La temporada del Campeonato Toyota Atlantic de 1999 se disputó en 12 rondas. El campeón de pilotos del KOOL Toyota Atlantic Championship fue Anthony Lazzaro , que conducía para PPI Motorsports . Compitieron 19 equipos diferentes y 44 pilotos diferentes. En esta fórmula de una sola marca, todos los conductores tenían que utilizar chasis Swift y motores Toyota . Esta temporada también vio una clase C2 con chasis Ralt más antiguos y motores Toyota . En la clase C2 compitieron siete pilotos diferentes, pero ninguno de ellos durante toda la temporada.
Por cada carrera se otorgaron puntos: 20 puntos al ganador, 16 al subcampeón, 14 al tercer lugar, 12 al cuarto lugar, 10 al quinto lugar, 8 al sexto lugar, 6 al séptimo lugar, reduciéndose a 1 punto para 12º lugar. Los conductores ubicados en lugares más bajos no otorgaron puntos. Se otorgaron puntos adicionales al ganador de la pole (1 punto) y al piloto que lideró la mayor cantidad de vueltas (1 punto). Los pilotos de clase C2 no pudieron sumar puntos en la clase principal.
Sistema de puntos ver arriba. Pero los puntos adicionales solo se otorgan al calificador más rápido. No se otorga ningún punto adicional al conductor que lideró la mayor cantidad de vueltas.