La temporada de fútbol de la NCAA de 1959 fue la temporada inaugural del fútbol universitario sancionado por la NCAA . Incluyendo la historia de la ISFA , esta fue la 56ª temporada de fútbol universitario masculino organizado en los Estados Unidos.
La temporada culminó con el Torneo de fútbol de la NCAA de 1959 , el primero del moderno Torneo de fútbol masculino de la División I de la NCAA . El torneo fue ganado por Saint Louis Billikens , que derrotó a Bridgeport Purple Knights en la final, 5-2.