La Liga de Fútbol Profesional Boliviano 2005-06 fue la primera liga de fútbol boliviana en utilizar el formato de calendario europeo. Sin embargo, se cambió rápidamente después de problemas con el descenso que ocurrieron a mitad de temporada en lugar de al final.
Torneo Apertura
La primera parte de la temporada se dividió en dos grupos. Los tres primeros de cada grupo avanzaron a una fase de grupos final conocida como la Final Hexagonal.
Debido a problemas con la segunda división y al cambio al formato de la temporada europea, se realizó un descenso a mitad de temporada entre el Apertura y el Clausura. La Universidad Iberoamericana fue relegada y Destroyers jugó un desempate de descenso de ascenso contra Guabirá . Universitario fue ascendido al Torneo Clausura.
Actualizado para los partidos jugados en 2006. Fuente: [ cita requerida ] Reglas de clasificación: 1) puntos; 2) diferencia de goles; 3) número de goles marcados.