O'Connor hizo su debut en la Liga de Irlanda con el Athlone Town el 4 de marzo de 1979. Durante su etapa en St Mel's Park , fue dos veces máximo goleador de la Liga de Irlanda en 1981/82 y 1984/85. También es el máximo goleador de todos los tiempos del Athlone.
O'Connor fichó por el Shamrock Rovers en octubre de 1985 e hizo su debut en una victoria por 3-0 sobre Bohemians el 27 de octubre. Marcó su primer gol con los Hoops el 17 de noviembre de 1985 en Home Farm. Jugó en una memorable victoria amistosa sobre el Arsenal en febrero de 1986 cuando su compañero de Athlone y excompañero de equipo Noel Larkin anotó el gol de la victoria. No jugó parte de la temporada 1986/87 debido a una fractura en la pierna. Hizo una aparición en la Copa de Europa en septiembre de 1987.
Se fue en octubre de 1987 para fichar por su hermano Turlough O'Connor en el Dundalk , donde permaneció una temporada antes de regresar al club de su ciudad natal.
Al final de la temporada 2012 de la Liga de Irlanda , O'Connor ocupa el puesto vigésimo séptimo en la lista de goleadores de todos los tiempos de la Liga de Irlanda con 117 goles en la liga [3]
En mayo de 1992, O'Connor fue nombrado director de jugadores en Athlone Town. [4] En la temporada 1993-1994 de la Primera División de la Liga de Irlanda , los guió a la promoción. [5]
Sin embargo, descendieron por penales en 1996 cuando Michael se retiró como jugador y renunció como entrenador.