El Banco Mundial de Datos de Proteínas , wwPDB, es una organización que mantiene el archivo de la estructura macromolecular . Su misión es mantener un único archivo de banco de datos de proteínas de datos estructurales macromoleculares que esté disponible de forma gratuita y pública para la comunidad global. [1] [2]
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Descripción | |
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Formato de datos | mmCIF , PDB |
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La organización tiene cuatro miembros: [3]
- Colaborador de investigación para la base de datos de proteínas de bioinformática estructural (RCSB PDB)
- Banco de datos de proteínas en Europa (PDBe)
- Banco de datos de proteínas de Japón (PDBj)
- Banco de datos de resonancia magnética biológica (BMRB)
La wwPDB fue fundada en 2003 por RCSB PDB (EE. UU.), PDBe (Europa) y PDBj (Japón). En 2006 BMRB (EE. UU.) Se unió a la wwPDB.
El sitio de cada miembro puede aceptar datos estructurales y procesar los datos. Los datos procesados se envían al "encargado del archivo". El RCSB PDB actúa actualmente como el "guardián del archivo". Esto asegura que solo haya una versión de los datos que sea idéntica para todos los usuarios. La base de datos modificada se pone a disposición de los demás miembros de wwPDB, cada uno de los cuales pone a disposición del público los archivos de estructura resultante a través de sus sitios web. (Se accede a los datos desde el sitio web de wwPDB solo a través de enlaces a los sitios web de los miembros). Los sitios de los miembros son más que simples espejos del encargado del archivo, porque los miembros ofrecen diferentes herramientas en sus sitios web para analizar las estructuras en la base de datos.
Logros (tomado de los informes anuales de wwPDB )
- 2008 La wwPDB ahora requiere que, además de las coordenadas atómicas, las amplitudes e intensidades de los factores de estructura (para deposiciones de estructuras cristalinas) y las restricciones de RMN (para deposiciones de estructuras de RMN) se deban depositar como requisito previo para recibir una ID de PDB.
- 2007 Implementación de un AP remediado. La remediación incluyó cambiar la nomenclatura para cumplir con los estándares de la IUPAC. [4]
Ver también
Referencias
- ^ Banco mundial de datos de proteínas. URL: http://www.wwpdb.org . Consultado el 22 de abril de 2009.
- ^ Berman H, Henrick K, Nakamura H (diciembre de 2003). "Anuncio del banco de datos de proteínas en todo el mundo" . Nat. Struct. Biol . 10 (12): 980. doi : 10.1038 / nsb1203-980 . PMID 14634627 .
- ^ H., Berman; Henrick, K .; Nakamura, H .; Markley, JL (enero de 2007). "El banco mundial de datos de proteínas (wwPDB): garantizar un archivo único y uniforme de datos de PDB" . Ácidos nucleicos Res . 35 (Problema de la base de datos): D301 – D303. doi : 10.1093 / nar / gkl971 . PMC 1669775 . PMID 17142228 .
- ^ H., Berman; et al. (Enero de 2008). "Remediación del archivo del banco de datos de proteínas" . Ácidos nucleicos Res . 36 (Problema de la base de datos): D426 – D433. doi : 10.1093 / nar / gkm937 . PMC 2238854 . PMID 18073189 .
enlaces externos
- Página web oficial
- Organizaciones miembros