El Torneo de hockey sobre hielo masculino de la División III de la NCAA de 1988 fue la culminación de la temporada 1987–88 , el quinto torneo de este tipo en la historia de la NCAA . Concluyó con Wisconsin-River Falls derrotando a Elmira en la serie de campeonato 3-0 en el minijuego decisivo. Todos los enfrentamientos de cuartos de final se llevaron a cabo en las sedes del equipo local, mientras que todos los juegos posteriores se jugaron en Elmira, Nueva York .
La NCAA dejó de nombrar un equipo de todos los torneos a partir de este torneo. El equipo de todo el torneo sería premiado en 2009 . Además, no se otorgó el Jugador Más Destacado del Torneo, pero se otorgaría la temporada siguiente.
Los siguientes equipos clasificaron para el torneo. No hubo ofertas automáticas, sin embargo, los campeones del torneo de la conferencia recibieron una consideración preferencial. No se utilizó una distribución formal, mientras que los partidos de cuartos y semifinales se organizaron para que los equipos visitantes tuvieran las distancias de viaje más cortas posibles. Debido a que la serie de semifinales se jugó en las sedes de los equipos locales, la NCAA eligió seleccionar una cantidad igual de equipos del este y del oeste.
El torneo contó con tres rondas de juego. A partir de 1988, cada ronda del torneo consistía en una serie de dos juegos con un minijuego de 20 minutos que se usaba para determinar un ganador. Las puntuaciones de los minijuegos están en cursiva . Además, en 1988, se suspendió el juego por el tercer lugar. Los equipos se sembraron de acuerdo con la proximidad geográfica en los cuartos de final para que el equipo visitante tuviera la distancia más corta posible para viajar.