanoestructuras basadas en origami con extremos pegajosos" . Revista de nanoestructura en química . 5 (2): 177–183. doi : 10.1007 / s40097-015-0148-z .
- ^ Gao, Song; Zhang, Jiannan; Miao, Tianjin; Ma, Di; Su, Ying; An, Yingfeng; Zhang, Qingrui (28 de marzo de 2015). "Un método de ligadura simple y conveniente Sticky / Blunt-End para la construcción de genes de fusión". Genética bioquímica . 53 (1-3): 42-48. doi : 10.1007 / s10528-015-9669-x . PMID 25820211 .
- ^ Roberts, Richard J .; Vincze, Tamas; Posfai, Janos; Macelis, Dana (21 de octubre de 2009). "REBASE: una base de datos para la restricción y modificación del ADN: enzimas, genes y genomas" . Investigación de ácidos nucleicos . 38 (supl_1): D234 – D236. doi : 10.1093 / nar / gkp874 . ISSN 0305-1048 . PMC 2808884 . PMID 19846593 .
- ^ Roberts, Richard J .; Vincze, Tamas; Posfai, Janos; Macelis, Dana (5 de noviembre de 2014). "REBASE: una base de datos para la restricción y modificación del ADN: enzimas, genes y genomas" . Investigación de ácidos nucleicos . 43 (D1): D298 – D299. doi : 10.1093 / nar / gku1046 . ISSN 1362-4962 . PMC 4383893 . PMID 25378308 .
- ^ Koulouras, Grigorios; Frith, Martin C (6 de abril de 2021). "No existencia significativa de secuencias en genomas y proteomas" . Investigación de ácidos nucleicos . 49 (6): 3139–3155. doi : 10.1093 / nar / gkab139 . ISSN 0305-1048 .