La temporada de béisbol de la NCAA de 1939, el juego de béisbol universitario en los Estados Unidos organizado por la Asociación Atlética Colegial Nacional (NCAA) comenzó en la primavera de 1939. El juego consistió principalmente en enfrentamientos regionales, algunos organizados por conferencias, y terminaron en junio. No se celebró ningún evento de campeonato nacional hasta 1947.