La Copa de Escocia de 1888–89 fue la decimosexta temporada de la competición eliminatoria de fútbol más prestigiosa de Escocia. El tercer Lanark RV venció al Celtic de Glasgow (haciendo su debut en la Copa) 2-1 en una final repetida. [1] El partido original fue ganado 3-0 por 3rd Lanark RV pero la SFA ordenó una repetición debido a las condiciones de juego.
Broughty, Broxburn, la Universidad de Glasgow, Uddingston, Vale of Leven y 1st Renfrew RV recibieron un adiós a la segunda ronda.
Armadale, Cambuslang Hibernian, Dumbarton, Dunblane, la Universidad de Glasgow, Irvine y Kirkaldy Wanderers recibieron un adiós a la tercera ronda.