La temporada 1999-2000 de la NBL fue la 22ª temporada de competición desde su establecimiento en 1979. Un total de 11 equipos disputaron la liga. Los Newcastle Falcons se retiraron y fueron reemplazados por los Cairns Taipans .
El sistema de desempate de la NBL, tal como se describe en las Reglas y Regulaciones de la NBL, establece que en el caso de un récord idéntico de victorias y derrotas, los resultados en los juegos jugados entre los equipos determinarán el orden de siembra.
1 Cara a cara de 3 vías entre Adelaide 36ers (3-3), Townsville Crocodiles (3-3) y Perth Wildcats (3-3). Adelaide 36ers ganó a favor y en contra (+27), Townsville Crocodiles (+18), Perth Wildcats (-45).