William era el único hijo de Reginaldo II, conde de Borgoña y sobrino del papa Calixto II a través de su padre, mientras que su madre, la condesa Régine de Oltingen, era hija de Conon, conde de Oltingen , Bale en Suiza-Alemania .
A la muerte de Reginald en 1095 durante la Primera Cruzada a la edad de 41 años, lo sucedió junto con su tío Stephen como conde de Borgoña y conde de Mâcon . Guillermo II murió en 1125, víctima de un complot contra él por parte de sus barones. Se casó con Agnes, la hija de Berthold II de Zahringen y tuvo a William III , quien fue asesinado en la infancia en 1127 y el hijo de Stephen I, Renaud , fue nombrado conde.