El Torneo de Baloncesto Masculino de la División II de la NCAA de 1988 involucró a 32 escuelas que jugaban en un torneo de eliminación simple para determinar el campeón nacional de baloncesto universitario de la División II de la NCAA como culminación de la temporada de baloncesto de la División II de la NCAA de 1987–88. Fue ganado por la Universidad de Lowell (ahora la Universidad de Massachusetts Lowell ), y Leo Parent de Lowell fue el jugador más destacado.