St. Mary's fue fundada en 1927 por las Hermanas de la Sagrada Familia de Burdeos . Diez niñas se inscribieron en el primer año bajo la dirección de la hermana Tracey. La escuela floreció y creció a lo largo de la década de 1940 bajo la dirección de la Hermana Marie Therese Harte. Con el continuo éxito académico de la escuela, la necesidad de más alojamiento se hizo urgente y en 1954 se construyó la primera ampliación.
Septiembre de 1978 marcó un hito significativo en la historia de la escuela: 37 niños se inscribieron en St. Mary's junto con 587 niñas.
En 1984 se requirió nuevamente un nuevo alojamiento. Bajo el liderazgo de la hermana Immaculata O'Connor, directora (1977–1995), se formó Friends of St. Mary's con el propósito de recaudar fondos para financiar el programa de construcción. La extensión de £ 6 millones fue inaugurada formalmente por el cardenal Daly el 8 de diciembre de 1994. Incluye un gran pabellón de deportes, una sala de fitness, un bloque de ciencias, un bloque de tecnología: teatro de conferencias / teatro, sala de carreras, área de estudio de Sixth Form y aulas de uso general. Las canchas de tenis, césped y canchas para todo clima complementan las instalaciones deportivas cubiertas. En 2003, los administradores de la escuela completaron la última fase del programa de desarrollo cuando se abrieron el Café Bordeaux y la nueva ampliación de aulas.
La primera directora laica de la escuela, la Sra. WA O'Kane (1995–2004) fue responsable de mejorar aún más la reputación académica de la escuela y ampliar su cartera extracurricular.
Hoy, St. Mary's Grammar School tiene más de mil cien alumnos en lista, con la misma proporción de niños y niñas, y sirve a tres condados: Londonderry, Antrim y Tyrone.
Septiembre de 2004 marcó otro comienzo en la historia de la escuela con el nombramiento de su primer director varón, el Sr. DA Lambon. [1]