José Antonio Aguilar Bodegas (nacido el 28 de diciembre de 1949) es un político mexicano y miembro del Partido Revolucionario Institucional ; en la actualidad, es candidato de la Alianza por Chiapas (coalición PRI-PVEM) a gobernador de Chiapas .
José Antonio Aguilar nació en Tapachula , Chiapas . Se graduó de la Universidad del Valle de México con una licenciatura en Relaciones Industriales. También tiene una maestría en Administración Pública de la misma institución.
Fue Presidente Municipal de Tapachula, Diputado Federal en la LVII Legislatura , Diputado en el Congreso de Chiapas y Senador de la República por su estado durante la LIX Legislatura (2000-2006).
El 6 de abril de 2006, Aguilar fue nominado como candidato de su partido a la gobernación de Chiapas en las elecciones de 2006 . Según las cifras oficiales de las asambleas, celebradas el 20 de agosto, el candidato de la coalición PRD-PT-Convergencia, Juan José Sabines , obtuvo 553 mil 270 votos, mientras que el abanderado de la Alianza por Chiapas, José Antonio Aguilar, logró 546 mil 988 votos. La diferencia entre ambos contendientes fue de apenas 6 mil 282 votos, lo que representa una ventaja de solo el 0,57 por ciento de la votación.
La Alianza por Chiapas, conformada por el PRI y el PVEM y posteriormente con la adhesión de facto de los partidos PAN y PANAL, impugnó el cómputo para la elección de gobernador en 580 colegios electorales de los 24 distritos electorales. Ante esta impugnación, el Tribunal Estatal Electoral de Chiapas debe emitir su fallo a más demora el 30 de septiembre. Para que se confirmen los resultados de la elección, Aguilar ha anunciado que su partido recurrirá al Tribunal Federal Electoral (TRIFE), que deberá emitir la dictamen final e inapelable a más demora el 7 de diciembre de 2006, un día antes de la eventual toma de posesión del Gobernador de Chiapas para el período 2006-2012.