La Liga Nacional de Fútbol de 1998–99 , también conocida como la Liga Nacional de Fútbol de Coca-Cola por motivos de patrocinio, fue la tercera temporada de la Liga Nacional de Fútbol , la principal liga india de clubes de fútbol de asociación, desde su creación en 1996.
Fue disputado por 12 equipos, y Salgaocar ganó el campeonato. Kingfisher East Bengal ocupó el segundo lugar y Churchill Brothers el tercero.