El Clasificatorio para el Campeonato Europeo Masculino de Waterpolo de 2006 se dividió en tres torneos para determinar los últimos seis equipos que compitieron para el Campeonato Europeo Masculino de Waterpolo de 2006 , que se llevó a cabo del 1 al 10 de septiembre de 2006 en Belgrado, Serbia .
El Grupo A (Francia, Eslovenia, Eslovaquia y Malta) jugó un round robin en Kranj , Eslovenia , mientras que el Grupo B (Grecia, Países Bajos, Polonia y Moldavia) compitió en Eindhoven , Países Bajos . El Grupo C se disputó en Imperia , Italia con Bielorrusia, Italia, Rumanía y Turquía. Los tres eventos se llevaron a cabo del 7 al 9 de abril de 2006.