El Campeonato de Gran Turismo de Japón de 1999 fue la séptima temporada de las carreras de estreno de GT de la Federación de Automóviles de Japón. También se marcó como la decimoséptima temporada de un campeonato de carreras de autos deportivos sancionado por la JAF que se remonta al Campeonato de Prototipos Deportivos de Japón . El campeón de la clase GT500 de esa temporada fue el Pennzoil Nismo GT-R conducido por Érik Comas y Satoshi Motoyama y el campeón de la clase GT300 fue el MOMOCORSE A'PEX MR2 conducido por Morio Nitta y Shinichi Takagi.
La temporada se vio empañada por la muerte del actual campeón de GT300, Shingo Tachi , en un accidente de prueba de pretemporada en TI Circuit Aida el 11 de marzo de 1999. Tachi conduciría el Esso Toyota Supra número 6 para el equipo Toyota LeMans. Kunimitsu Takahashi se retiró de su carrera deportiva al final de la temporada a los 59 años.