El Campeonato de fútbol masculino de la División II de la NCAA de 2006 fue el 35º torneo anual realizado por la NCAA para determinar el mejor programa de fútbol universitario masculino de la División II en los Estados Unidos. Treinta y dos equipos participaron en el torneo.
Los Dowling Golden Lions derrotaron a Fort Lewis , 1-0, en el DII Championship Festival, celebrado en Pensacola , Florida . Morten Jensen anotó el único gol del partido en el minuto 38 para darle a los Golden Lions el primer título nacional de la escuela.