La temporada de Cairns Cyclones de 1999 fue la cuarta temporada en la que el equipo de la liga de rugby de Cairns Cyclones compitió en la Copa de Queensland . Doce equipos compitieron en la competencia de 22 rondas. Cuatro equipos se habían ido al final de la temporada de 1998, los Bundaberg Grizzlies , los Gold Coast Vikings , Past Brothers y los Townsville Stingers . El equipo Cairns Cyclones fue dirigido por Nigel Tillett y dirigido por Gary Smith.