El Torneo de Baloncesto Masculino de la División II de la NCAA de 1989 involucró a 32 escuelas que jugaban en un torneo de eliminación simple para determinar el campeón nacional de baloncesto universitario de la División II de la NCAA como culminación de la temporada de baloncesto de la División II de la NCAA de 1988–89. Fue ganado por la Universidad Central de Carolina del Norte, y Miles Clark de Carolina del Norte fue nombrado el Jugador Más Destacado.
Este fue el primer torneo masculino de la División II en adoptar el formato actual de Elite Eight, en el que los ocho ganadores regionales avanzan al sitio del campeonato.