La USISL D-3 Pro League de 1998 fue la 12ª temporada de fútbol de tercera división en los Estados Unidos, y fue la segunda temporada de la ahora desaparecida USISL D-3 Pro League . Los campeones fueron los Chicago Stingers que vencieron a los New Hampshire Phantoms en la final.
Antes de la temporada, se agregaron el oeste de Massachusetts, el norte de Virginia y Pensacola. Baltimore se convirtió en la costa este. Dallas se convirtió en Texas. Vermont se convirtió en el Voltaje. Miami fue promovida desde PDSL.