La Copa México 1988–89 es la 61ª edición de la Copa México , la 34ª edición en la era profesional.
La competencia comenzó el 8 de septiembre de 1988 y concluyó el 25 de enero de 1989 con la final, en la que Toluca levantó el trofeo por segunda vez con una victoria de 3-2 sobre la U. de G.
El partido fue suspendido a los 111' debido a que U de G solo quedaban 6 jugadores, el resultado fue
Toluca Ganó la copa global 3-2