El Torneo de Béisbol de la Conferencia Sur de 1986 se llevó a cabo en el Estadio Hennon en el campus de la Universidad de Carolina Occidental en Cullowhee, Carolina del Norte, del 27 al 29 de abril. El principal sembrado de la División Sur, Carolina Occidental , ganó el torneo y obtuvo la oferta automática de la Conferencia Sur el Torneo de Béisbol de la División I de la NCAA de 1986 .
Los dos mejores equipos de cada división en función del porcentaje de victorias en la conferencia de la temporada regular participaron en el torneo. El primer sembrado de la División Norte jugó contra el segundo sembrado del Sur en la primera ronda, y viceversa. Luego jugaron los ganadores de la primera ronda, mientras que los perdedores jugaron un juego de eliminación. No hubo empates en la clasificación, por lo que no fue necesario desempatar. [2]