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ZFIN
Contenido
DescripciónBase de datos de organismos modelo de pez cebra.
OrganismosPez cebra
Contacto
Centro de InvestigaciónUniversidad de Oregon
Cita primariaBradford y col. (2011) [1]
Fecha de lanzamiento2010
Acceso
Sitio webhttp://zfin.org

La Red de Información de pez cebra ( ZFIN ) es una línea base de datos biológicos de información sobre el pez cebra ( Danio rerio ). El pez cebra es un organismo modelo ampliamente utilizado para estudios genéticos , genómicos y de desarrollo , y ZFIN proporciona una interfaz integrada para consultar y mostrar el gran volumen de datos generados por esta investigación. [2] Para facilitar el uso del pez cebra como modelo de biología humana , ZFIN vincula estos datos con la información correspondiente sobre otros organismos modelo (p. Ej., Ratón ) y con bases de datos de enfermedades humanas.[3] Se incluyenabundantes enlaces abases de datos de secuencias externas(por ejemplo, GenBank ) ya navegadores de genoma. Los datos del producto génico, la expresión génica y el fenotipo se anotan con términos de ontologías biomédicas. ZFIN tiene su sede en la Universidad de Oregon en los Estados Unidos, con fondos proporcionados por los Institutos Nacionales de Salud (NIH).

Contenido

ZFIN consta de dos partes principales:

  1. un sitio web de noticias y anuncios de la comunidad, así como recursos biológicos como protocolos de laboratorio, una guía de nomenclatura genética e información sobre anatomía
  2. una base de datos relacional que contiene datos biológicos que se curada de la literatura científica, y que son enviados directamente por laboratorios de investigación de pez cebra (por ejemplo, análisis de alto rendimiento de la expresión génica Thisse [4] ).

La información en ZFIN está estrechamente vinculada a los recursos web del Zebrafish International Resource Center ( ZIRC ), el China Zebrafish Resource Center ( CZRC ), etc., que mantienen y proporcionan recursos, materiales y servicios de investigación relacionados con el pez cebra.

La interfaz de base de datos relacional de ZFIN proporciona formularios de consulta y páginas de visualización para los siguientes tipos de datos biológicos:

  • Genes, marcadores y clones
  • La expresion genica
  • Anticuerpos
  • Alineaciones de secuencia ( BLAST )
  • Mutantes y líneas transgénicas
  • Anatomía
  • Mapas genéticos

ZFIN también mantiene una base de datos de publicaciones, laboratorios, personas y empresas relacionadas con el pez cebra.

Además de sus interfaces de búsqueda especializadas, ZFIN ofrece una búsqueda de sitios global similar a la de Google .

El wiki de la comunidad de ZFIN brinda a los investigadores de peces cebra la capacidad de compartir información sobre anticuerpos y protocolos de laboratorio.

Notas y referencias

  1. ^ Bradford, Yvonne; Conlin, Tom; Dunn, Nathan; Fashena, David; Frazer, Ken; Howe, Douglas G; Knight, Jonathan; Mani, Prita; Martin, Ryan; Moxon, Sierra AT; Paddock, Holly; Pich, Christian; Ramachandran, Sridhar; Ruef, Barbara J; Ruzicka, Leyla; Bauer Schaper, Holle; Schaper, Kevin; Shao, Xiang; Cantante, Amy; Sprague, Judy; Sprunger, Brock; Van Slyke, Ceri; Westerfield, Monte (enero de 2011). "ZFIN: mejoras y actualizaciones de la base de datos de organismos modelo de pez cebra" . Ácidos nucleicos Res . Inglaterra. 39 (Problema de la base de datos): D822-9. doi : 10.1093 / nar / gkq1077 . PMC  3013679 . PMID  21036866 .
  2. ^ Sprague y col. (2008). La red de información del pez cebra: la base de datos de organismos modelo del pez cebra proporciona un soporte ampliado para los genotipos y fenotipos. Ácidos nucleicos Res 36: D768.
  3. ^ El proyecto de base de datos de pez cebra
  4. ^ B. Thisse y C. Thisse (2004). "Clones de liberación rápida: un análisis de expresión de alto rendimiento" . Envío directo de datos de ZFIN (no publicado).CS1 maint: uses authors parameter (link)

Enlaces externos

Ver también

  • Wormbase
  • Flybase
  • Xenbase