El Torneo de Baloncesto Femenino de la División II de la NCAA de 2003 involucró a 64 equipos que jugaban en un torneo de eliminación simple para determinar el campeón nacional de baloncesto universitario femenino de la División II de la NCAA. Comenzó el 14 de marzo de 2003 y concluyó con el juego de campeonato el 29 de marzo de 2003.
Las primeras tres rondas fueron organizadas por los mejores sembrados en el juego regional. Los ocho ganadores regionales se enfrentaron para los cuartos de final y las semifinales, más conocidos como "Elite Eight" y "Final Four" respectivamente, y el juego del Campeonato Nacional en el St. Joseph Civic Arena en St. Joseph, MO .