La Liga de Campeones LEN 1999–00 es la 37ª edición de la principal competición de LEN para clubes de waterpolo masculino. Se desarrolló entre el 27 de octubre de 1999 y el 27 de mayo de 2000, y es disputado por 28 equipos. La Final Four (semifinales, final y partido por el tercer puesto) se llevó a cabo el 26 y 27 de mayo en Bečej .