La temporada 1998–99 ECHL fue la undécima temporada de ECHL . Antes del comienzo de la temporada, la liga vio a los Louisville RiverFrogs mudarse a Miami, FL y los Raleigh Icecaps a Augusta, GA , además de dar la bienvenida a dos nuevas franquicias en Estero, FL y Greenville, SC . El Pee Dee Pride terminó primero en la general en la temporada regular, ganando la Copa Brabham y los Mississippi Sea Wolves ganaron su primera Copa Kelly al derrotar a los Richmond Renegades cuatro juegos a tres.
Nota: GP = Juegos jugados; W = Gana; L= Pérdidas; T = Lazos; GF = Goles a favor; GA = Goles en contra; Ptos = Puntos; Sombra verde = Lugar de playoff asegurado; Tono azul = división cerrada; (z) = Ventaja asegurada de local-hielo