Fundado en 1992 como la sección de fútbol femenino de un club de fútbol homónimo, se convirtió en un club independiente tras su desaparición. En 2007 el equipo ascendió a la Superliga al vencer en los play-offs de ascenso a la SD Reocín y al CD Rayco . [1] En su primera temporada, L'Estartit finalizó en la novena posición, a un punto de clasificarse para la Copa de la Reina . En 2010 se clasificó para la copa, donde fue derrotado en primera vuelta por el Levante UD .
En 2012 L'Estartit finalizó penúltimo y descendió tras cinco años en la máxima categoría. [2] El equipo se debilitó y apenas evitó otro descenso en 2013. [3] Regresó a su forma anterior en 2014, perdiendo por poco un lugar en los playoffs de ascenso.
En 2017, justo después del descenso del club a las ligas autonómicas catalanas, L'Estartit acordó las condiciones de colaboración con el club masculino UE Llagostera . [4]
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