El Campeonato de la Unión de Rugby de Francia de 1998–99 fue jugado por 24 equipos divididos en la fase preliminar en tres grupos de 8. Los primeros cinco equipos de cada grupo y el mejor sexto clasificado fueron admitidos en la segunda ronda. El otro jugó un torneo de descenso dividido en dos grupos.
Béziers y Toulon tuvieron ambos 28 puntos. El "mejor 6º" fue Toulon por tener menos "Tarjetas rojas" durante la temporada.
Béziers se clasificó último por peor diferencia de puntos en los partidos directos (Nîmes-Béziers 15–5; 36–37) y descendió a Pro D2.