El Torneo de Béisbol de la División Universitaria de la NCAA de 1969 decidió el campeón de béisbol en el nivel de la División Universitaria de la NCAA para la temporada de 1969 . Este fue el segundo torneo de este tipo para la División Universitaria, habiéndose separado de la División Universitaria en 1957. Los Illinois State Redbirds ganaron el campeonato al derrotar a los Southwest Missouri State Bears . [1]
Diecisiete equipos fueron seleccionados para participar, divididos en cuatro regiones. Tres regiones constaban de cuatro equipos, mientras que la Región Oeste tenía cinco. Cada región completó una ronda de doble eliminación, y los ganadores avanzaron a la final. La final, compuesta por los cuatro campeones regionales, también compitió en formato de doble eliminación.