El campeón defensor Rafael Nadal defendió con éxito su título, derrotando a Roger Federer en la final, 1–6, 6–1, 6–4, 7–6 (7–4) , para ganar el título de tenis individual masculino en el Abierto de Francia de 2006. Fue el segundo título del Abierto de Francia de Nadal y el segundo título importante en general. Fue el primero de tres años consecutivos en que Nadal y Federer disputarían la final del Abierto de Francia. Esto marcó la primera derrota de Federer en una gran final; tuvo la oportunidad de convertirse en el primer hombre desde Rod Laver en 1969 en tener los cuatro títulos principales a la vez, habiendo ganado el Wimbledon anterior , el Abierto de EE . UU. y el Abierto de Australia .títulos Esta hazaña finalmente la lograría una década después Novak Djokovic , en el mismo torneo, quien aquí alcanzó los cuartos de final en un major por primera vez.
El torneo marcó la primera aparición de Juan Martín del Potro en un gran cuadro principal. También vio el primer partido disputado entre Djokovic y Nadal , quienes jugarían un récord de Era Abierta de 58 partidos entre sí.